https://www.forschungsdaten.org/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=FrankLange 2026-05-24T13:48:41Z Benutzerbeiträge MediaWiki 1.43.8 https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Elektronische_Laborb%C3%BCcher&diff=4348 2019-03-22T10:50:14Z

<p>FrankLange: /* Upcomming workshops */</p> <hr /> <div>== Synonyme ==<br /> * Elektronisches Laborjournal (e.g. [http://doi.org/10.1002/ciuz.201190007 Gooßen &amp; Rudolphi])<br /> * Electronic laboratory journal (e.g. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 Fakas et al.])<br /> * Elektronisches Laborbuch (e.g. [http://dx.doi.org/10.17617/1.5T Franke et al.], [http://de.wikipedia.org/wiki/Laborjournal Wikipedia.De])<br /> * Electronic lab notebook (e.g. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 Kotov et al.)], [http://en.wikipedia.org/wiki/Electronic_lab_notebook Wikipedia.En])<br /> * Electronic laboratory notebook (e.g. [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 Pawar &amp; Batra])<br /> * Electronic notebook (e.g. [http://www.researchgate.net/publication/228705896_Collaborative_electronic_notebooks_as_electronic_records_Design_issues_for_the_secure_electronic_laboratory_notebook_eln Myers])<br /> <br /> == Mailing lists ==<br /> In Germany exist at least two ELN Mailing lists:<br /> * eln@listserv.dfn.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange])<br /> * elabnotebook@lists.gwdg.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9895-2469 Harald Kusch])<br /> <br /> == Upcomming workshops ==<br /> * [http://wiki.hhu.de/display/ELB/ELB.nrw+Startseite ELB.nrw workshop, April 9th 2019, Düsseldorf]<br /> <br /> == Web resources ==<br /> * Material about [http://os.helmholtz.de/bewusstsein-schaerfen/workshops/helmholtz-open-science-workshop-elektronische-laborbuecher/ Helmholtz ELN Workshop in Braunschweig 2018] (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4142-2555 Paul Schultze-Motel]); [[Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“|Workshop notes, ]] [http://doi.org/10.2312/os.helmholtz.001 Zusammenfassung]<br /> * Material about [http://doi.org/10.25625/EGSYRW ELN Workshop in Cardiff 2018], UK (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4946-6544 Evamaria Krause])<br /> * Material about [http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/ Leibniz-Gemeinschaft-ELN Workshop] in Berlin 2018 (organized by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange]); [[Workshop_zu_elektronischen_Laborbüchern_(Leibniz-Gemeinschaft)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://vidensportal.deic.dk/en/eLabBooks/Workshops ELN Workshop] in Aarhus 2018<br /> * Material about [http://zenodo.org/record/1247390#.WyRf8qczZeU ELN Workshop in Delft 2017], Netherlands (organized by [http://orcid.org/0000-0001-8520-5598 Marta Teperek])<br /> * Material about [http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer ELN Workshop in Aachen] (organized by Bela Brenger); [[DH-NRW Workshop zum Thema elektronische Laborbücher (ELN)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://www.eresearch.uni-goettingen.de/content/eresearch-toolbox-electronic-note-keeping ELN-Workshop in Göttingen] (organized by [http://eresearch.uni-goettingen.de eResearch Alliance Göttingen], [http://www.herzzentrum-goettingen.de/en/content/research/906.html SFB 1002], [http://www.sfb1190.de SFB 1190])<br /> * Material about [http://eln.mpdl.mpg.de/?page_id=40 Max Planck Digital Library (MPDL)-ELN Workshop] in Berlin (organized by Juliane Schönfeldt)<br /> * Material about [http://doi.org/10.17863/CAM.7217 Electronic Lab Notebooks: Solutions for Paperless Research] at the University of Cambridge<br /> * Guiding Website and discussion forum at Cambridge [http://www.gurdon.cam.ac.uk/institute-life/computing/elnguidance], [http://computing.group.gurdon.cam.ac.uk/elnforum/]<br /> * Guiding Website at the Danish e-Infrastructure Cooperation [http://vidensportal.deic.dk/en/eLabBooks/EntryPage] (eLabBook project by the Technical University of Denmark, University of Copenhagen and Aarhus University)<br /> * Guiding Website at Harvard [http://datamanagement.hms.harvard.edu/electronic-lab-notebooks] [http://zenodo.org/record/1453364#.W9MTxtUza0k]<br /> * Guiding Website at Utah [http://campusguides.lib.utah.edu/ELNs]<br /> * Guiding Website at Wisconsin [http://eln.wisc.edu/]<br /> * Adam, Beatrix, Birte Lindstädt. 2018. &quot;Electronic Lab Notebooks als Teil des Forschungsdatenmanagements&quot; [http://zbmedblog.de/electronic-lab-notebooks-als-teil-des-forschungsdatenmanagements/]<br /> * Kwok, Roberta. “How to Pick an Electronic Laboratory Notebook.” News. Nature, August 6, 2018. [http://doi.org/10.1038/d41586-018-05895-3 10.1038/d41586-018-05895-3]<br /> * Okon, Monica Dominique, and Tanya M. Nocera Ph.D. “Board # 13 :The Student Educational Experience with Electronic Laboratory Notebooks (Work in Progress),” 2017. [http://peer.asee.org/27729]<br /> * Kozlowski, Wendy A. “The Electronic Lab Notebook: Piloting a Research Data Management Tool at Cornell University,” 2013. [http://academiccommons.columbia.edu/catalog/ac:157129]<br /> * Giles, Jim. “Going Paperless: The Digital Lab.” Nature 481(7382), 430–31, 2012. [http://doi.org/10.1038/481430a 10.1038/481430a]<br /> * Wolf, Alan, Jason Pursian, Victoria Sutton, Cheryl Scadlock, Jan Cheetham, Dan Voeks, and Scott Fullerton. “Electronic Lab Notebook Pilot at the University of Wisconsin-Madison”, 2012. [http://researchdata.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/04/ELN_pilot_report_UWMadison.pdf]<br /> * Trigg, John. Getting Started with an Electronic Laboratory Notebook. 3rd ed., 2011. [http://www.3dsbiovia.com/resource-center/white-papers/ebook-scw-eln-getting-started-guide3-request.php]<br /> * Elliott, Michael H. “Building Acceptance for ELN Implementation”, 2010. [http://www.rdmag.com/article/2010/08/building-acceptance-eln-implementation]<br /> * Elliott, Michael H. “What You Should Know Before Selecting an ELN.” Scientific Computing 26(3), E11–13, 2009 . [http://www.rdmag.com/article/2009/05/what-you-should-know-selecting-eln]<br /> * Quinnell, Rosanne, Brynn Hibbert, and Andrew J. Milsted. “EScience: Evaluating Electronic Laboratory Notebooks in Chemistry Research.” Conference presented at the Ascilite Auckland 2009. [http://eprints.soton.ac.uk/148059/]<br /> * Wright, Jerry M. “Make It Better but Don’t Change Anything.” Automated Experimentation 1, 5, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-5 10.1186/1759-4499-1-5]<br /> * Elliott, Michael H. “Electronic Laboratory Notebooks: A Foundation for Knowledge Management,” 2004. [http://www.atriumresearch.com/library/Atrium%20Research%20Douglas%20Connect%20Webinar.pdf]<br /> <br /> == Scientific literature ==<br /> === General ===<br /> '''2018'''<br /> * Sayre, Franklin, Caitlin Bakker, Julie Kelly, Megan Kocher, and Meghan Lafferty. “Support for Electronic Lab Notebooks at Top American Research Universities.” Journal of EScience Librarianship, 2018. [http://doi.org/10.7191/jeslib.2018.1140 10.7191/jeslib.2018.1140]<br /> * Steensel, Bas van. “Scientific Honesty and Publicly Shared Lab Notebooks: Sharing Lab Notebooks along with Publication Would Increase Transparency and Help to Improve Honesty When Reporting Results.” EMBO Reports, e46866, 2018. [http://doi.org/10.15252/embr.201846866 10.15252/embr.201846866]<br /> '''2017'''<br /> * Dunie, Matt. “The Importance of Research Data Management: The Value of Electronic Laboratory Notebooks in the Management of Data Integrity and Data Availability.” Information Services &amp; Use 37(3), 355–59, 2017. [http://doi.org/10.3233/ISU-170843 10.3233/ISU-170843]<br /> * Franke, Michael, Jalal Weraach, and Markus Haarländer. “Elektronische Laborbücher in Der Max-Planck-Gesellschaft,” 2017. [http://doi.org/10.17617/1.5t 10.17617/1.5t]<br /> * Kanza, Samantha, Cerys Willoughby, Nicholas Gibbins, Richard Whitby, Jeremy Graham Frey, Jana Erjavec, Klemen Zupančič, Matjaž Hren, and Katarina Kovač. “Electronic Lab Notebooks: Can They Replace Paper?” Journal of Cheminformatics, 9, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0221-3 10.1186/s13321-017-0221-3]<br /> * Sydor, Jens, and Grace Kim. “Are We Ready for the Evolution of Electronic Laboratory Notebooks in Regulated Bioanalysis?” Bioanalysis 9(16), 1203–5, 2017. [http://doi.org/10.4155/bio-2017-0115 10.4155/bio-2017-0115]<br /> '''2016'''<br /> * Dirnagl, Ulrich, and Ingo Przesdzing. “A Pocket Guide to Electronic Laboratory Notebooks in the Academic Life Sciences.” F1000Research, 2016. [http://doi.org/10.12688/f1000research.7628.1 10.12688/f1000research.7628.1]<br /> * Krause, Evamaria. “Elektronische Laborbücher Im Forschungsdatenmanagement – Eine Neue Aufgabe Für Bibliotheken?” ABI Technik 36(2), 78–87, 2016. [http://doi.org/10.1515/abitech-2016-0013 10.1515/abitech-2016-0013]<br /> '''2014'''<br /> * Nussbeck, Sara Y., Philipp Weil, Julia Menzel, Bartlomiej Marzec, Kai Lorberg, and Blanche Schwappach. “The Laboratory Notebook in the 21st Century: The Electronic Laboratory Notebook Would Enhance Good Scientific Practice and Increase Research Productivity.” EMBO Reports 15(6), 631–34, 2014. [http://doi.org/10.15252/embr.201338358 10.15252/embr.201338358]<br /> * Palovich, Tracy U. “Electronic Notebooks in the Post-America Invents Act World.” ACS Medicinal Chemistry Letters 5(12), 1266–67, 2014. [http://doi.org/10.1021/ml500442p 10.1021/ml500442p]<br /> '''2013'''<br /> * Bird, Colin L., Cerys Willoughby, and Jeremy G. Frey. “Laboratory Notebooks in the Digital Era: The Role of ELNs in Record Keeping for Chemistry and Other Sciences.” Chemical Society Reviews 42(20), 8157–75, 2013. [http://doi.org/10.1039/C3CS60122F 10.1039/C3CS60122F]<br /> * Machina, Hari K., and David J. Wild. “Electronic Laboratory Notebooks Progress and Challenges in Implementation.” Journal of Laboratory Automation 18(4), 264–68, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068213484471 10.1177/2211068213484471]<br /> '''2011'''<br /> * Rubacha, Michael, Anil K Rattan, and Stephen C Hosselet. “A Review of Electronic Laboratory Notebooks Available in the Market Today.” Journal of Laboratory Automation 16(1), 90–98, 2011. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2009.01.002 10.1016/j.jala.2009.01.002]<br /> '''2008'''<br /> * Williams, Michael, Donna Bozyczko‐Coyne, Bruce Dorsey, and Scott Larsen. “Laboratory Notebooks and Data Storage.” Current Protocols Essential Laboratory Techniques A.2A, 2008. [http://doi.org/10.1002/9780470089941.eta02as00 10.1002/9780470089941.eta02as00]<br /> '''2007'''<br /> * Du, Ping, and Joseph A. Kofman. “Electronic Laboratory Notebooks in Pharmaceutical R&amp;D: On the Road to Maturity.” Journal of the Association for Laboratory Automation 12(3), 157–65, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2007.01.001 10.1016/j.jala.2007.01.001]<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Taylor, Keith T. “The Status of Electronic Laboratory Notebooks for Chemistry and Biology.” Current Opinion in Drug Discovery &amp; Development 9(3), 348–53, 2006. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16729731]<br /> '''2005'''<br /> * Butler, Declan. “Electronic Notebooks: A New Leaf.” Nature 436(7047), 20–21, 2005. [http://doi.org/10.1038/436020a 10.1038/436020a]<br /> '''1996'''<br /> * Myers, J. D., C. Fox-Dobbs, J. Laird, Dai Le, D. Reich, and T. Curtz. “Electronic Laboratory Notebooks for Collaborative Research.” In Proceedings of WET ICE ’96. IEEE 5th Workshop on Enabling Technologies; Infrastucture for Collaborative Enterprises, 47–51, 1996. [http://doi.org/10.1109/ENABL.1996.555050 10.1109/ENABL.1996.555050]<br /> <br /> === Specific solutions ===<br /> '''2019'''<br /> * Potthoff, Jan, Tremouilhac, Pierre, Hodapp, Patrick, Neumair, Bernhard, Bräse, Stefan and Jung, Nicole. “Procedures for Systematic Capture and Management of Analytical Data in Academia.” Analytica Chimica Acta: X, 2019. [http://doi.org/10.1016/j.acax.2019.100007 10.1016/j.acax.2019.100007]<br /> '''2018'''<br /> * Ahlstrand, Emma, Antoine Buetti-Dinh, and Ran Friedman. “An Interactive Computer Lab of the Galvanic Cell for Students in Biochemistry: Interactive Computer Lab of the Galvanic Cell.” Biochemistry and Molecular Biology Education 46(1), 58–65, 2018. [http://doi.org/10.1002/bmb.21091 10.1002/bmb.21091]<br /> * Kotov, Serhii, Pierre Tremouilhac, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion'''-ELN Part 2: Adaption of an Embedded Ketcher Editor to Advanced Research Applications.” Journal of Cheminformatics 10(1), 38, 2018. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 10.1186/s13321-018-0292-9]<br /> * Mah, Clarence K., Jill P. Mesirov, and Lukas Chavez. “An Accessible GenePattern Notebook for the Copy Number Variation Analysis of Illumina Infinium DNA Methylation Arrays.” F1000Research 7, 1897, 2018. [http://doi.org/10.12688/f1000research.16338.1 10.12688/f1000research.16338.1]<br /> * Pawar, Shrikant, and Harshul Batra. “Online Electronic Laboratory Notebook: A Secured Cloud Storage System Scripted in Hypertext Pre-Processor (PHP) Programming Language.” Journal of Engineering and Technology Research 10(1), 1–6, 2018). [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 10.5897/JETR2018.0638]<br /> * Rahman, Mahabubur, and Hiroshi Watabe. “Online Molecular Image Repository and Analysis System: A Multicenter Collaborative Open-Source Infrastructure for Molecular Imaging Research and Application.” Computers in Biology and Medicine, 2018. [http://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2018.04.001 10.1016/j.compbiomed.2018.04.001]<br /> '''2017'''<br /> * Hunter, Adam, Saravanan Dayalan, David De Souza, Brad Power, Rodney Lorrimar, Tamas Szabo, Thu Nguyen, et al. “'''MASTR-MS''': A Web-Based Collaborative Laboratory Information Management System (LIMS) for Metabolomics.” Metabolomics 13(2), 14, 2017. [http://doi.org/10.1007/s11306-016-1142-2 10.1007/s11306-016-1142-2]<br /> * Tremouilhac, Pierre, An Nguyen, Yu-Chieh Huang, Serhii Kotov, Dominic Sebastian Lütjohann, Florian Hübsch, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion''' ELN: An Open Source Electronic Lab Notebook for Chemists in Academia.” Journal of Cheminformatics 9, 54, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0240-0 10.1186/s13321-017-0240-0]<br /> '''2016'''<br /> * Guerrero, Santiago, Gwendal Dujardin, Alejandro Cabrera-Andrade, César Paz-y-Miño, Alberto Indacochea, Marta Inglés-Ferrándiz, Hima Priyanka Nadimpalli, et al. “Analysis and Implementation of an Electronic Laboratory Notebook in a Biomedical Research Institute.” PLOS ONE 11(8), e0160428, 2016. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0160428 10.1371/journal.pone.0160428]<br /> * Vaas, Lea A. I., Gesa Witt, Björn Windshügel, Andrea Bosin, Giovanni Serra, Adrian Bruengger, Mathias Winterhalter, Philip Gribbon, Cindy J. Levy-Petelinkar, and Manfred Kohler. “Electronic Laboratory Notebooks in a Public-Private-Partnership.” PeerJ Preprints, 2016. [http://peerj.com/preprints/2325]<br /> * Ventura, Susana, Ricardo Carvalho Amorim, João Rocha da Silva, and Cristina Ribeiro. “Voice Recognition in the LabTablet Electronic Laboratory Notebook.” In Proceedings of the Ninth International C* Conference on Computer Science &amp; Software Engineering, 13–16, 2016. [http://doi.org/10.1145/2948992.2948998 10.1145/2948992.2948998]<br /> '''2015'''<br /> * Barillari, Caterina, Diana Ottoz, Juan Mariano Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan, Bernd Rinn, and Fabian Rudolf. “'''OpenBIS''' ELN-LIMS: An Open-Source Database for Academic Laboratories.” Bioinformatics, btv606, 2015. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv606 10.1093/bioinformatics/btv606]<br /> * Day, Aileen E., Simon J. Coles, Colin L. Bird, Jeremy G. Frey, Richard J. Whitby, Valery E. Tkachenko, and Antony J. Williams. “'''ChemTrove''': Enabling a Generic ELN To Support Chemistry through the Use of Transferable Plug-Ins and Online Data Sources.” Journal of Chemical Information and Modeling 55(3), 501–9, 2015. [http://doi.org/10.1021/ci5005948 10.1021/ci5005948]<br /> * Gates, Richard S., Mark J. McLean, and William A. Osborn. “Smart Electronic Laboratory Notebooks for the NIST Research Environment.” Journal of Research of the National Institute of Standards and Technology 120, 193–303, 2015. [http://doi.org/10.6028/jres.120.018 10.6028/jres.120.018]<br /> * List, Markus, Michael Franz, Qihua Tan, Jan Mollenhauer, and Jan Baumbach. “'''OpenLabNotes'''--An Electronic Laboratory Notebook Extension for OpenLabFramework.” Journal of Integrative Bioinformatics 12(3), 274, 2015. [http://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2015-274 10.2390/biecoll-jib-2015-274]<br /> * Macdonald, Stuart, and Rory Macneil. “Service Integration to Enhance Research Data Management: '''RSpace''' Electronic Laboratory Notebook Case Study | International Journal of Digital Curation,” 2015. [http://ijdc.net/index.php/ijdc/article/view/10.1.163]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, and Sara Y. Nussbeck. “Metadata Capture in an Electronic Notebook: How to Make It as Simple as Possible?” GMS Med Inform Biom Epidemiol 11(1), Doc06, 2015. [http://doi.org/10.3205/mibe000162 10.3205/mibe000162]<br /> '''2014'''<br /> * Clark, Alex. “Putting Together the Pieces: Building a Reaction-Centric Electronic Lab Notebook for Mobile Devices.” Journal of Cheminformatics 6(Suppl 1), 2014. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-O1 10.1186/1758-2946-6-S1-O1]<br /> * Hall, Mona, and Didem Vardar-Ulu. “An Inquiry-Based Biochemistry Laboratory Structure Emphasizing Competency in the Scientific Process: A Guided Approach with an Electronic Notebook Format.” Biochemistry and Molecular Biology Education 42(1), 58–67, 2014. [http://doi.org/10.1002/bmb.20769 10.1002/bmb.20769]<br /> * Johnston, Jill, Sashi Kant, Vanessa Gysbers, Dale Hancock, and Gareth Denyer. “Using an EPortfolio System as an Electronic Laboratory Notebook in Undergraduate Biochemistry and Molecular Biology Practical Classes.” Biochemistry and Molecular Biology Education: A Bimonthly Publication of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology 42(1), 50–57, 2014. [https//doi.org/10.1002/bmb.20754 10.1002/bmb.20754]<br /> * Kloeckner, Frederik, Robert Farkas, Tobias Franken, and Thomas Schmitz-Rode. “Development of a Prediction Model on the Acceptance of Electronic Laboratory Notebooks in Academic Environments.” Biomedizinische Technik. Biomedical Engineering 59(2), 95–102, 2014. [http://doi.org/10.1515/bmt-2013-0023 10.1515/bmt-2013-0023]<br /> * Willoughby, Cerys, Colin L. Bird, Simon J. Coles, and Jeremy G. Frey. “Creating Context for the Experiment Record. User-Defined Metadata: Investigations into Metadata Usage in the LabTrove ELN.” Journal of Chemical Information and Modeling 54(12), 3268–83, 2014. [http://doi.org/10.1021/ci500469f 10.1021/ci500469f]<br /> '''2013'''<br /> * Coles, Simon J., Jeremy G. Frey, Colin L. Bird, Richard J. Whitby, and Aileen E. Day. “First Steps towards Semantic Descriptions of Electronic Laboratory Notebook Records.” Journal of Cheminformatics 5(1), 52, 2013. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-5-52 10.1186/1758-2946-5-52]<br /> * Johannes, Paul C., Jan Potthoff, Alexander Roßnagel, Bernhard Neumair, Moaaz Madiesh, and Siegfried Hackel. Beweissicheres elektronisches Laborbuch: Anforderungen, Konzepte und Umsetzung zur langfristigen, beweiswerterhaltenden Archivierung elektronischer Forschungsdaten und -dokumentation. Auflage: 1. Baden-Baden: Nomos, 2013. ISBN 978-3-8487-0706-5<br /> * Marzec, Bartlomiej, Philipp Weil, and Sara Yasemin Nussbeck. “Vorbereitungsprozess Für Die Elektronische Dokumentation Und Nachnutzbarkeit von Forschungsdaten in ELN.” In Abstractband GMDS 2013. Lübeck: Pro BUSINESS, 2013. [http://doi.org/10.3205/13gmds051 10.3205/13gmds051]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, Philip Bittihn, Daniel Hornung, Nadine Mathieu, and Sara Y Demiroglu. “Requirement Analysis for an Electronic Laboratory Notebook for Sustainable Data Management in Biomedical Research.” Studies in Health Technology and Informatics 192, 2013. [http://doi.org/10.3233/978-1-61499-289-9-1108 10.3233/978-1-61499-289-9-1108]<br /> * Milsted, Andrew J., Jennifer R. Hale, Jeremy G. Frey, and Cameron Neylon. “'''LabTrove''': A Lightweight, Web Based, Laboratory ‘Blog’ as a Route towards a Marked Up Record of Work in a Bioscience Research Laboratory.” PLOS ONE 8(7), e67460, 2013. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0067460 10.1371/journal.pone.0067460]<br /> * Rees, Ian, Ed Langley, Wah Chiu, and Steven J. Ludtke. “'''EMEN2''': An Object Oriented Database and Electronic Lab Notebook.” Microscopy and Microanalysis: The Official Journal of Microscopy Society of America, Microbeam Analysis Society, Microscopical Society of Canada 19(1), 1–10, 2013. [http://doi.org/10.1017/S1431927612014043 10.1017/S1431927612014043]<br /> * Voegele, Catherine, Baptiste Bouchereau, Nivonirina Robinot, James McKay, Philippe Damiecki, and Lucile Alteyrac. “A Universal Open-Source Electronic Laboratory Notebook.” Bioinformatics 29(13), 1710–12, 2013. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt253 10.1093/bioinformatics/btt253]<br /> * Walsh, Emily, and Ilseung Cho. “Using '''Evernote''' as an Electronic Lab Notebook in a Translational Science Laboratory.” Journal of Laboratory Automation 18(3), 229–34, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068212471834 10.1177/2211068212471834]<br /> '''2012'''<br /> * Fritz, Fleur, Benjamin Trinczek, Sebasitan Balhorn, and Martin Dugas. “Wie Viel Desinfektionsmittel Verträgt Ein Tablet? Hygieneanforderungen Beim Einsatz von IPads Für Die Klinische Dokumentation.” Abstractband GMDS, 2012. [http://doi.org/10.3205/12gmds011 10.3205/12gmds011]<br /> * Iyer, Rupa, and William Kudrle. “Implementation of an Electronic Lab Notebook to Integrate Research and Education in an Undergraduate Biotechnology Program.” Technology Interface International Journal 12(2), 5–12, 2012. [http://tiij.org/issues/issues/spring2012/abstracts/Z__TIIJ%20spring%202012%20v12%20n2%20(paper%201).pdf]<br /> * Rudolphi, Felix, and Lukas J Goossen. “Electronic Laboratory Notebook: The Academic Point of View.” Journal of Chemical Information and Modeling 52(2), 293–301, 2012. [http://doi.org/10.1021/ci2003895 10.1021/ci2003895]<br /> '''2011'''<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Yilmaz, Pelin, Renzo Kottmann, Dawn Field, Rob Knight, James R. Cole, Linda Amaral-Zettler, Jack A. Gilbert, et al. “Minimum Information about a Marker Gene Sequence (MIMARKS) and Minimum Information about Any (x) Sequence (MIxS) Specifications.” Nature Biotechnology 29(5), 415–20, 2011. [http://doi.org/10.1038/nbt.1823 10.1038/nbt.1823]<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Macneil, Rory. “The Benefits of Integrated Systems for Managing Both Samples and Experimental Data: An Opportunity for Labs in Universities and Government Research Institutions to Lead the Way.” Automated Experimentation 3(1), 2, 2011. [https://doi.org/10.1186/1759-4499-3-2 10.1186/1759-4499-3-2]<br /> '''2010'''<br /> * Hibbert, Brynn, Jeremy G. Frey, Rosanne Quinnell, Mauro Mocerino, Matthew Todd, Piyapong Niamsup, Adrian Plummer, and Andrew Milsted. “Teaching Instrumental Science Globally Using a Collaborative Electronic Laboratory Notebook.” Proceedings of The Australian Conference on Science and Mathematics Education, 16, 2010.<br /> * Quinnell, Rosanne, and D. Brynn Hibbert. “Introducing an Electronic Laboratory Notebook to PhD Students Undertaking Chemistry Research at a Research Intensive University.” In International Conference on Education, Training and Informatics: ICETI, 2010. [http://www.iiis.org/CDs2010/CD2010IMC/ICETI_2010/PapersPdf/EB108QJ.pdf]<br /> '''2009'''<br /> * Goddard, Nigel H., Rory Macneil, and Jonathan Ritchie. “'''ECAT''': Online Electronic Lab Notebook for Scientific Research.” Automated Experimentation 1(1), 4, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-4 10.1186/1759-4499-1-4]<br /> '''2008'''<br /> * Tabard, Aurélien, Wendy E. Mackay, and Evelyn Eastmond. “From Individual to Collaborative: The Evolution of Prism, a Hybrid Laboratory Notebook.” In Proceedings of the 2008 ACM Conference on Computer Supported Cooperative Work, 569–578, 2008. [http://doi.org/10.1145/1460563.1460653 10.1145/1460563.1460653]<br /> '''2007'''<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Khan, Arshad M., Joel D. Hahn, Wei-Cheng Cheng, Alan G. Watts, and Gully A. P. C. Burns. “NeuroScholar’s Electronic Laboratory Notebook and Its Application to Neuroendocrinology.” Neuroinformatics 4(2), 139–62, 2006. [http://doi.org/10.1385/NI:4:2:139 10.1385/NI:4:2:139]<br /> '''2005'''<br /> * Fakas, Georgios John, Anh Vu Nguyen, and Denis Gillet. “The Electronic Laboratory Journal: A Collaborative and Cooperative Learning Environment for Web-Based Experimentation.” Computer Supported Cooperative Work (CSCW) 14(3), 189–216, 2005. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 10.1007/s10606-005-3272-3]<br /> * Talbott, Tara, Michael Peterson, Jens Schwidder, and James D. Myers. “Adapting the Electronic Laboratory Notebook for the Semantic Era.” In Collaborative Technologies and Systems, 2005. Proceedings of the 2005 International Symposium On, 136–43. IEEE, 2005. [http://doi.org/10.1109/ISCST.2005.1553305 10.1109/ISCST.2005.1553305]<br /> '''1995'''<br /> * Fort, Jr., Raymond. “ChemWindow and Entropy Lite.” Journal of Chemical Information and Modeling 35(5), 932–33, 1995. [http://doi.org/10.1021/ci00027a603 10.1021/ci00027a603]<br /> * Marstaller, J.E., and M.D. Zorn. “An Electronic Laboratory Notebook Based on HTML Forms” 1995. [http://doi.org/10.2172/197149 10.2172/197149]<br /> '''1993'''<br /> * Pecherer, R. M. “Contig Graph Tool: A Graphical Interface for Contig Physical Map Assembly.” In [1993] Proceedings of the Twenty-Sixth Hawaii International Conference on System Sciences, 1, i:544–53, 1993. [http://doi.org/10.1109/HICSS.1993.270686 10.1109/HICSS.1993.270686]<br /> '''1987'''<br /> * Delaney, Michael F. “Using ‘Electronic Laboratory Notebook’ Software in the Instrumental Analysis Course.” Journal of Chemical Education 64(1), 29, 1987. [http://doi.org/10.1021/ed064p29 10.1021/ed064p29]<br /> '''1985'''<br /> * Gilbert, William A. “'''RS/1''': An Electronic Laboratory Notebook.” BioScience 35(9), 588–90, 1985.<br /> '''1970'''<br /> * Greenblatt, Melvin, Ruggero Montesano, Louise Wombolt, and Philippe Shubik. “Automatic Data Processing Techniques for Carcinogenesis Studies.” JNCI: Journal of the National Cancer Institute 44, no. 5 (May 1, 1970): 1037–45. [http://doi.org/10.1093/jnci/44.5.1037 10.1093/jnci/44.5.1037]<br /> <br /> [[Kategorie:Data Management‏‎|Datenmanagement (Data Management)‏‎]]‏‎<br /> [[Kategorie:Data_Publishing|Datenveröffentlichungen (Data Publishing)]]<br /> [[Kategorie:Metadaten|Metadaten (Metadata)]]<br /> [[Kategorie:Standards|Standards und Standardisierungsinitiativen]]<br /> [[Kategorie:Technik|Software und Technik (Software and Technology)]]<br /> [[Kategorie:Elektronische Laborbücher]]</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Elektronische_Laborb%C3%BCcher&diff=4347 2019-03-22T10:49:43Z

<p>FrankLange: </p> <hr /> <div>== Synonyme ==<br /> * Elektronisches Laborjournal (e.g. [http://doi.org/10.1002/ciuz.201190007 Gooßen &amp; Rudolphi])<br /> * Electronic laboratory journal (e.g. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 Fakas et al.])<br /> * Elektronisches Laborbuch (e.g. [http://dx.doi.org/10.17617/1.5T Franke et al.], [http://de.wikipedia.org/wiki/Laborjournal Wikipedia.De])<br /> * Electronic lab notebook (e.g. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 Kotov et al.)], [http://en.wikipedia.org/wiki/Electronic_lab_notebook Wikipedia.En])<br /> * Electronic laboratory notebook (e.g. [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 Pawar &amp; Batra])<br /> * Electronic notebook (e.g. [http://www.researchgate.net/publication/228705896_Collaborative_electronic_notebooks_as_electronic_records_Design_issues_for_the_secure_electronic_laboratory_notebook_eln Myers])<br /> <br /> == Mailing lists ==<br /> In Germany exist at least two ELN Mailing lists:<br /> * eln@listserv.dfn.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange])<br /> * elabnotebook@lists.gwdg.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9895-2469 Harald Kusch])<br /> <br /> == Upcomming workshops ==<br /> * [http://wiki.hhu.de/display/ELB/ELB.nrw+Startseite ELB.nrw workshop, April 9, Düsseldorf]<br /> <br /> == Web resources ==<br /> * Material about [http://os.helmholtz.de/bewusstsein-schaerfen/workshops/helmholtz-open-science-workshop-elektronische-laborbuecher/ Helmholtz ELN Workshop in Braunschweig 2018] (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4142-2555 Paul Schultze-Motel]); [[Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“|Workshop notes, ]] [http://doi.org/10.2312/os.helmholtz.001 Zusammenfassung]<br /> * Material about [http://doi.org/10.25625/EGSYRW ELN Workshop in Cardiff 2018], UK (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4946-6544 Evamaria Krause])<br /> * Material about [http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/ Leibniz-Gemeinschaft-ELN Workshop] in Berlin 2018 (organized by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange]); [[Workshop_zu_elektronischen_Laborbüchern_(Leibniz-Gemeinschaft)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://vidensportal.deic.dk/en/eLabBooks/Workshops ELN Workshop] in Aarhus 2018<br /> * Material about [http://zenodo.org/record/1247390#.WyRf8qczZeU ELN Workshop in Delft 2017], Netherlands (organized by [http://orcid.org/0000-0001-8520-5598 Marta Teperek])<br /> * Material about [http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer ELN Workshop in Aachen] (organized by Bela Brenger); [[DH-NRW Workshop zum Thema elektronische Laborbücher (ELN)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://www.eresearch.uni-goettingen.de/content/eresearch-toolbox-electronic-note-keeping ELN-Workshop in Göttingen] (organized by [http://eresearch.uni-goettingen.de eResearch Alliance Göttingen], [http://www.herzzentrum-goettingen.de/en/content/research/906.html SFB 1002], [http://www.sfb1190.de SFB 1190])<br /> * Material about [http://eln.mpdl.mpg.de/?page_id=40 Max Planck Digital Library (MPDL)-ELN Workshop] in Berlin (organized by Juliane Schönfeldt)<br /> * Material about [http://doi.org/10.17863/CAM.7217 Electronic Lab Notebooks: Solutions for Paperless Research] at the University of Cambridge<br /> * Guiding Website and discussion forum at Cambridge [http://www.gurdon.cam.ac.uk/institute-life/computing/elnguidance], [http://computing.group.gurdon.cam.ac.uk/elnforum/]<br /> * Guiding Website at the Danish e-Infrastructure Cooperation [http://vidensportal.deic.dk/en/eLabBooks/EntryPage] (eLabBook project by the Technical University of Denmark, University of Copenhagen and Aarhus University)<br /> * Guiding Website at Harvard [http://datamanagement.hms.harvard.edu/electronic-lab-notebooks] [http://zenodo.org/record/1453364#.W9MTxtUza0k]<br /> * Guiding Website at Utah [http://campusguides.lib.utah.edu/ELNs]<br /> * Guiding Website at Wisconsin [http://eln.wisc.edu/]<br /> * Adam, Beatrix, Birte Lindstädt. 2018. &quot;Electronic Lab Notebooks als Teil des Forschungsdatenmanagements&quot; [http://zbmedblog.de/electronic-lab-notebooks-als-teil-des-forschungsdatenmanagements/]<br /> * Kwok, Roberta. “How to Pick an Electronic Laboratory Notebook.” News. Nature, August 6, 2018. [http://doi.org/10.1038/d41586-018-05895-3 10.1038/d41586-018-05895-3]<br /> * Okon, Monica Dominique, and Tanya M. Nocera Ph.D. “Board # 13 :The Student Educational Experience with Electronic Laboratory Notebooks (Work in Progress),” 2017. [http://peer.asee.org/27729]<br /> * Kozlowski, Wendy A. “The Electronic Lab Notebook: Piloting a Research Data Management Tool at Cornell University,” 2013. [http://academiccommons.columbia.edu/catalog/ac:157129]<br /> * Giles, Jim. “Going Paperless: The Digital Lab.” Nature 481(7382), 430–31, 2012. [http://doi.org/10.1038/481430a 10.1038/481430a]<br /> * Wolf, Alan, Jason Pursian, Victoria Sutton, Cheryl Scadlock, Jan Cheetham, Dan Voeks, and Scott Fullerton. “Electronic Lab Notebook Pilot at the University of Wisconsin-Madison”, 2012. [http://researchdata.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/04/ELN_pilot_report_UWMadison.pdf]<br /> * Trigg, John. Getting Started with an Electronic Laboratory Notebook. 3rd ed., 2011. [http://www.3dsbiovia.com/resource-center/white-papers/ebook-scw-eln-getting-started-guide3-request.php]<br /> * Elliott, Michael H. “Building Acceptance for ELN Implementation”, 2010. [http://www.rdmag.com/article/2010/08/building-acceptance-eln-implementation]<br /> * Elliott, Michael H. “What You Should Know Before Selecting an ELN.” Scientific Computing 26(3), E11–13, 2009 . [http://www.rdmag.com/article/2009/05/what-you-should-know-selecting-eln]<br /> * Quinnell, Rosanne, Brynn Hibbert, and Andrew J. Milsted. “EScience: Evaluating Electronic Laboratory Notebooks in Chemistry Research.” Conference presented at the Ascilite Auckland 2009. [http://eprints.soton.ac.uk/148059/]<br /> * Wright, Jerry M. “Make It Better but Don’t Change Anything.” Automated Experimentation 1, 5, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-5 10.1186/1759-4499-1-5]<br /> * Elliott, Michael H. “Electronic Laboratory Notebooks: A Foundation for Knowledge Management,” 2004. [http://www.atriumresearch.com/library/Atrium%20Research%20Douglas%20Connect%20Webinar.pdf]<br /> <br /> == Scientific literature ==<br /> === General ===<br /> '''2018'''<br /> * Sayre, Franklin, Caitlin Bakker, Julie Kelly, Megan Kocher, and Meghan Lafferty. “Support for Electronic Lab Notebooks at Top American Research Universities.” Journal of EScience Librarianship, 2018. [http://doi.org/10.7191/jeslib.2018.1140 10.7191/jeslib.2018.1140]<br /> * Steensel, Bas van. “Scientific Honesty and Publicly Shared Lab Notebooks: Sharing Lab Notebooks along with Publication Would Increase Transparency and Help to Improve Honesty When Reporting Results.” EMBO Reports, e46866, 2018. [http://doi.org/10.15252/embr.201846866 10.15252/embr.201846866]<br /> '''2017'''<br /> * Dunie, Matt. “The Importance of Research Data Management: The Value of Electronic Laboratory Notebooks in the Management of Data Integrity and Data Availability.” Information Services &amp; Use 37(3), 355–59, 2017. [http://doi.org/10.3233/ISU-170843 10.3233/ISU-170843]<br /> * Franke, Michael, Jalal Weraach, and Markus Haarländer. “Elektronische Laborbücher in Der Max-Planck-Gesellschaft,” 2017. [http://doi.org/10.17617/1.5t 10.17617/1.5t]<br /> * Kanza, Samantha, Cerys Willoughby, Nicholas Gibbins, Richard Whitby, Jeremy Graham Frey, Jana Erjavec, Klemen Zupančič, Matjaž Hren, and Katarina Kovač. “Electronic Lab Notebooks: Can They Replace Paper?” Journal of Cheminformatics, 9, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0221-3 10.1186/s13321-017-0221-3]<br /> * Sydor, Jens, and Grace Kim. “Are We Ready for the Evolution of Electronic Laboratory Notebooks in Regulated Bioanalysis?” Bioanalysis 9(16), 1203–5, 2017. [http://doi.org/10.4155/bio-2017-0115 10.4155/bio-2017-0115]<br /> '''2016'''<br /> * Dirnagl, Ulrich, and Ingo Przesdzing. “A Pocket Guide to Electronic Laboratory Notebooks in the Academic Life Sciences.” F1000Research, 2016. [http://doi.org/10.12688/f1000research.7628.1 10.12688/f1000research.7628.1]<br /> * Krause, Evamaria. “Elektronische Laborbücher Im Forschungsdatenmanagement – Eine Neue Aufgabe Für Bibliotheken?” ABI Technik 36(2), 78–87, 2016. [http://doi.org/10.1515/abitech-2016-0013 10.1515/abitech-2016-0013]<br /> '''2014'''<br /> * Nussbeck, Sara Y., Philipp Weil, Julia Menzel, Bartlomiej Marzec, Kai Lorberg, and Blanche Schwappach. “The Laboratory Notebook in the 21st Century: The Electronic Laboratory Notebook Would Enhance Good Scientific Practice and Increase Research Productivity.” EMBO Reports 15(6), 631–34, 2014. [http://doi.org/10.15252/embr.201338358 10.15252/embr.201338358]<br /> * Palovich, Tracy U. “Electronic Notebooks in the Post-America Invents Act World.” ACS Medicinal Chemistry Letters 5(12), 1266–67, 2014. [http://doi.org/10.1021/ml500442p 10.1021/ml500442p]<br /> '''2013'''<br /> * Bird, Colin L., Cerys Willoughby, and Jeremy G. Frey. “Laboratory Notebooks in the Digital Era: The Role of ELNs in Record Keeping for Chemistry and Other Sciences.” Chemical Society Reviews 42(20), 8157–75, 2013. [http://doi.org/10.1039/C3CS60122F 10.1039/C3CS60122F]<br /> * Machina, Hari K., and David J. Wild. “Electronic Laboratory Notebooks Progress and Challenges in Implementation.” Journal of Laboratory Automation 18(4), 264–68, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068213484471 10.1177/2211068213484471]<br /> '''2011'''<br /> * Rubacha, Michael, Anil K Rattan, and Stephen C Hosselet. “A Review of Electronic Laboratory Notebooks Available in the Market Today.” Journal of Laboratory Automation 16(1), 90–98, 2011. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2009.01.002 10.1016/j.jala.2009.01.002]<br /> '''2008'''<br /> * Williams, Michael, Donna Bozyczko‐Coyne, Bruce Dorsey, and Scott Larsen. “Laboratory Notebooks and Data Storage.” Current Protocols Essential Laboratory Techniques A.2A, 2008. [http://doi.org/10.1002/9780470089941.eta02as00 10.1002/9780470089941.eta02as00]<br /> '''2007'''<br /> * Du, Ping, and Joseph A. Kofman. “Electronic Laboratory Notebooks in Pharmaceutical R&amp;D: On the Road to Maturity.” Journal of the Association for Laboratory Automation 12(3), 157–65, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2007.01.001 10.1016/j.jala.2007.01.001]<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Taylor, Keith T. “The Status of Electronic Laboratory Notebooks for Chemistry and Biology.” Current Opinion in Drug Discovery &amp; Development 9(3), 348–53, 2006. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16729731]<br /> '''2005'''<br /> * Butler, Declan. “Electronic Notebooks: A New Leaf.” Nature 436(7047), 20–21, 2005. [http://doi.org/10.1038/436020a 10.1038/436020a]<br /> '''1996'''<br /> * Myers, J. D., C. Fox-Dobbs, J. Laird, Dai Le, D. Reich, and T. Curtz. “Electronic Laboratory Notebooks for Collaborative Research.” In Proceedings of WET ICE ’96. IEEE 5th Workshop on Enabling Technologies; Infrastucture for Collaborative Enterprises, 47–51, 1996. [http://doi.org/10.1109/ENABL.1996.555050 10.1109/ENABL.1996.555050]<br /> <br /> === Specific solutions ===<br /> '''2019'''<br /> * Potthoff, Jan, Tremouilhac, Pierre, Hodapp, Patrick, Neumair, Bernhard, Bräse, Stefan and Jung, Nicole. “Procedures for Systematic Capture and Management of Analytical Data in Academia.” Analytica Chimica Acta: X, 2019. [http://doi.org/10.1016/j.acax.2019.100007 10.1016/j.acax.2019.100007]<br /> '''2018'''<br /> * Ahlstrand, Emma, Antoine Buetti-Dinh, and Ran Friedman. “An Interactive Computer Lab of the Galvanic Cell for Students in Biochemistry: Interactive Computer Lab of the Galvanic Cell.” Biochemistry and Molecular Biology Education 46(1), 58–65, 2018. [http://doi.org/10.1002/bmb.21091 10.1002/bmb.21091]<br /> * Kotov, Serhii, Pierre Tremouilhac, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion'''-ELN Part 2: Adaption of an Embedded Ketcher Editor to Advanced Research Applications.” Journal of Cheminformatics 10(1), 38, 2018. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 10.1186/s13321-018-0292-9]<br /> * Mah, Clarence K., Jill P. Mesirov, and Lukas Chavez. “An Accessible GenePattern Notebook for the Copy Number Variation Analysis of Illumina Infinium DNA Methylation Arrays.” F1000Research 7, 1897, 2018. [http://doi.org/10.12688/f1000research.16338.1 10.12688/f1000research.16338.1]<br /> * Pawar, Shrikant, and Harshul Batra. “Online Electronic Laboratory Notebook: A Secured Cloud Storage System Scripted in Hypertext Pre-Processor (PHP) Programming Language.” Journal of Engineering and Technology Research 10(1), 1–6, 2018). [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 10.5897/JETR2018.0638]<br /> * Rahman, Mahabubur, and Hiroshi Watabe. “Online Molecular Image Repository and Analysis System: A Multicenter Collaborative Open-Source Infrastructure for Molecular Imaging Research and Application.” Computers in Biology and Medicine, 2018. [http://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2018.04.001 10.1016/j.compbiomed.2018.04.001]<br /> '''2017'''<br /> * Hunter, Adam, Saravanan Dayalan, David De Souza, Brad Power, Rodney Lorrimar, Tamas Szabo, Thu Nguyen, et al. “'''MASTR-MS''': A Web-Based Collaborative Laboratory Information Management System (LIMS) for Metabolomics.” Metabolomics 13(2), 14, 2017. [http://doi.org/10.1007/s11306-016-1142-2 10.1007/s11306-016-1142-2]<br /> * Tremouilhac, Pierre, An Nguyen, Yu-Chieh Huang, Serhii Kotov, Dominic Sebastian Lütjohann, Florian Hübsch, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion''' ELN: An Open Source Electronic Lab Notebook for Chemists in Academia.” Journal of Cheminformatics 9, 54, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0240-0 10.1186/s13321-017-0240-0]<br /> '''2016'''<br /> * Guerrero, Santiago, Gwendal Dujardin, Alejandro Cabrera-Andrade, César Paz-y-Miño, Alberto Indacochea, Marta Inglés-Ferrándiz, Hima Priyanka Nadimpalli, et al. “Analysis and Implementation of an Electronic Laboratory Notebook in a Biomedical Research Institute.” PLOS ONE 11(8), e0160428, 2016. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0160428 10.1371/journal.pone.0160428]<br /> * Vaas, Lea A. I., Gesa Witt, Björn Windshügel, Andrea Bosin, Giovanni Serra, Adrian Bruengger, Mathias Winterhalter, Philip Gribbon, Cindy J. Levy-Petelinkar, and Manfred Kohler. “Electronic Laboratory Notebooks in a Public-Private-Partnership.” PeerJ Preprints, 2016. [http://peerj.com/preprints/2325]<br /> * Ventura, Susana, Ricardo Carvalho Amorim, João Rocha da Silva, and Cristina Ribeiro. “Voice Recognition in the LabTablet Electronic Laboratory Notebook.” In Proceedings of the Ninth International C* Conference on Computer Science &amp; Software Engineering, 13–16, 2016. [http://doi.org/10.1145/2948992.2948998 10.1145/2948992.2948998]<br /> '''2015'''<br /> * Barillari, Caterina, Diana Ottoz, Juan Mariano Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan, Bernd Rinn, and Fabian Rudolf. “'''OpenBIS''' ELN-LIMS: An Open-Source Database for Academic Laboratories.” Bioinformatics, btv606, 2015. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv606 10.1093/bioinformatics/btv606]<br /> * Day, Aileen E., Simon J. Coles, Colin L. Bird, Jeremy G. Frey, Richard J. Whitby, Valery E. Tkachenko, and Antony J. Williams. “'''ChemTrove''': Enabling a Generic ELN To Support Chemistry through the Use of Transferable Plug-Ins and Online Data Sources.” Journal of Chemical Information and Modeling 55(3), 501–9, 2015. [http://doi.org/10.1021/ci5005948 10.1021/ci5005948]<br /> * Gates, Richard S., Mark J. McLean, and William A. Osborn. “Smart Electronic Laboratory Notebooks for the NIST Research Environment.” Journal of Research of the National Institute of Standards and Technology 120, 193–303, 2015. [http://doi.org/10.6028/jres.120.018 10.6028/jres.120.018]<br /> * List, Markus, Michael Franz, Qihua Tan, Jan Mollenhauer, and Jan Baumbach. “'''OpenLabNotes'''--An Electronic Laboratory Notebook Extension for OpenLabFramework.” Journal of Integrative Bioinformatics 12(3), 274, 2015. [http://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2015-274 10.2390/biecoll-jib-2015-274]<br /> * Macdonald, Stuart, and Rory Macneil. “Service Integration to Enhance Research Data Management: '''RSpace''' Electronic Laboratory Notebook Case Study | International Journal of Digital Curation,” 2015. [http://ijdc.net/index.php/ijdc/article/view/10.1.163]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, and Sara Y. Nussbeck. “Metadata Capture in an Electronic Notebook: How to Make It as Simple as Possible?” GMS Med Inform Biom Epidemiol 11(1), Doc06, 2015. [http://doi.org/10.3205/mibe000162 10.3205/mibe000162]<br /> '''2014'''<br /> * Clark, Alex. “Putting Together the Pieces: Building a Reaction-Centric Electronic Lab Notebook for Mobile Devices.” Journal of Cheminformatics 6(Suppl 1), 2014. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-O1 10.1186/1758-2946-6-S1-O1]<br /> * Hall, Mona, and Didem Vardar-Ulu. “An Inquiry-Based Biochemistry Laboratory Structure Emphasizing Competency in the Scientific Process: A Guided Approach with an Electronic Notebook Format.” Biochemistry and Molecular Biology Education 42(1), 58–67, 2014. [http://doi.org/10.1002/bmb.20769 10.1002/bmb.20769]<br /> * Johnston, Jill, Sashi Kant, Vanessa Gysbers, Dale Hancock, and Gareth Denyer. “Using an EPortfolio System as an Electronic Laboratory Notebook in Undergraduate Biochemistry and Molecular Biology Practical Classes.” Biochemistry and Molecular Biology Education: A Bimonthly Publication of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology 42(1), 50–57, 2014. [https//doi.org/10.1002/bmb.20754 10.1002/bmb.20754]<br /> * Kloeckner, Frederik, Robert Farkas, Tobias Franken, and Thomas Schmitz-Rode. “Development of a Prediction Model on the Acceptance of Electronic Laboratory Notebooks in Academic Environments.” Biomedizinische Technik. Biomedical Engineering 59(2), 95–102, 2014. [http://doi.org/10.1515/bmt-2013-0023 10.1515/bmt-2013-0023]<br /> * Willoughby, Cerys, Colin L. Bird, Simon J. Coles, and Jeremy G. Frey. “Creating Context for the Experiment Record. User-Defined Metadata: Investigations into Metadata Usage in the LabTrove ELN.” Journal of Chemical Information and Modeling 54(12), 3268–83, 2014. [http://doi.org/10.1021/ci500469f 10.1021/ci500469f]<br /> '''2013'''<br /> * Coles, Simon J., Jeremy G. Frey, Colin L. Bird, Richard J. Whitby, and Aileen E. Day. “First Steps towards Semantic Descriptions of Electronic Laboratory Notebook Records.” Journal of Cheminformatics 5(1), 52, 2013. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-5-52 10.1186/1758-2946-5-52]<br /> * Johannes, Paul C., Jan Potthoff, Alexander Roßnagel, Bernhard Neumair, Moaaz Madiesh, and Siegfried Hackel. Beweissicheres elektronisches Laborbuch: Anforderungen, Konzepte und Umsetzung zur langfristigen, beweiswerterhaltenden Archivierung elektronischer Forschungsdaten und -dokumentation. Auflage: 1. Baden-Baden: Nomos, 2013. ISBN 978-3-8487-0706-5<br /> * Marzec, Bartlomiej, Philipp Weil, and Sara Yasemin Nussbeck. “Vorbereitungsprozess Für Die Elektronische Dokumentation Und Nachnutzbarkeit von Forschungsdaten in ELN.” In Abstractband GMDS 2013. Lübeck: Pro BUSINESS, 2013. [http://doi.org/10.3205/13gmds051 10.3205/13gmds051]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, Philip Bittihn, Daniel Hornung, Nadine Mathieu, and Sara Y Demiroglu. “Requirement Analysis for an Electronic Laboratory Notebook for Sustainable Data Management in Biomedical Research.” Studies in Health Technology and Informatics 192, 2013. [http://doi.org/10.3233/978-1-61499-289-9-1108 10.3233/978-1-61499-289-9-1108]<br /> * Milsted, Andrew J., Jennifer R. Hale, Jeremy G. Frey, and Cameron Neylon. “'''LabTrove''': A Lightweight, Web Based, Laboratory ‘Blog’ as a Route towards a Marked Up Record of Work in a Bioscience Research Laboratory.” PLOS ONE 8(7), e67460, 2013. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0067460 10.1371/journal.pone.0067460]<br /> * Rees, Ian, Ed Langley, Wah Chiu, and Steven J. Ludtke. “'''EMEN2''': An Object Oriented Database and Electronic Lab Notebook.” Microscopy and Microanalysis: The Official Journal of Microscopy Society of America, Microbeam Analysis Society, Microscopical Society of Canada 19(1), 1–10, 2013. [http://doi.org/10.1017/S1431927612014043 10.1017/S1431927612014043]<br /> * Voegele, Catherine, Baptiste Bouchereau, Nivonirina Robinot, James McKay, Philippe Damiecki, and Lucile Alteyrac. “A Universal Open-Source Electronic Laboratory Notebook.” Bioinformatics 29(13), 1710–12, 2013. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt253 10.1093/bioinformatics/btt253]<br /> * Walsh, Emily, and Ilseung Cho. “Using '''Evernote''' as an Electronic Lab Notebook in a Translational Science Laboratory.” Journal of Laboratory Automation 18(3), 229–34, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068212471834 10.1177/2211068212471834]<br /> '''2012'''<br /> * Fritz, Fleur, Benjamin Trinczek, Sebasitan Balhorn, and Martin Dugas. “Wie Viel Desinfektionsmittel Verträgt Ein Tablet? Hygieneanforderungen Beim Einsatz von IPads Für Die Klinische Dokumentation.” Abstractband GMDS, 2012. [http://doi.org/10.3205/12gmds011 10.3205/12gmds011]<br /> * Iyer, Rupa, and William Kudrle. “Implementation of an Electronic Lab Notebook to Integrate Research and Education in an Undergraduate Biotechnology Program.” Technology Interface International Journal 12(2), 5–12, 2012. [http://tiij.org/issues/issues/spring2012/abstracts/Z__TIIJ%20spring%202012%20v12%20n2%20(paper%201).pdf]<br /> * Rudolphi, Felix, and Lukas J Goossen. “Electronic Laboratory Notebook: The Academic Point of View.” Journal of Chemical Information and Modeling 52(2), 293–301, 2012. [http://doi.org/10.1021/ci2003895 10.1021/ci2003895]<br /> '''2011'''<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Yilmaz, Pelin, Renzo Kottmann, Dawn Field, Rob Knight, James R. Cole, Linda Amaral-Zettler, Jack A. Gilbert, et al. “Minimum Information about a Marker Gene Sequence (MIMARKS) and Minimum Information about Any (x) Sequence (MIxS) Specifications.” Nature Biotechnology 29(5), 415–20, 2011. [http://doi.org/10.1038/nbt.1823 10.1038/nbt.1823]<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Macneil, Rory. “The Benefits of Integrated Systems for Managing Both Samples and Experimental Data: An Opportunity for Labs in Universities and Government Research Institutions to Lead the Way.” Automated Experimentation 3(1), 2, 2011. [https://doi.org/10.1186/1759-4499-3-2 10.1186/1759-4499-3-2]<br /> '''2010'''<br /> * Hibbert, Brynn, Jeremy G. Frey, Rosanne Quinnell, Mauro Mocerino, Matthew Todd, Piyapong Niamsup, Adrian Plummer, and Andrew Milsted. “Teaching Instrumental Science Globally Using a Collaborative Electronic Laboratory Notebook.” Proceedings of The Australian Conference on Science and Mathematics Education, 16, 2010.<br /> * Quinnell, Rosanne, and D. Brynn Hibbert. “Introducing an Electronic Laboratory Notebook to PhD Students Undertaking Chemistry Research at a Research Intensive University.” In International Conference on Education, Training and Informatics: ICETI, 2010. [http://www.iiis.org/CDs2010/CD2010IMC/ICETI_2010/PapersPdf/EB108QJ.pdf]<br /> '''2009'''<br /> * Goddard, Nigel H., Rory Macneil, and Jonathan Ritchie. “'''ECAT''': Online Electronic Lab Notebook for Scientific Research.” Automated Experimentation 1(1), 4, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-4 10.1186/1759-4499-1-4]<br /> '''2008'''<br /> * Tabard, Aurélien, Wendy E. Mackay, and Evelyn Eastmond. “From Individual to Collaborative: The Evolution of Prism, a Hybrid Laboratory Notebook.” In Proceedings of the 2008 ACM Conference on Computer Supported Cooperative Work, 569–578, 2008. [http://doi.org/10.1145/1460563.1460653 10.1145/1460563.1460653]<br /> '''2007'''<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Khan, Arshad M., Joel D. Hahn, Wei-Cheng Cheng, Alan G. Watts, and Gully A. P. C. Burns. “NeuroScholar’s Electronic Laboratory Notebook and Its Application to Neuroendocrinology.” Neuroinformatics 4(2), 139–62, 2006. [http://doi.org/10.1385/NI:4:2:139 10.1385/NI:4:2:139]<br /> '''2005'''<br /> * Fakas, Georgios John, Anh Vu Nguyen, and Denis Gillet. “The Electronic Laboratory Journal: A Collaborative and Cooperative Learning Environment for Web-Based Experimentation.” Computer Supported Cooperative Work (CSCW) 14(3), 189–216, 2005. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 10.1007/s10606-005-3272-3]<br /> * Talbott, Tara, Michael Peterson, Jens Schwidder, and James D. Myers. “Adapting the Electronic Laboratory Notebook for the Semantic Era.” In Collaborative Technologies and Systems, 2005. Proceedings of the 2005 International Symposium On, 136–43. IEEE, 2005. [http://doi.org/10.1109/ISCST.2005.1553305 10.1109/ISCST.2005.1553305]<br /> '''1995'''<br /> * Fort, Jr., Raymond. “ChemWindow and Entropy Lite.” Journal of Chemical Information and Modeling 35(5), 932–33, 1995. [http://doi.org/10.1021/ci00027a603 10.1021/ci00027a603]<br /> * Marstaller, J.E., and M.D. Zorn. “An Electronic Laboratory Notebook Based on HTML Forms” 1995. [http://doi.org/10.2172/197149 10.2172/197149]<br /> '''1993'''<br /> * Pecherer, R. M. “Contig Graph Tool: A Graphical Interface for Contig Physical Map Assembly.” In [1993] Proceedings of the Twenty-Sixth Hawaii International Conference on System Sciences, 1, i:544–53, 1993. [http://doi.org/10.1109/HICSS.1993.270686 10.1109/HICSS.1993.270686]<br /> '''1987'''<br /> * Delaney, Michael F. “Using ‘Electronic Laboratory Notebook’ Software in the Instrumental Analysis Course.” Journal of Chemical Education 64(1), 29, 1987. [http://doi.org/10.1021/ed064p29 10.1021/ed064p29]<br /> '''1985'''<br /> * Gilbert, William A. “'''RS/1''': An Electronic Laboratory Notebook.” BioScience 35(9), 588–90, 1985.<br /> '''1970'''<br /> * Greenblatt, Melvin, Ruggero Montesano, Louise Wombolt, and Philippe Shubik. “Automatic Data Processing Techniques for Carcinogenesis Studies.” JNCI: Journal of the National Cancer Institute 44, no. 5 (May 1, 1970): 1037–45. [http://doi.org/10.1093/jnci/44.5.1037 10.1093/jnci/44.5.1037]<br /> <br /> [[Kategorie:Data Management‏‎|Datenmanagement (Data Management)‏‎]]‏‎<br /> [[Kategorie:Data_Publishing|Datenveröffentlichungen (Data Publishing)]]<br /> [[Kategorie:Metadaten|Metadaten (Metadata)]]<br /> [[Kategorie:Standards|Standards und Standardisierungsinitiativen]]<br /> [[Kategorie:Technik|Software und Technik (Software and Technology)]]<br /> [[Kategorie:Elektronische Laborbücher]]</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Elektronische_Laborb%C3%BCcher&diff=4293 2019-03-04T13:39:09Z

<p>FrankLange: Danish ELN</p> <hr /> <div>== Synonyme ==<br /> * Elektronisches Laborjournal (e.g. [http://doi.org/10.1002/ciuz.201190007 Gooßen &amp; Rudolphi])<br /> * Electronic laboratory journal (e.g. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 Fakas et al.])<br /> * Elektronisches Laborbuch (e.g. [http://dx.doi.org/10.17617/1.5T Franke et al.], [http://de.wikipedia.org/wiki/Laborjournal Wikipedia.De])<br /> * Electronic lab notebook (e.g. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 Kotov et al.)], [http://en.wikipedia.org/wiki/Electronic_lab_notebook Wikipedia.En])<br /> * Electronic laboratory notebook (e.g. [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 Pawar &amp; Batra])<br /> * Electronic notebook (e.g. [http://www.researchgate.net/publication/228705896_Collaborative_electronic_notebooks_as_electronic_records_Design_issues_for_the_secure_electronic_laboratory_notebook_eln Myers])<br /> <br /> == Mailing lists ==<br /> In Germany exist at least two ELN Mailing lists:<br /> * eln@listserv.dfn.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange])<br /> * elabnotebook@lists.gwdg.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9895-2469 Harald Kusch])<br /> <br /> == Web resources ==<br /> * Material about [http://os.helmholtz.de/bewusstsein-schaerfen/workshops/helmholtz-open-science-workshop-elektronische-laborbuecher/ ELN Workshop in Braunschweig 2018] (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4142-2555 Paul Schultze-Motel]); [[Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“|Workshop notes, ]] [http://doi.org/10.2312/os.helmholtz.001 Zusammenfassung]<br /> * Material about [http://doi.org/10.25625/EGSYRW ELN Workshop in Cardiff 2018], UK (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4946-6544 Evamaria Krause])<br /> * Material about [http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/ Leibniz-Gemeinschaft-ELN Workshop] in Berlin 2018 (organized by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange]); [[Workshop_zu_elektronischen_Laborbüchern_(Leibniz-Gemeinschaft)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://vidensportal.deic.dk/en/eLabBooks/Workshops ELN Workshop] in Aarhus 2018<br /> * Material about [http://zenodo.org/record/1247390#.WyRf8qczZeU ELN Workshop in Delft 2017], Netherlands (organized by [http://orcid.org/0000-0001-8520-5598 Marta Teperek])<br /> * Material about [http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer ELN Workshop in Aachen] (organized by Bela Brenger); [[DH-NRW Workshop zum Thema elektronische Laborbücher (ELN)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://www.eresearch.uni-goettingen.de/content/eresearch-toolbox-electronic-note-keeping ELN-Workshop in Göttingen] (organized by [http://eresearch.uni-goettingen.de eResearch Alliance Göttingen], [http://www.herzzentrum-goettingen.de/en/content/research/906.html SFB 1002], [http://www.sfb1190.de SFB 1190])<br /> * Material about [http://eln.mpdl.mpg.de/?page_id=40 Max Planck Digital Library (MPDL)-ELN Workshop] in Berlin (organized by Juliane Schönfeldt)<br /> * Material about [http://doi.org/10.17863/CAM.7217 Electronic Lab Notebooks: Solutions for Paperless Research] at the University of Cambridge<br /> * Guiding Website and discussion forum at Cambridge [http://www.gurdon.cam.ac.uk/institute-life/computing/elnguidance], [http://computing.group.gurdon.cam.ac.uk/elnforum/]<br /> * Guiding Website at the Danish e-Infrastructure Cooperation [http://vidensportal.deic.dk/en/eLabBooks/EntryPage] (eLabBook project by the Technical University of Denmark, University of Copenhagen and Aarhus University)<br /> * Guiding Website at Harvard [http://datamanagement.hms.harvard.edu/electronic-lab-notebooks] [http://zenodo.org/record/1453364#.W9MTxtUza0k]<br /> * Guiding Website at Utah [http://campusguides.lib.utah.edu/ELNs]<br /> * Guiding Website at Wisconsin [http://eln.wisc.edu/]<br /> * Adam, Beatrix, Birte Lindstädt. 2018. &quot;Electronic Lab Notebooks als Teil des Forschungsdatenmanagements&quot; [http://zbmedblog.de/electronic-lab-notebooks-als-teil-des-forschungsdatenmanagements/]<br /> * Kwok, Roberta. “How to Pick an Electronic Laboratory Notebook.” News. Nature, August 6, 2018. [http://doi.org/10.1038/d41586-018-05895-3 10.1038/d41586-018-05895-3]<br /> * Okon, Monica Dominique, and Tanya M. Nocera Ph.D. “Board # 13 :The Student Educational Experience with Electronic Laboratory Notebooks (Work in Progress),” 2017. [http://peer.asee.org/27729]<br /> * Kozlowski, Wendy A. “The Electronic Lab Notebook: Piloting a Research Data Management Tool at Cornell University,” 2013. [http://academiccommons.columbia.edu/catalog/ac:157129]<br /> * Giles, Jim. “Going Paperless: The Digital Lab.” Nature 481(7382), 430–31, 2012. [http://doi.org/10.1038/481430a 10.1038/481430a]<br /> * Wolf, Alan, Jason Pursian, Victoria Sutton, Cheryl Scadlock, Jan Cheetham, Dan Voeks, and Scott Fullerton. “Electronic Lab Notebook Pilot at the University of Wisconsin-Madison”, 2012. [http://researchdata.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/04/ELN_pilot_report_UWMadison.pdf]<br /> * Trigg, John. Getting Started with an Electronic Laboratory Notebook. 3rd ed., 2011. [http://www.3dsbiovia.com/resource-center/white-papers/ebook-scw-eln-getting-started-guide3-request.php]<br /> * Elliott, Michael H. “Building Acceptance for ELN Implementation”, 2010. [http://www.rdmag.com/article/2010/08/building-acceptance-eln-implementation]<br /> * Elliott, Michael H. “What You Should Know Before Selecting an ELN.” Scientific Computing 26(3), E11–13, 2009 . [http://www.rdmag.com/article/2009/05/what-you-should-know-selecting-eln]<br /> * Quinnell, Rosanne, Brynn Hibbert, and Andrew J. Milsted. “EScience: Evaluating Electronic Laboratory Notebooks in Chemistry Research.” Conference presented at the Ascilite Auckland 2009. [http://eprints.soton.ac.uk/148059/]<br /> * Wright, Jerry M. “Make It Better but Don’t Change Anything.” Automated Experimentation 1, 5, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-5 10.1186/1759-4499-1-5]<br /> * Elliott, Michael H. “Electronic Laboratory Notebooks: A Foundation for Knowledge Management,” 2004. [http://www.atriumresearch.com/library/Atrium%20Research%20Douglas%20Connect%20Webinar.pdf]<br /> <br /> == Scientific literature ==<br /> === General ===<br /> '''2018'''<br /> * Sayre, Franklin, Caitlin Bakker, Julie Kelly, Megan Kocher, and Meghan Lafferty. “Support for Electronic Lab Notebooks at Top American Research Universities.” Journal of EScience Librarianship, 2018. [http://doi.org/10.7191/jeslib.2018.1140 10.7191/jeslib.2018.1140]<br /> * Steensel, Bas van. “Scientific Honesty and Publicly Shared Lab Notebooks: Sharing Lab Notebooks along with Publication Would Increase Transparency and Help to Improve Honesty When Reporting Results.” EMBO Reports, e46866, 2018. [http://doi.org/10.15252/embr.201846866 10.15252/embr.201846866]<br /> '''2017'''<br /> * Dunie, Matt. “The Importance of Research Data Management: The Value of Electronic Laboratory Notebooks in the Management of Data Integrity and Data Availability.” Information Services &amp; Use 37(3), 355–59, 2017. [http://doi.org/10.3233/ISU-170843 10.3233/ISU-170843]<br /> * Franke, Michael, Jalal Weraach, and Markus Haarländer. “Elektronische Laborbücher in Der Max-Planck-Gesellschaft,” 2017. [http://doi.org/10.17617/1.5t 10.17617/1.5t]<br /> * Kanza, Samantha, Cerys Willoughby, Nicholas Gibbins, Richard Whitby, Jeremy Graham Frey, Jana Erjavec, Klemen Zupančič, Matjaž Hren, and Katarina Kovač. “Electronic Lab Notebooks: Can They Replace Paper?” Journal of Cheminformatics, 9, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0221-3 10.1186/s13321-017-0221-3]<br /> * Sydor, Jens, and Grace Kim. “Are We Ready for the Evolution of Electronic Laboratory Notebooks in Regulated Bioanalysis?” Bioanalysis 9(16), 1203–5, 2017. [http://doi.org/10.4155/bio-2017-0115 10.4155/bio-2017-0115]<br /> '''2016'''<br /> * Dirnagl, Ulrich, and Ingo Przesdzing. “A Pocket Guide to Electronic Laboratory Notebooks in the Academic Life Sciences.” F1000Research, 2016. [http://doi.org/10.12688/f1000research.7628.1 10.12688/f1000research.7628.1]<br /> * Krause, Evamaria. “Elektronische Laborbücher Im Forschungsdatenmanagement – Eine Neue Aufgabe Für Bibliotheken?” ABI Technik 36(2), 78–87, 2016. [http://doi.org/10.1515/abitech-2016-0013 10.1515/abitech-2016-0013]<br /> '''2014'''<br /> * Nussbeck, Sara Y., Philipp Weil, Julia Menzel, Bartlomiej Marzec, Kai Lorberg, and Blanche Schwappach. “The Laboratory Notebook in the 21st Century: The Electronic Laboratory Notebook Would Enhance Good Scientific Practice and Increase Research Productivity.” EMBO Reports 15(6), 631–34, 2014. [http://doi.org/10.15252/embr.201338358 10.15252/embr.201338358]<br /> * Palovich, Tracy U. “Electronic Notebooks in the Post-America Invents Act World.” ACS Medicinal Chemistry Letters 5(12), 1266–67, 2014. [http://doi.org/10.1021/ml500442p 10.1021/ml500442p]<br /> '''2013'''<br /> * Bird, Colin L., Cerys Willoughby, and Jeremy G. Frey. “Laboratory Notebooks in the Digital Era: The Role of ELNs in Record Keeping for Chemistry and Other Sciences.” Chemical Society Reviews 42(20), 8157–75, 2013. [http://doi.org/10.1039/C3CS60122F 10.1039/C3CS60122F]<br /> * Machina, Hari K., and David J. Wild. “Electronic Laboratory Notebooks Progress and Challenges in Implementation.” Journal of Laboratory Automation 18(4), 264–68, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068213484471 10.1177/2211068213484471]<br /> '''2011'''<br /> * Rubacha, Michael, Anil K Rattan, and Stephen C Hosselet. “A Review of Electronic Laboratory Notebooks Available in the Market Today.” Journal of Laboratory Automation 16(1), 90–98, 2011. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2009.01.002 10.1016/j.jala.2009.01.002]<br /> '''2008'''<br /> * Williams, Michael, Donna Bozyczko‐Coyne, Bruce Dorsey, and Scott Larsen. “Laboratory Notebooks and Data Storage.” Current Protocols Essential Laboratory Techniques A.2A, 2008. [http://doi.org/10.1002/9780470089941.eta02as00 10.1002/9780470089941.eta02as00]<br /> '''2007'''<br /> * Du, Ping, and Joseph A. Kofman. “Electronic Laboratory Notebooks in Pharmaceutical R&amp;D: On the Road to Maturity.” Journal of the Association for Laboratory Automation 12(3), 157–65, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2007.01.001 10.1016/j.jala.2007.01.001]<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Taylor, Keith T. “The Status of Electronic Laboratory Notebooks for Chemistry and Biology.” Current Opinion in Drug Discovery &amp; Development 9(3), 348–53, 2006. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16729731]<br /> '''2005'''<br /> * Butler, Declan. “Electronic Notebooks: A New Leaf.” Nature 436(7047), 20–21, 2005. [http://doi.org/10.1038/436020a 10.1038/436020a]<br /> '''1996'''<br /> * Myers, J. D., C. Fox-Dobbs, J. Laird, Dai Le, D. Reich, and T. Curtz. “Electronic Laboratory Notebooks for Collaborative Research.” In Proceedings of WET ICE ’96. IEEE 5th Workshop on Enabling Technologies; Infrastucture for Collaborative Enterprises, 47–51, 1996. [http://doi.org/10.1109/ENABL.1996.555050 10.1109/ENABL.1996.555050]<br /> <br /> === Specific solutions ===<br /> '''2019'''<br /> * Potthoff, Jan, Tremouilhac, Pierre, Hodapp, Patrick, Neumair, Bernhard, Bräse, Stefan and Jung, Nicole. “Procedures for Systematic Capture and Management of Analytical Data in Academia.” Analytica Chimica Acta: X, 2019. [http://doi.org/10.1016/j.acax.2019.100007 10.1016/j.acax.2019.100007]<br /> '''2018'''<br /> * Ahlstrand, Emma, Antoine Buetti-Dinh, and Ran Friedman. “An Interactive Computer Lab of the Galvanic Cell for Students in Biochemistry: Interactive Computer Lab of the Galvanic Cell.” Biochemistry and Molecular Biology Education 46(1), 58–65, 2018. [http://doi.org/10.1002/bmb.21091 10.1002/bmb.21091]<br /> * Kotov, Serhii, Pierre Tremouilhac, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion'''-ELN Part 2: Adaption of an Embedded Ketcher Editor to Advanced Research Applications.” Journal of Cheminformatics 10(1), 38, 2018. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 10.1186/s13321-018-0292-9]<br /> * Mah, Clarence K., Jill P. Mesirov, and Lukas Chavez. “An Accessible GenePattern Notebook for the Copy Number Variation Analysis of Illumina Infinium DNA Methylation Arrays.” F1000Research 7, 1897, 2018. [http://doi.org/10.12688/f1000research.16338.1 10.12688/f1000research.16338.1]<br /> * Pawar, Shrikant, and Harshul Batra. “Online Electronic Laboratory Notebook: A Secured Cloud Storage System Scripted in Hypertext Pre-Processor (PHP) Programming Language.” Journal of Engineering and Technology Research 10(1), 1–6, 2018). [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 10.5897/JETR2018.0638]<br /> * Rahman, Mahabubur, and Hiroshi Watabe. “Online Molecular Image Repository and Analysis System: A Multicenter Collaborative Open-Source Infrastructure for Molecular Imaging Research and Application.” Computers in Biology and Medicine, 2018. [http://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2018.04.001 10.1016/j.compbiomed.2018.04.001]<br /> '''2017'''<br /> * Hunter, Adam, Saravanan Dayalan, David De Souza, Brad Power, Rodney Lorrimar, Tamas Szabo, Thu Nguyen, et al. “'''MASTR-MS''': A Web-Based Collaborative Laboratory Information Management System (LIMS) for Metabolomics.” Metabolomics 13(2), 14, 2017. [http://doi.org/10.1007/s11306-016-1142-2 10.1007/s11306-016-1142-2]<br /> * Tremouilhac, Pierre, An Nguyen, Yu-Chieh Huang, Serhii Kotov, Dominic Sebastian Lütjohann, Florian Hübsch, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion''' ELN: An Open Source Electronic Lab Notebook for Chemists in Academia.” Journal of Cheminformatics 9, 54, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0240-0 10.1186/s13321-017-0240-0]<br /> '''2016'''<br /> * Guerrero, Santiago, Gwendal Dujardin, Alejandro Cabrera-Andrade, César Paz-y-Miño, Alberto Indacochea, Marta Inglés-Ferrándiz, Hima Priyanka Nadimpalli, et al. “Analysis and Implementation of an Electronic Laboratory Notebook in a Biomedical Research Institute.” PLOS ONE 11(8), e0160428, 2016. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0160428 10.1371/journal.pone.0160428]<br /> * Vaas, Lea A. I., Gesa Witt, Björn Windshügel, Andrea Bosin, Giovanni Serra, Adrian Bruengger, Mathias Winterhalter, Philip Gribbon, Cindy J. Levy-Petelinkar, and Manfred Kohler. “Electronic Laboratory Notebooks in a Public-Private-Partnership.” PeerJ Preprints, 2016. [http://peerj.com/preprints/2325]<br /> * Ventura, Susana, Ricardo Carvalho Amorim, João Rocha da Silva, and Cristina Ribeiro. “Voice Recognition in the LabTablet Electronic Laboratory Notebook.” In Proceedings of the Ninth International C* Conference on Computer Science &amp; Software Engineering, 13–16, 2016. [http://doi.org/10.1145/2948992.2948998 10.1145/2948992.2948998]<br /> '''2015'''<br /> * Barillari, Caterina, Diana Ottoz, Juan Mariano Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan, Bernd Rinn, and Fabian Rudolf. “'''OpenBIS''' ELN-LIMS: An Open-Source Database for Academic Laboratories.” Bioinformatics, btv606, 2015. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv606 10.1093/bioinformatics/btv606]<br /> * Day, Aileen E., Simon J. Coles, Colin L. Bird, Jeremy G. Frey, Richard J. Whitby, Valery E. Tkachenko, and Antony J. Williams. “'''ChemTrove''': Enabling a Generic ELN To Support Chemistry through the Use of Transferable Plug-Ins and Online Data Sources.” Journal of Chemical Information and Modeling 55(3), 501–9, 2015. [http://doi.org/10.1021/ci5005948 10.1021/ci5005948]<br /> * Gates, Richard S., Mark J. McLean, and William A. Osborn. “Smart Electronic Laboratory Notebooks for the NIST Research Environment.” Journal of Research of the National Institute of Standards and Technology 120, 193–303, 2015. [http://doi.org/10.6028/jres.120.018 10.6028/jres.120.018]<br /> * List, Markus, Michael Franz, Qihua Tan, Jan Mollenhauer, and Jan Baumbach. “'''OpenLabNotes'''--An Electronic Laboratory Notebook Extension for OpenLabFramework.” Journal of Integrative Bioinformatics 12(3), 274, 2015. [http://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2015-274 10.2390/biecoll-jib-2015-274]<br /> * Macdonald, Stuart, and Rory Macneil. “Service Integration to Enhance Research Data Management: '''RSpace''' Electronic Laboratory Notebook Case Study | International Journal of Digital Curation,” 2015. [http://ijdc.net/index.php/ijdc/article/view/10.1.163]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, and Sara Y. Nussbeck. “Metadata Capture in an Electronic Notebook: How to Make It as Simple as Possible?” GMS Med Inform Biom Epidemiol 11(1), Doc06, 2015. [http://doi.org/10.3205/mibe000162 10.3205/mibe000162]<br /> '''2014'''<br /> * Clark, Alex. “Putting Together the Pieces: Building a Reaction-Centric Electronic Lab Notebook for Mobile Devices.” Journal of Cheminformatics 6(Suppl 1), 2014. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-O1 10.1186/1758-2946-6-S1-O1]<br /> * Hall, Mona, and Didem Vardar-Ulu. “An Inquiry-Based Biochemistry Laboratory Structure Emphasizing Competency in the Scientific Process: A Guided Approach with an Electronic Notebook Format.” Biochemistry and Molecular Biology Education 42(1), 58–67, 2014. [http://doi.org/10.1002/bmb.20769 10.1002/bmb.20769]<br /> * Johnston, Jill, Sashi Kant, Vanessa Gysbers, Dale Hancock, and Gareth Denyer. “Using an EPortfolio System as an Electronic Laboratory Notebook in Undergraduate Biochemistry and Molecular Biology Practical Classes.” Biochemistry and Molecular Biology Education: A Bimonthly Publication of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology 42(1), 50–57, 2014. [https//doi.org/10.1002/bmb.20754 10.1002/bmb.20754]<br /> * Kloeckner, Frederik, Robert Farkas, Tobias Franken, and Thomas Schmitz-Rode. “Development of a Prediction Model on the Acceptance of Electronic Laboratory Notebooks in Academic Environments.” Biomedizinische Technik. Biomedical Engineering 59(2), 95–102, 2014. [http://doi.org/10.1515/bmt-2013-0023 10.1515/bmt-2013-0023]<br /> * Willoughby, Cerys, Colin L. Bird, Simon J. Coles, and Jeremy G. Frey. “Creating Context for the Experiment Record. User-Defined Metadata: Investigations into Metadata Usage in the LabTrove ELN.” Journal of Chemical Information and Modeling 54(12), 3268–83, 2014. [http://doi.org/10.1021/ci500469f 10.1021/ci500469f]<br /> '''2013'''<br /> * Coles, Simon J., Jeremy G. Frey, Colin L. Bird, Richard J. Whitby, and Aileen E. Day. “First Steps towards Semantic Descriptions of Electronic Laboratory Notebook Records.” Journal of Cheminformatics 5(1), 52, 2013. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-5-52 10.1186/1758-2946-5-52]<br /> * Johannes, Paul C., Jan Potthoff, Alexander Roßnagel, Bernhard Neumair, Moaaz Madiesh, and Siegfried Hackel. Beweissicheres elektronisches Laborbuch: Anforderungen, Konzepte und Umsetzung zur langfristigen, beweiswerterhaltenden Archivierung elektronischer Forschungsdaten und -dokumentation. Auflage: 1. Baden-Baden: Nomos, 2013. ISBN 978-3-8487-0706-5<br /> * Marzec, Bartlomiej, Philipp Weil, and Sara Yasemin Nussbeck. “Vorbereitungsprozess Für Die Elektronische Dokumentation Und Nachnutzbarkeit von Forschungsdaten in ELN.” In Abstractband GMDS 2013. Lübeck: Pro BUSINESS, 2013. [http://doi.org/10.3205/13gmds051 10.3205/13gmds051]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, Philip Bittihn, Daniel Hornung, Nadine Mathieu, and Sara Y Demiroglu. “Requirement Analysis for an Electronic Laboratory Notebook for Sustainable Data Management in Biomedical Research.” Studies in Health Technology and Informatics 192, 2013. [http://doi.org/10.3233/978-1-61499-289-9-1108 10.3233/978-1-61499-289-9-1108]<br /> * Milsted, Andrew J., Jennifer R. Hale, Jeremy G. Frey, and Cameron Neylon. “'''LabTrove''': A Lightweight, Web Based, Laboratory ‘Blog’ as a Route towards a Marked Up Record of Work in a Bioscience Research Laboratory.” PLOS ONE 8(7), e67460, 2013. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0067460 10.1371/journal.pone.0067460]<br /> * Rees, Ian, Ed Langley, Wah Chiu, and Steven J. Ludtke. “'''EMEN2''': An Object Oriented Database and Electronic Lab Notebook.” Microscopy and Microanalysis: The Official Journal of Microscopy Society of America, Microbeam Analysis Society, Microscopical Society of Canada 19(1), 1–10, 2013. [http://doi.org/10.1017/S1431927612014043 10.1017/S1431927612014043]<br /> * Voegele, Catherine, Baptiste Bouchereau, Nivonirina Robinot, James McKay, Philippe Damiecki, and Lucile Alteyrac. “A Universal Open-Source Electronic Laboratory Notebook.” Bioinformatics 29(13), 1710–12, 2013. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt253 10.1093/bioinformatics/btt253]<br /> * Walsh, Emily, and Ilseung Cho. “Using '''Evernote''' as an Electronic Lab Notebook in a Translational Science Laboratory.” Journal of Laboratory Automation 18(3), 229–34, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068212471834 10.1177/2211068212471834]<br /> '''2012'''<br /> * Fritz, Fleur, Benjamin Trinczek, Sebasitan Balhorn, and Martin Dugas. “Wie Viel Desinfektionsmittel Verträgt Ein Tablet? Hygieneanforderungen Beim Einsatz von IPads Für Die Klinische Dokumentation.” Abstractband GMDS, 2012. [http://doi.org/10.3205/12gmds011 10.3205/12gmds011]<br /> * Iyer, Rupa, and William Kudrle. “Implementation of an Electronic Lab Notebook to Integrate Research and Education in an Undergraduate Biotechnology Program.” Technology Interface International Journal 12(2), 5–12, 2012. [http://tiij.org/issues/issues/spring2012/abstracts/Z__TIIJ%20spring%202012%20v12%20n2%20(paper%201).pdf]<br /> * Rudolphi, Felix, and Lukas J Goossen. “Electronic Laboratory Notebook: The Academic Point of View.” Journal of Chemical Information and Modeling 52(2), 293–301, 2012. [http://doi.org/10.1021/ci2003895 10.1021/ci2003895]<br /> '''2011'''<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Yilmaz, Pelin, Renzo Kottmann, Dawn Field, Rob Knight, James R. Cole, Linda Amaral-Zettler, Jack A. Gilbert, et al. “Minimum Information about a Marker Gene Sequence (MIMARKS) and Minimum Information about Any (x) Sequence (MIxS) Specifications.” Nature Biotechnology 29(5), 415–20, 2011. [http://doi.org/10.1038/nbt.1823 10.1038/nbt.1823]<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Macneil, Rory. “The Benefits of Integrated Systems for Managing Both Samples and Experimental Data: An Opportunity for Labs in Universities and Government Research Institutions to Lead the Way.” Automated Experimentation 3(1), 2, 2011. [https://doi.org/10.1186/1759-4499-3-2 10.1186/1759-4499-3-2]<br /> '''2010'''<br /> * Hibbert, Brynn, Jeremy G. Frey, Rosanne Quinnell, Mauro Mocerino, Matthew Todd, Piyapong Niamsup, Adrian Plummer, and Andrew Milsted. “Teaching Instrumental Science Globally Using a Collaborative Electronic Laboratory Notebook.” Proceedings of The Australian Conference on Science and Mathematics Education, 16, 2010.<br /> * Quinnell, Rosanne, and D. Brynn Hibbert. “Introducing an Electronic Laboratory Notebook to PhD Students Undertaking Chemistry Research at a Research Intensive University.” In International Conference on Education, Training and Informatics: ICETI, 2010. [http://www.iiis.org/CDs2010/CD2010IMC/ICETI_2010/PapersPdf/EB108QJ.pdf]<br /> '''2009'''<br /> * Goddard, Nigel H., Rory Macneil, and Jonathan Ritchie. “'''ECAT''': Online Electronic Lab Notebook for Scientific Research.” Automated Experimentation 1(1), 4, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-4 10.1186/1759-4499-1-4]<br /> '''2008'''<br /> * Tabard, Aurélien, Wendy E. Mackay, and Evelyn Eastmond. “From Individual to Collaborative: The Evolution of Prism, a Hybrid Laboratory Notebook.” In Proceedings of the 2008 ACM Conference on Computer Supported Cooperative Work, 569–578, 2008. [http://doi.org/10.1145/1460563.1460653 10.1145/1460563.1460653]<br /> '''2007'''<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Khan, Arshad M., Joel D. Hahn, Wei-Cheng Cheng, Alan G. Watts, and Gully A. P. C. Burns. “NeuroScholar’s Electronic Laboratory Notebook and Its Application to Neuroendocrinology.” Neuroinformatics 4(2), 139–62, 2006. [http://doi.org/10.1385/NI:4:2:139 10.1385/NI:4:2:139]<br /> '''2005'''<br /> * Fakas, Georgios John, Anh Vu Nguyen, and Denis Gillet. “The Electronic Laboratory Journal: A Collaborative and Cooperative Learning Environment for Web-Based Experimentation.” Computer Supported Cooperative Work (CSCW) 14(3), 189–216, 2005. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 10.1007/s10606-005-3272-3]<br /> * Talbott, Tara, Michael Peterson, Jens Schwidder, and James D. Myers. “Adapting the Electronic Laboratory Notebook for the Semantic Era.” In Collaborative Technologies and Systems, 2005. Proceedings of the 2005 International Symposium On, 136–43. IEEE, 2005. [http://doi.org/10.1109/ISCST.2005.1553305 10.1109/ISCST.2005.1553305]<br /> '''1995'''<br /> * Fort, Jr., Raymond. “ChemWindow and Entropy Lite.” Journal of Chemical Information and Modeling 35(5), 932–33, 1995. [http://doi.org/10.1021/ci00027a603 10.1021/ci00027a603]<br /> * Marstaller, J.E., and M.D. Zorn. “An Electronic Laboratory Notebook Based on HTML Forms” 1995. [http://doi.org/10.2172/197149 10.2172/197149]<br /> '''1993'''<br /> * Pecherer, R. M. “Contig Graph Tool: A Graphical Interface for Contig Physical Map Assembly.” In [1993] Proceedings of the Twenty-Sixth Hawaii International Conference on System Sciences, 1, i:544–53, 1993. [http://doi.org/10.1109/HICSS.1993.270686 10.1109/HICSS.1993.270686]<br /> '''1987'''<br /> * Delaney, Michael F. “Using ‘Electronic Laboratory Notebook’ Software in the Instrumental Analysis Course.” Journal of Chemical Education 64(1), 29, 1987. [http://doi.org/10.1021/ed064p29 10.1021/ed064p29]<br /> '''1985'''<br /> * Gilbert, William A. “'''RS/1''': An Electronic Laboratory Notebook.” BioScience 35(9), 588–90, 1985.<br /> '''1970'''<br /> * Greenblatt, Melvin, Ruggero Montesano, Louise Wombolt, and Philippe Shubik. “Automatic Data Processing Techniques for Carcinogenesis Studies.” JNCI: Journal of the National Cancer Institute 44, no. 5 (May 1, 1970): 1037–45. [http://doi.org/10.1093/jnci/44.5.1037 10.1093/jnci/44.5.1037]<br /> <br /> [[Kategorie:Data Management‏‎|Datenmanagement (Data Management)‏‎]]‏‎<br /> [[Kategorie:Data_Publishing|Datenveröffentlichungen (Data Publishing)]]<br /> [[Kategorie:Metadaten|Metadaten (Metadata)]]<br /> [[Kategorie:Standards|Standards und Standardisierungsinitiativen]]<br /> [[Kategorie:Technik|Software und Technik (Software and Technology)]]<br /> [[Kategorie:Elektronische Laborbücher]]</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Elektronische_Laborb%C3%BCcher&diff=4284 2019-02-21T10:08:49Z

<p>FrankLange: /* Specific solutions */</p> <hr /> <div>== Synonyme ==<br /> * Elektronisches Laborjournal (e.g. [http://doi.org/10.1002/ciuz.201190007 Gooßen &amp; Rudolphi])<br /> * Electronic laboratory journal (e.g. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 Fakas et al.])<br /> * Elektronisches Laborbuch (e.g. [http://dx.doi.org/10.17617/1.5T Franke et al.], [http://de.wikipedia.org/wiki/Laborjournal Wikipedia.De])<br /> * Electronic lab notebook (e.g. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 Kotov et al.)], [http://en.wikipedia.org/wiki/Electronic_lab_notebook Wikipedia.En])<br /> * Electronic laboratory notebook (e.g. [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 Pawar &amp; Batra])<br /> * Electronic notebook (e.g. [http://www.researchgate.net/publication/228705896_Collaborative_electronic_notebooks_as_electronic_records_Design_issues_for_the_secure_electronic_laboratory_notebook_eln Myers])<br /> <br /> == Mailing lists ==<br /> In Germany exist at least two ELN Mailing lists:<br /> * eln@listserv.dfn.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange])<br /> * elabnotebook@lists.gwdg.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9895-2469 Harald Kusch])<br /> <br /> == Web resources ==<br /> * Material about [http://os.helmholtz.de/bewusstsein-schaerfen/workshops/helmholtz-open-science-workshop-elektronische-laborbuecher/ ELN Workshop in Braunschweig 2018] (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4142-2555 Paul Schultze-Motel]); [[Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“|Workshop notes, ]] [http://doi.org/10.2312/os.helmholtz.001 Zusammenfassung]<br /> * Material about [http://doi.org/10.25625/EGSYRW ELN Workshop in Cardiff 2018], UK (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4946-6544 Evamaria Krause])<br /> * Material about [http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/ Leibniz-Gemeinschaft-ELN Workshop] in Berlin 2018 (organized by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange]); [[Workshop_zu_elektronischen_Laborbüchern_(Leibniz-Gemeinschaft)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://zenodo.org/record/1247390#.WyRf8qczZeU ELN Workshop in Delft 2017], Netherlands (organized by [http://orcid.org/0000-0001-8520-5598 Marta Teperek])<br /> * Material about [http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer ELN Workshop in Aachen] (organized by Bela Brenger); [[DH-NRW Workshop zum Thema elektronische Laborbücher (ELN)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://www.eresearch.uni-goettingen.de/content/eresearch-toolbox-electronic-note-keeping ELN-Workshop in Göttingen] (organized by [http://eresearch.uni-goettingen.de eResearch Alliance Göttingen], [http://www.herzzentrum-goettingen.de/en/content/research/906.html SFB 1002], [http://www.sfb1190.de SFB 1190])<br /> * Material about [http://eln.mpdl.mpg.de/?page_id=40 Max Planck Digital Library (MPDL)-ELN Workshop] in Berlin (organized by Juliane Schönfeldt)<br /> * Material about [http://doi.org/10.17863/CAM.7217 Electronic Lab Notebooks: Solutions for Paperless Research] at the University of Cambridge<br /> * Guiding Website and discussion forum at Cambridge [http://www.gurdon.cam.ac.uk/institute-life/computing/elnguidance], [http://computing.group.gurdon.cam.ac.uk/elnforum/]<br /> * Guiding Website at Harvard [http://datamanagement.hms.harvard.edu/electronic-lab-notebooks] [http://zenodo.org/record/1453364#.W9MTxtUza0k]<br /> * Guiding Website at Utah [http://campusguides.lib.utah.edu/ELNs]<br /> * Guiding Website at Wisconsin [http://eln.wisc.edu/]<br /> * Adam, Beatrix, Birte Lindstädt. 2018. &quot;Electronic Lab Notebooks als Teil des Forschungsdatenmanagements&quot; [http://zbmedblog.de/electronic-lab-notebooks-als-teil-des-forschungsdatenmanagements/]<br /> * Kwok, Roberta. “How to Pick an Electronic Laboratory Notebook.” News. Nature, August 6, 2018. [http://doi.org/10.1038/d41586-018-05895-3 10.1038/d41586-018-05895-3]<br /> * Okon, Monica Dominique, and Tanya M. Nocera Ph.D. “Board # 13 :The Student Educational Experience with Electronic Laboratory Notebooks (Work in Progress),” 2017. [http://peer.asee.org/27729]<br /> * Kozlowski, Wendy A. “The Electronic Lab Notebook: Piloting a Research Data Management Tool at Cornell University,” 2013. [http://academiccommons.columbia.edu/catalog/ac:157129]<br /> * Giles, Jim. “Going Paperless: The Digital Lab.” Nature 481(7382), 430–31, 2012. [http://doi.org/10.1038/481430a 10.1038/481430a]<br /> * Wolf, Alan, Jason Pursian, Victoria Sutton, Cheryl Scadlock, Jan Cheetham, Dan Voeks, and Scott Fullerton. “Electronic Lab Notebook Pilot at the University of Wisconsin-Madison”, 2012. [http://researchdata.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/04/ELN_pilot_report_UWMadison.pdf]<br /> * Trigg, John. Getting Started with an Electronic Laboratory Notebook. 3rd ed., 2011. [http://www.3dsbiovia.com/resource-center/white-papers/ebook-scw-eln-getting-started-guide3-request.php]<br /> * Elliott, Michael H. “Building Acceptance for ELN Implementation”, 2010. [http://www.rdmag.com/article/2010/08/building-acceptance-eln-implementation]<br /> * Elliott, Michael H. “What You Should Know Before Selecting an ELN.” Scientific Computing 26(3), E11–13, 2009 . [http://www.rdmag.com/article/2009/05/what-you-should-know-selecting-eln]<br /> * Quinnell, Rosanne, Brynn Hibbert, and Andrew J. Milsted. “EScience: Evaluating Electronic Laboratory Notebooks in Chemistry Research.” Conference presented at the Ascilite Auckland 2009. [http://eprints.soton.ac.uk/148059/]<br /> * Wright, Jerry M. “Make It Better but Don’t Change Anything.” Automated Experimentation 1, 5, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-5 10.1186/1759-4499-1-5]<br /> * Elliott, Michael H. “Electronic Laboratory Notebooks: A Foundation for Knowledge Management,” 2004. [http://www.atriumresearch.com/library/Atrium%20Research%20Douglas%20Connect%20Webinar.pdf]<br /> <br /> == Scientific literature ==<br /> === General ===<br /> '''2018'''<br /> * Sayre, Franklin, Caitlin Bakker, Julie Kelly, Megan Kocher, and Meghan Lafferty. “Support for Electronic Lab Notebooks at Top American Research Universities.” Journal of EScience Librarianship, 2018. [http://doi.org/10.7191/jeslib.2018.1140 10.7191/jeslib.2018.1140]<br /> * Steensel, Bas van. “Scientific Honesty and Publicly Shared Lab Notebooks: Sharing Lab Notebooks along with Publication Would Increase Transparency and Help to Improve Honesty When Reporting Results.” EMBO Reports, e46866, 2018. [http://doi.org/10.15252/embr.201846866 10.15252/embr.201846866]<br /> '''2017'''<br /> * Dunie, Matt. “The Importance of Research Data Management: The Value of Electronic Laboratory Notebooks in the Management of Data Integrity and Data Availability.” Information Services &amp; Use 37(3), 355–59, 2017. [http://doi.org/10.3233/ISU-170843 10.3233/ISU-170843]<br /> * Franke, Michael, Jalal Weraach, and Markus Haarländer. “Elektronische Laborbücher in Der Max-Planck-Gesellschaft,” 2017. [http://doi.org/10.17617/1.5t 10.17617/1.5t]<br /> * Kanza, Samantha, Cerys Willoughby, Nicholas Gibbins, Richard Whitby, Jeremy Graham Frey, Jana Erjavec, Klemen Zupančič, Matjaž Hren, and Katarina Kovač. “Electronic Lab Notebooks: Can They Replace Paper?” Journal of Cheminformatics, 9, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0221-3 10.1186/s13321-017-0221-3]<br /> * Sydor, Jens, and Grace Kim. “Are We Ready for the Evolution of Electronic Laboratory Notebooks in Regulated Bioanalysis?” Bioanalysis 9(16), 1203–5, 2017. [http://doi.org/10.4155/bio-2017-0115 10.4155/bio-2017-0115]<br /> '''2016'''<br /> * Dirnagl, Ulrich, and Ingo Przesdzing. “A Pocket Guide to Electronic Laboratory Notebooks in the Academic Life Sciences.” F1000Research, 2016. [http://doi.org/10.12688/f1000research.7628.1 10.12688/f1000research.7628.1]<br /> * Krause, Evamaria. “Elektronische Laborbücher Im Forschungsdatenmanagement – Eine Neue Aufgabe Für Bibliotheken?” ABI Technik 36(2), 78–87, 2016. [http://doi.org/10.1515/abitech-2016-0013 10.1515/abitech-2016-0013]<br /> '''2014'''<br /> * Nussbeck, Sara Y., Philipp Weil, Julia Menzel, Bartlomiej Marzec, Kai Lorberg, and Blanche Schwappach. “The Laboratory Notebook in the 21st Century: The Electronic Laboratory Notebook Would Enhance Good Scientific Practice and Increase Research Productivity.” EMBO Reports 15(6), 631–34, 2014. [http://doi.org/10.15252/embr.201338358 10.15252/embr.201338358]<br /> * Palovich, Tracy U. “Electronic Notebooks in the Post-America Invents Act World.” ACS Medicinal Chemistry Letters 5(12), 1266–67, 2014. [http://doi.org/10.1021/ml500442p 10.1021/ml500442p]<br /> '''2013'''<br /> * Bird, Colin L., Cerys Willoughby, and Jeremy G. Frey. “Laboratory Notebooks in the Digital Era: The Role of ELNs in Record Keeping for Chemistry and Other Sciences.” Chemical Society Reviews 42(20), 8157–75, 2013. [http://doi.org/10.1039/C3CS60122F 10.1039/C3CS60122F]<br /> * Machina, Hari K., and David J. Wild. “Electronic Laboratory Notebooks Progress and Challenges in Implementation.” Journal of Laboratory Automation 18(4), 264–68, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068213484471 10.1177/2211068213484471]<br /> '''2011'''<br /> * Rubacha, Michael, Anil K Rattan, and Stephen C Hosselet. “A Review of Electronic Laboratory Notebooks Available in the Market Today.” Journal of Laboratory Automation 16(1), 90–98, 2011. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2009.01.002 10.1016/j.jala.2009.01.002]<br /> '''2008'''<br /> * Williams, Michael, Donna Bozyczko‐Coyne, Bruce Dorsey, and Scott Larsen. “Laboratory Notebooks and Data Storage.” Current Protocols Essential Laboratory Techniques A.2A, 2008. [http://doi.org/10.1002/9780470089941.eta02as00 10.1002/9780470089941.eta02as00]<br /> '''2007'''<br /> * Du, Ping, and Joseph A. Kofman. “Electronic Laboratory Notebooks in Pharmaceutical R&amp;D: On the Road to Maturity.” Journal of the Association for Laboratory Automation 12(3), 157–65, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2007.01.001 10.1016/j.jala.2007.01.001]<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Taylor, Keith T. “The Status of Electronic Laboratory Notebooks for Chemistry and Biology.” Current Opinion in Drug Discovery &amp; Development 9(3), 348–53, 2006. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16729731]<br /> '''2005'''<br /> * Butler, Declan. “Electronic Notebooks: A New Leaf.” Nature 436(7047), 20–21, 2005. [http://doi.org/10.1038/436020a 10.1038/436020a]<br /> '''1996'''<br /> * Myers, J. D., C. Fox-Dobbs, J. Laird, Dai Le, D. Reich, and T. Curtz. “Electronic Laboratory Notebooks for Collaborative Research.” In Proceedings of WET ICE ’96. IEEE 5th Workshop on Enabling Technologies; Infrastucture for Collaborative Enterprises, 47–51, 1996. [http://doi.org/10.1109/ENABL.1996.555050 10.1109/ENABL.1996.555050]<br /> <br /> === Specific solutions ===<br /> '''2019'''<br /> * Potthoff, Jan, Tremouilhac, Pierre, Hodapp, Patrick, Neumair, Bernhard, Bräse, Stefan and Jung, Nicole. “Procedures for Systematic Capture and Management of Analytical Data in Academia.” Analytica Chimica Acta: X, 2019. [http://doi.org/10.1016/j.acax.2019.100007 10.1016/j.acax.2019.100007]<br /> '''2018'''<br /> * Ahlstrand, Emma, Antoine Buetti-Dinh, and Ran Friedman. “An Interactive Computer Lab of the Galvanic Cell for Students in Biochemistry: Interactive Computer Lab of the Galvanic Cell.” Biochemistry and Molecular Biology Education 46(1), 58–65, 2018. [http://doi.org/10.1002/bmb.21091 10.1002/bmb.21091]<br /> * Kotov, Serhii, Pierre Tremouilhac, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion'''-ELN Part 2: Adaption of an Embedded Ketcher Editor to Advanced Research Applications.” Journal of Cheminformatics 10(1), 38, 2018. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 10.1186/s13321-018-0292-9]<br /> * Mah, Clarence K., Jill P. Mesirov, and Lukas Chavez. “An Accessible GenePattern Notebook for the Copy Number Variation Analysis of Illumina Infinium DNA Methylation Arrays.” F1000Research 7, 1897, 2018. [http://doi.org/10.12688/f1000research.16338.1 10.12688/f1000research.16338.1]<br /> * Pawar, Shrikant, and Harshul Batra. “Online Electronic Laboratory Notebook: A Secured Cloud Storage System Scripted in Hypertext Pre-Processor (PHP) Programming Language.” Journal of Engineering and Technology Research 10(1), 1–6, 2018). [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 10.5897/JETR2018.0638]<br /> * Rahman, Mahabubur, and Hiroshi Watabe. “Online Molecular Image Repository and Analysis System: A Multicenter Collaborative Open-Source Infrastructure for Molecular Imaging Research and Application.” Computers in Biology and Medicine, 2018. [http://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2018.04.001 10.1016/j.compbiomed.2018.04.001]<br /> '''2017'''<br /> * Hunter, Adam, Saravanan Dayalan, David De Souza, Brad Power, Rodney Lorrimar, Tamas Szabo, Thu Nguyen, et al. “'''MASTR-MS''': A Web-Based Collaborative Laboratory Information Management System (LIMS) for Metabolomics.” Metabolomics 13(2), 14, 2017. [http://doi.org/10.1007/s11306-016-1142-2 10.1007/s11306-016-1142-2]<br /> * Tremouilhac, Pierre, An Nguyen, Yu-Chieh Huang, Serhii Kotov, Dominic Sebastian Lütjohann, Florian Hübsch, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion''' ELN: An Open Source Electronic Lab Notebook for Chemists in Academia.” Journal of Cheminformatics 9, 54, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0240-0 10.1186/s13321-017-0240-0]<br /> '''2016'''<br /> * Guerrero, Santiago, Gwendal Dujardin, Alejandro Cabrera-Andrade, César Paz-y-Miño, Alberto Indacochea, Marta Inglés-Ferrándiz, Hima Priyanka Nadimpalli, et al. “Analysis and Implementation of an Electronic Laboratory Notebook in a Biomedical Research Institute.” PLOS ONE 11(8), e0160428, 2016. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0160428 10.1371/journal.pone.0160428]<br /> * Vaas, Lea A. I., Gesa Witt, Björn Windshügel, Andrea Bosin, Giovanni Serra, Adrian Bruengger, Mathias Winterhalter, Philip Gribbon, Cindy J. Levy-Petelinkar, and Manfred Kohler. “Electronic Laboratory Notebooks in a Public-Private-Partnership.” PeerJ Preprints, 2016. [http://peerj.com/preprints/2325]<br /> * Ventura, Susana, Ricardo Carvalho Amorim, João Rocha da Silva, and Cristina Ribeiro. “Voice Recognition in the LabTablet Electronic Laboratory Notebook.” In Proceedings of the Ninth International C* Conference on Computer Science &amp; Software Engineering, 13–16, 2016. [http://doi.org/10.1145/2948992.2948998 10.1145/2948992.2948998]<br /> '''2015'''<br /> * Barillari, Caterina, Diana Ottoz, Juan Mariano Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan, Bernd Rinn, and Fabian Rudolf. “'''OpenBIS''' ELN-LIMS: An Open-Source Database for Academic Laboratories.” Bioinformatics, btv606, 2015. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv606 10.1093/bioinformatics/btv606]<br /> * Day, Aileen E., Simon J. Coles, Colin L. Bird, Jeremy G. Frey, Richard J. Whitby, Valery E. Tkachenko, and Antony J. Williams. “'''ChemTrove''': Enabling a Generic ELN To Support Chemistry through the Use of Transferable Plug-Ins and Online Data Sources.” Journal of Chemical Information and Modeling 55(3), 501–9, 2015. [http://doi.org/10.1021/ci5005948 10.1021/ci5005948]<br /> * Gates, Richard S., Mark J. McLean, and William A. Osborn. “Smart Electronic Laboratory Notebooks for the NIST Research Environment.” Journal of Research of the National Institute of Standards and Technology 120, 193–303, 2015. [http://doi.org/10.6028/jres.120.018 10.6028/jres.120.018]<br /> * List, Markus, Michael Franz, Qihua Tan, Jan Mollenhauer, and Jan Baumbach. “'''OpenLabNotes'''--An Electronic Laboratory Notebook Extension for OpenLabFramework.” Journal of Integrative Bioinformatics 12(3), 274, 2015. [http://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2015-274 10.2390/biecoll-jib-2015-274]<br /> * Macdonald, Stuart, and Rory Macneil. “Service Integration to Enhance Research Data Management: '''RSpace''' Electronic Laboratory Notebook Case Study | International Journal of Digital Curation,” 2015. [http://ijdc.net/index.php/ijdc/article/view/10.1.163]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, and Sara Y. Nussbeck. “Metadata Capture in an Electronic Notebook: How to Make It as Simple as Possible?” GMS Med Inform Biom Epidemiol 11(1), Doc06, 2015. [http://doi.org/10.3205/mibe000162 10.3205/mibe000162]<br /> '''2014'''<br /> * Clark, Alex. “Putting Together the Pieces: Building a Reaction-Centric Electronic Lab Notebook for Mobile Devices.” Journal of Cheminformatics 6(Suppl 1), 2014. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-O1 10.1186/1758-2946-6-S1-O1]<br /> * Hall, Mona, and Didem Vardar-Ulu. “An Inquiry-Based Biochemistry Laboratory Structure Emphasizing Competency in the Scientific Process: A Guided Approach with an Electronic Notebook Format.” Biochemistry and Molecular Biology Education 42(1), 58–67, 2014. [http://doi.org/10.1002/bmb.20769 10.1002/bmb.20769]<br /> * Johnston, Jill, Sashi Kant, Vanessa Gysbers, Dale Hancock, and Gareth Denyer. “Using an EPortfolio System as an Electronic Laboratory Notebook in Undergraduate Biochemistry and Molecular Biology Practical Classes.” Biochemistry and Molecular Biology Education: A Bimonthly Publication of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology 42(1), 50–57, 2014. [https//doi.org/10.1002/bmb.20754 10.1002/bmb.20754]<br /> * Kloeckner, Frederik, Robert Farkas, Tobias Franken, and Thomas Schmitz-Rode. “Development of a Prediction Model on the Acceptance of Electronic Laboratory Notebooks in Academic Environments.” Biomedizinische Technik. Biomedical Engineering 59(2), 95–102, 2014. [http://doi.org/10.1515/bmt-2013-0023 10.1515/bmt-2013-0023]<br /> * Willoughby, Cerys, Colin L. Bird, Simon J. Coles, and Jeremy G. Frey. “Creating Context for the Experiment Record. User-Defined Metadata: Investigations into Metadata Usage in the LabTrove ELN.” Journal of Chemical Information and Modeling 54(12), 3268–83, 2014. [http://doi.org/10.1021/ci500469f 10.1021/ci500469f]<br /> '''2013'''<br /> * Coles, Simon J., Jeremy G. Frey, Colin L. Bird, Richard J. Whitby, and Aileen E. Day. “First Steps towards Semantic Descriptions of Electronic Laboratory Notebook Records.” Journal of Cheminformatics 5(1), 52, 2013. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-5-52 10.1186/1758-2946-5-52]<br /> * Johannes, Paul C., Jan Potthoff, Alexander Roßnagel, Bernhard Neumair, Moaaz Madiesh, and Siegfried Hackel. Beweissicheres elektronisches Laborbuch: Anforderungen, Konzepte und Umsetzung zur langfristigen, beweiswerterhaltenden Archivierung elektronischer Forschungsdaten und -dokumentation. Auflage: 1. Baden-Baden: Nomos, 2013. ISBN 978-3-8487-0706-5<br /> * Marzec, Bartlomiej, Philipp Weil, and Sara Yasemin Nussbeck. “Vorbereitungsprozess Für Die Elektronische Dokumentation Und Nachnutzbarkeit von Forschungsdaten in ELN.” In Abstractband GMDS 2013. Lübeck: Pro BUSINESS, 2013. [http://doi.org/10.3205/13gmds051 10.3205/13gmds051]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, Philip Bittihn, Daniel Hornung, Nadine Mathieu, and Sara Y Demiroglu. “Requirement Analysis for an Electronic Laboratory Notebook for Sustainable Data Management in Biomedical Research.” Studies in Health Technology and Informatics 192, 2013. [http://doi.org/10.3233/978-1-61499-289-9-1108 10.3233/978-1-61499-289-9-1108]<br /> * Milsted, Andrew J., Jennifer R. Hale, Jeremy G. Frey, and Cameron Neylon. “'''LabTrove''': A Lightweight, Web Based, Laboratory ‘Blog’ as a Route towards a Marked Up Record of Work in a Bioscience Research Laboratory.” PLOS ONE 8(7), e67460, 2013. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0067460 10.1371/journal.pone.0067460]<br /> * Rees, Ian, Ed Langley, Wah Chiu, and Steven J. Ludtke. “'''EMEN2''': An Object Oriented Database and Electronic Lab Notebook.” Microscopy and Microanalysis: The Official Journal of Microscopy Society of America, Microbeam Analysis Society, Microscopical Society of Canada 19(1), 1–10, 2013. [http://doi.org/10.1017/S1431927612014043 10.1017/S1431927612014043]<br /> * Voegele, Catherine, Baptiste Bouchereau, Nivonirina Robinot, James McKay, Philippe Damiecki, and Lucile Alteyrac. “A Universal Open-Source Electronic Laboratory Notebook.” Bioinformatics 29(13), 1710–12, 2013. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt253 10.1093/bioinformatics/btt253]<br /> * Walsh, Emily, and Ilseung Cho. “Using '''Evernote''' as an Electronic Lab Notebook in a Translational Science Laboratory.” Journal of Laboratory Automation 18(3), 229–34, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068212471834 10.1177/2211068212471834]<br /> '''2012'''<br /> * Fritz, Fleur, Benjamin Trinczek, Sebasitan Balhorn, and Martin Dugas. “Wie Viel Desinfektionsmittel Verträgt Ein Tablet? Hygieneanforderungen Beim Einsatz von IPads Für Die Klinische Dokumentation.” Abstractband GMDS, 2012. [http://doi.org/10.3205/12gmds011 10.3205/12gmds011]<br /> * Iyer, Rupa, and William Kudrle. “Implementation of an Electronic Lab Notebook to Integrate Research and Education in an Undergraduate Biotechnology Program.” Technology Interface International Journal 12(2), 5–12, 2012. [http://tiij.org/issues/issues/spring2012/abstracts/Z__TIIJ%20spring%202012%20v12%20n2%20(paper%201).pdf]<br /> * Rudolphi, Felix, and Lukas J Goossen. “Electronic Laboratory Notebook: The Academic Point of View.” Journal of Chemical Information and Modeling 52(2), 293–301, 2012. [http://doi.org/10.1021/ci2003895 10.1021/ci2003895]<br /> '''2011'''<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Yilmaz, Pelin, Renzo Kottmann, Dawn Field, Rob Knight, James R. Cole, Linda Amaral-Zettler, Jack A. Gilbert, et al. “Minimum Information about a Marker Gene Sequence (MIMARKS) and Minimum Information about Any (x) Sequence (MIxS) Specifications.” Nature Biotechnology 29(5), 415–20, 2011. [http://doi.org/10.1038/nbt.1823 10.1038/nbt.1823]<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Macneil, Rory. “The Benefits of Integrated Systems for Managing Both Samples and Experimental Data: An Opportunity for Labs in Universities and Government Research Institutions to Lead the Way.” Automated Experimentation 3(1), 2, 2011. [https://doi.org/10.1186/1759-4499-3-2 10.1186/1759-4499-3-2]<br /> '''2010'''<br /> * Hibbert, Brynn, Jeremy G. Frey, Rosanne Quinnell, Mauro Mocerino, Matthew Todd, Piyapong Niamsup, Adrian Plummer, and Andrew Milsted. “Teaching Instrumental Science Globally Using a Collaborative Electronic Laboratory Notebook.” Proceedings of The Australian Conference on Science and Mathematics Education, 16, 2010.<br /> * Quinnell, Rosanne, and D. Brynn Hibbert. “Introducing an Electronic Laboratory Notebook to PhD Students Undertaking Chemistry Research at a Research Intensive University.” In International Conference on Education, Training and Informatics: ICETI, 2010. [http://www.iiis.org/CDs2010/CD2010IMC/ICETI_2010/PapersPdf/EB108QJ.pdf]<br /> '''2009'''<br /> * Goddard, Nigel H., Rory Macneil, and Jonathan Ritchie. “'''ECAT''': Online Electronic Lab Notebook for Scientific Research.” Automated Experimentation 1(1), 4, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-4 10.1186/1759-4499-1-4]<br /> '''2008'''<br /> * Tabard, Aurélien, Wendy E. Mackay, and Evelyn Eastmond. “From Individual to Collaborative: The Evolution of Prism, a Hybrid Laboratory Notebook.” In Proceedings of the 2008 ACM Conference on Computer Supported Cooperative Work, 569–578, 2008. [http://doi.org/10.1145/1460563.1460653 10.1145/1460563.1460653]<br /> '''2007'''<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Khan, Arshad M., Joel D. Hahn, Wei-Cheng Cheng, Alan G. Watts, and Gully A. P. C. Burns. “NeuroScholar’s Electronic Laboratory Notebook and Its Application to Neuroendocrinology.” Neuroinformatics 4(2), 139–62, 2006. [http://doi.org/10.1385/NI:4:2:139 10.1385/NI:4:2:139]<br /> '''2005'''<br /> * Fakas, Georgios John, Anh Vu Nguyen, and Denis Gillet. “The Electronic Laboratory Journal: A Collaborative and Cooperative Learning Environment for Web-Based Experimentation.” Computer Supported Cooperative Work (CSCW) 14(3), 189–216, 2005. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 10.1007/s10606-005-3272-3]<br /> * Talbott, Tara, Michael Peterson, Jens Schwidder, and James D. Myers. “Adapting the Electronic Laboratory Notebook for the Semantic Era.” In Collaborative Technologies and Systems, 2005. Proceedings of the 2005 International Symposium On, 136–43. IEEE, 2005. [http://doi.org/10.1109/ISCST.2005.1553305 10.1109/ISCST.2005.1553305]<br /> '''1995'''<br /> * Fort, Jr., Raymond. “ChemWindow and Entropy Lite.” Journal of Chemical Information and Modeling 35(5), 932–33, 1995. [http://doi.org/10.1021/ci00027a603 10.1021/ci00027a603]<br /> * Marstaller, J.E., and M.D. Zorn. “An Electronic Laboratory Notebook Based on HTML Forms” 1995. [http://doi.org/10.2172/197149 10.2172/197149]<br /> '''1993'''<br /> * Pecherer, R. M. “Contig Graph Tool: A Graphical Interface for Contig Physical Map Assembly.” In [1993] Proceedings of the Twenty-Sixth Hawaii International Conference on System Sciences, 1, i:544–53, 1993. [http://doi.org/10.1109/HICSS.1993.270686 10.1109/HICSS.1993.270686]<br /> '''1987'''<br /> * Delaney, Michael F. “Using ‘Electronic Laboratory Notebook’ Software in the Instrumental Analysis Course.” Journal of Chemical Education 64(1), 29, 1987. [http://doi.org/10.1021/ed064p29 10.1021/ed064p29]<br /> '''1985'''<br /> * Gilbert, William A. “'''RS/1''': An Electronic Laboratory Notebook.” BioScience 35(9), 588–90, 1985.<br /> '''1970'''<br /> * Greenblatt, Melvin, Ruggero Montesano, Louise Wombolt, and Philippe Shubik. “Automatic Data Processing Techniques for Carcinogenesis Studies.” JNCI: Journal of the National Cancer Institute 44, no. 5 (May 1, 1970): 1037–45. [http://doi.org/10.1093/jnci/44.5.1037 10.1093/jnci/44.5.1037]<br /> <br /> [[Kategorie:Data Management‏‎|Datenmanagement (Data Management)‏‎]]‏‎<br /> [[Kategorie:Data_Publishing|Datenveröffentlichungen (Data Publishing)]]<br /> [[Kategorie:Metadaten|Metadaten (Metadata)]]<br /> [[Kategorie:Standards|Standards und Standardisierungsinitiativen]]<br /> [[Kategorie:Technik|Software und Technik (Software and Technology)]]<br /> [[Kategorie:Elektronische Laborbücher]]</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Elektronische_Laborb%C3%BCcher&diff=4283 2019-02-21T10:06:06Z

<p>FrankLange: /* Specific solutions */</p> <hr /> <div>== Synonyme ==<br /> * Elektronisches Laborjournal (e.g. [http://doi.org/10.1002/ciuz.201190007 Gooßen &amp; Rudolphi])<br /> * Electronic laboratory journal (e.g. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 Fakas et al.])<br /> * Elektronisches Laborbuch (e.g. [http://dx.doi.org/10.17617/1.5T Franke et al.], [http://de.wikipedia.org/wiki/Laborjournal Wikipedia.De])<br /> * Electronic lab notebook (e.g. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 Kotov et al.)], [http://en.wikipedia.org/wiki/Electronic_lab_notebook Wikipedia.En])<br /> * Electronic laboratory notebook (e.g. [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 Pawar &amp; Batra])<br /> * Electronic notebook (e.g. [http://www.researchgate.net/publication/228705896_Collaborative_electronic_notebooks_as_electronic_records_Design_issues_for_the_secure_electronic_laboratory_notebook_eln Myers])<br /> <br /> == Mailing lists ==<br /> In Germany exist at least two ELN Mailing lists:<br /> * eln@listserv.dfn.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange])<br /> * elabnotebook@lists.gwdg.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9895-2469 Harald Kusch])<br /> <br /> == Web resources ==<br /> * Material about [http://os.helmholtz.de/bewusstsein-schaerfen/workshops/helmholtz-open-science-workshop-elektronische-laborbuecher/ ELN Workshop in Braunschweig 2018] (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4142-2555 Paul Schultze-Motel]); [[Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“|Workshop notes, ]] [http://doi.org/10.2312/os.helmholtz.001 Zusammenfassung]<br /> * Material about [http://doi.org/10.25625/EGSYRW ELN Workshop in Cardiff 2018], UK (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4946-6544 Evamaria Krause])<br /> * Material about [http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/ Leibniz-Gemeinschaft-ELN Workshop] in Berlin 2018 (organized by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange]); [[Workshop_zu_elektronischen_Laborbüchern_(Leibniz-Gemeinschaft)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://zenodo.org/record/1247390#.WyRf8qczZeU ELN Workshop in Delft 2017], Netherlands (organized by [http://orcid.org/0000-0001-8520-5598 Marta Teperek])<br /> * Material about [http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer ELN Workshop in Aachen] (organized by Bela Brenger); [[DH-NRW Workshop zum Thema elektronische Laborbücher (ELN)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://www.eresearch.uni-goettingen.de/content/eresearch-toolbox-electronic-note-keeping ELN-Workshop in Göttingen] (organized by [http://eresearch.uni-goettingen.de eResearch Alliance Göttingen], [http://www.herzzentrum-goettingen.de/en/content/research/906.html SFB 1002], [http://www.sfb1190.de SFB 1190])<br /> * Material about [http://eln.mpdl.mpg.de/?page_id=40 Max Planck Digital Library (MPDL)-ELN Workshop] in Berlin (organized by Juliane Schönfeldt)<br /> * Material about [http://doi.org/10.17863/CAM.7217 Electronic Lab Notebooks: Solutions for Paperless Research] at the University of Cambridge<br /> * Guiding Website and discussion forum at Cambridge [http://www.gurdon.cam.ac.uk/institute-life/computing/elnguidance], [http://computing.group.gurdon.cam.ac.uk/elnforum/]<br /> * Guiding Website at Harvard [http://datamanagement.hms.harvard.edu/electronic-lab-notebooks] [http://zenodo.org/record/1453364#.W9MTxtUza0k]<br /> * Guiding Website at Utah [http://campusguides.lib.utah.edu/ELNs]<br /> * Guiding Website at Wisconsin [http://eln.wisc.edu/]<br /> * Adam, Beatrix, Birte Lindstädt. 2018. &quot;Electronic Lab Notebooks als Teil des Forschungsdatenmanagements&quot; [http://zbmedblog.de/electronic-lab-notebooks-als-teil-des-forschungsdatenmanagements/]<br /> * Kwok, Roberta. “How to Pick an Electronic Laboratory Notebook.” News. Nature, August 6, 2018. [http://doi.org/10.1038/d41586-018-05895-3 10.1038/d41586-018-05895-3]<br /> * Okon, Monica Dominique, and Tanya M. Nocera Ph.D. “Board # 13 :The Student Educational Experience with Electronic Laboratory Notebooks (Work in Progress),” 2017. [http://peer.asee.org/27729]<br /> * Kozlowski, Wendy A. “The Electronic Lab Notebook: Piloting a Research Data Management Tool at Cornell University,” 2013. [http://academiccommons.columbia.edu/catalog/ac:157129]<br /> * Giles, Jim. “Going Paperless: The Digital Lab.” Nature 481(7382), 430–31, 2012. [http://doi.org/10.1038/481430a 10.1038/481430a]<br /> * Wolf, Alan, Jason Pursian, Victoria Sutton, Cheryl Scadlock, Jan Cheetham, Dan Voeks, and Scott Fullerton. “Electronic Lab Notebook Pilot at the University of Wisconsin-Madison”, 2012. [http://researchdata.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/04/ELN_pilot_report_UWMadison.pdf]<br /> * Trigg, John. Getting Started with an Electronic Laboratory Notebook. 3rd ed., 2011. [http://www.3dsbiovia.com/resource-center/white-papers/ebook-scw-eln-getting-started-guide3-request.php]<br /> * Elliott, Michael H. “Building Acceptance for ELN Implementation”, 2010. [http://www.rdmag.com/article/2010/08/building-acceptance-eln-implementation]<br /> * Elliott, Michael H. “What You Should Know Before Selecting an ELN.” Scientific Computing 26(3), E11–13, 2009 . [http://www.rdmag.com/article/2009/05/what-you-should-know-selecting-eln]<br /> * Quinnell, Rosanne, Brynn Hibbert, and Andrew J. Milsted. “EScience: Evaluating Electronic Laboratory Notebooks in Chemistry Research.” Conference presented at the Ascilite Auckland 2009. [http://eprints.soton.ac.uk/148059/]<br /> * Wright, Jerry M. “Make It Better but Don’t Change Anything.” Automated Experimentation 1, 5, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-5 10.1186/1759-4499-1-5]<br /> * Elliott, Michael H. “Electronic Laboratory Notebooks: A Foundation for Knowledge Management,” 2004. [http://www.atriumresearch.com/library/Atrium%20Research%20Douglas%20Connect%20Webinar.pdf]<br /> <br /> == Scientific literature ==<br /> === General ===<br /> '''2018'''<br /> * Sayre, Franklin, Caitlin Bakker, Julie Kelly, Megan Kocher, and Meghan Lafferty. “Support for Electronic Lab Notebooks at Top American Research Universities.” Journal of EScience Librarianship, 2018. [http://doi.org/10.7191/jeslib.2018.1140 10.7191/jeslib.2018.1140]<br /> * Steensel, Bas van. “Scientific Honesty and Publicly Shared Lab Notebooks: Sharing Lab Notebooks along with Publication Would Increase Transparency and Help to Improve Honesty When Reporting Results.” EMBO Reports, e46866, 2018. [http://doi.org/10.15252/embr.201846866 10.15252/embr.201846866]<br /> '''2017'''<br /> * Dunie, Matt. “The Importance of Research Data Management: The Value of Electronic Laboratory Notebooks in the Management of Data Integrity and Data Availability.” Information Services &amp; Use 37(3), 355–59, 2017. [http://doi.org/10.3233/ISU-170843 10.3233/ISU-170843]<br /> * Franke, Michael, Jalal Weraach, and Markus Haarländer. “Elektronische Laborbücher in Der Max-Planck-Gesellschaft,” 2017. [http://doi.org/10.17617/1.5t 10.17617/1.5t]<br /> * Kanza, Samantha, Cerys Willoughby, Nicholas Gibbins, Richard Whitby, Jeremy Graham Frey, Jana Erjavec, Klemen Zupančič, Matjaž Hren, and Katarina Kovač. “Electronic Lab Notebooks: Can They Replace Paper?” Journal of Cheminformatics, 9, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0221-3 10.1186/s13321-017-0221-3]<br /> * Sydor, Jens, and Grace Kim. “Are We Ready for the Evolution of Electronic Laboratory Notebooks in Regulated Bioanalysis?” Bioanalysis 9(16), 1203–5, 2017. [http://doi.org/10.4155/bio-2017-0115 10.4155/bio-2017-0115]<br /> '''2016'''<br /> * Dirnagl, Ulrich, and Ingo Przesdzing. “A Pocket Guide to Electronic Laboratory Notebooks in the Academic Life Sciences.” F1000Research, 2016. [http://doi.org/10.12688/f1000research.7628.1 10.12688/f1000research.7628.1]<br /> * Krause, Evamaria. “Elektronische Laborbücher Im Forschungsdatenmanagement – Eine Neue Aufgabe Für Bibliotheken?” ABI Technik 36(2), 78–87, 2016. [http://doi.org/10.1515/abitech-2016-0013 10.1515/abitech-2016-0013]<br /> '''2014'''<br /> * Nussbeck, Sara Y., Philipp Weil, Julia Menzel, Bartlomiej Marzec, Kai Lorberg, and Blanche Schwappach. “The Laboratory Notebook in the 21st Century: The Electronic Laboratory Notebook Would Enhance Good Scientific Practice and Increase Research Productivity.” EMBO Reports 15(6), 631–34, 2014. [http://doi.org/10.15252/embr.201338358 10.15252/embr.201338358]<br /> * Palovich, Tracy U. “Electronic Notebooks in the Post-America Invents Act World.” ACS Medicinal Chemistry Letters 5(12), 1266–67, 2014. [http://doi.org/10.1021/ml500442p 10.1021/ml500442p]<br /> '''2013'''<br /> * Bird, Colin L., Cerys Willoughby, and Jeremy G. Frey. “Laboratory Notebooks in the Digital Era: The Role of ELNs in Record Keeping for Chemistry and Other Sciences.” Chemical Society Reviews 42(20), 8157–75, 2013. [http://doi.org/10.1039/C3CS60122F 10.1039/C3CS60122F]<br /> * Machina, Hari K., and David J. Wild. “Electronic Laboratory Notebooks Progress and Challenges in Implementation.” Journal of Laboratory Automation 18(4), 264–68, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068213484471 10.1177/2211068213484471]<br /> '''2011'''<br /> * Rubacha, Michael, Anil K Rattan, and Stephen C Hosselet. “A Review of Electronic Laboratory Notebooks Available in the Market Today.” Journal of Laboratory Automation 16(1), 90–98, 2011. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2009.01.002 10.1016/j.jala.2009.01.002]<br /> '''2008'''<br /> * Williams, Michael, Donna Bozyczko‐Coyne, Bruce Dorsey, and Scott Larsen. “Laboratory Notebooks and Data Storage.” Current Protocols Essential Laboratory Techniques A.2A, 2008. [http://doi.org/10.1002/9780470089941.eta02as00 10.1002/9780470089941.eta02as00]<br /> '''2007'''<br /> * Du, Ping, and Joseph A. Kofman. “Electronic Laboratory Notebooks in Pharmaceutical R&amp;D: On the Road to Maturity.” Journal of the Association for Laboratory Automation 12(3), 157–65, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2007.01.001 10.1016/j.jala.2007.01.001]<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Taylor, Keith T. “The Status of Electronic Laboratory Notebooks for Chemistry and Biology.” Current Opinion in Drug Discovery &amp; Development 9(3), 348–53, 2006. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16729731]<br /> '''2005'''<br /> * Butler, Declan. “Electronic Notebooks: A New Leaf.” Nature 436(7047), 20–21, 2005. [http://doi.org/10.1038/436020a 10.1038/436020a]<br /> '''1996'''<br /> * Myers, J. D., C. Fox-Dobbs, J. Laird, Dai Le, D. Reich, and T. Curtz. “Electronic Laboratory Notebooks for Collaborative Research.” In Proceedings of WET ICE ’96. IEEE 5th Workshop on Enabling Technologies; Infrastucture for Collaborative Enterprises, 47–51, 1996. [http://doi.org/10.1109/ENABL.1996.555050 10.1109/ENABL.1996.555050]<br /> <br /> === Specific solutions ===<br /> '''2019'''<br /> * Potthoff, Jan, Tremouilhac, Pierre, Hodapp, Patrick, Neumair, Bernhard, Bräse, Stefan, Jung Nicole. “Procedures for Systematic Capture and Management of Analytical Data in Academia.” Analytica Chimica Acta: X, 2019. [http://doi.org/10.1016/j.acax.2019.100007 10.1016/j.acax.2019.100007]<br /> '''2018'''<br /> * Ahlstrand, Emma, Antoine Buetti-Dinh, and Ran Friedman. “An Interactive Computer Lab of the Galvanic Cell for Students in Biochemistry: Interactive Computer Lab of the Galvanic Cell.” Biochemistry and Molecular Biology Education 46(1), 58–65, 2018. [http://doi.org/10.1002/bmb.21091 10.1002/bmb.21091]<br /> * Kotov, Serhii, Pierre Tremouilhac, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion'''-ELN Part 2: Adaption of an Embedded Ketcher Editor to Advanced Research Applications.” Journal of Cheminformatics 10(1), 38, 2018. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 10.1186/s13321-018-0292-9]<br /> * Mah, Clarence K., Jill P. Mesirov, and Lukas Chavez. “An Accessible GenePattern Notebook for the Copy Number Variation Analysis of Illumina Infinium DNA Methylation Arrays.” F1000Research 7, 1897, 2018. [http://doi.org/10.12688/f1000research.16338.1 10.12688/f1000research.16338.1]<br /> * Pawar, Shrikant, and Harshul Batra. “Online Electronic Laboratory Notebook: A Secured Cloud Storage System Scripted in Hypertext Pre-Processor (PHP) Programming Language.” Journal of Engineering and Technology Research 10(1), 1–6, 2018). [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 10.5897/JETR2018.0638]<br /> * Rahman, Mahabubur, and Hiroshi Watabe. “Online Molecular Image Repository and Analysis System: A Multicenter Collaborative Open-Source Infrastructure for Molecular Imaging Research and Application.” Computers in Biology and Medicine, 2018. [http://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2018.04.001 10.1016/j.compbiomed.2018.04.001]<br /> '''2017'''<br /> * Hunter, Adam, Saravanan Dayalan, David De Souza, Brad Power, Rodney Lorrimar, Tamas Szabo, Thu Nguyen, et al. “'''MASTR-MS''': A Web-Based Collaborative Laboratory Information Management System (LIMS) for Metabolomics.” Metabolomics 13(2), 14, 2017. [http://doi.org/10.1007/s11306-016-1142-2 10.1007/s11306-016-1142-2]<br /> * Tremouilhac, Pierre, An Nguyen, Yu-Chieh Huang, Serhii Kotov, Dominic Sebastian Lütjohann, Florian Hübsch, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion''' ELN: An Open Source Electronic Lab Notebook for Chemists in Academia.” Journal of Cheminformatics 9, 54, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0240-0 10.1186/s13321-017-0240-0]<br /> '''2016'''<br /> * Guerrero, Santiago, Gwendal Dujardin, Alejandro Cabrera-Andrade, César Paz-y-Miño, Alberto Indacochea, Marta Inglés-Ferrándiz, Hima Priyanka Nadimpalli, et al. “Analysis and Implementation of an Electronic Laboratory Notebook in a Biomedical Research Institute.” PLOS ONE 11(8), e0160428, 2016. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0160428 10.1371/journal.pone.0160428]<br /> * Vaas, Lea A. I., Gesa Witt, Björn Windshügel, Andrea Bosin, Giovanni Serra, Adrian Bruengger, Mathias Winterhalter, Philip Gribbon, Cindy J. Levy-Petelinkar, and Manfred Kohler. “Electronic Laboratory Notebooks in a Public-Private-Partnership.” PeerJ Preprints, 2016. [http://peerj.com/preprints/2325]<br /> * Ventura, Susana, Ricardo Carvalho Amorim, João Rocha da Silva, and Cristina Ribeiro. “Voice Recognition in the LabTablet Electronic Laboratory Notebook.” In Proceedings of the Ninth International C* Conference on Computer Science &amp; Software Engineering, 13–16, 2016. [http://doi.org/10.1145/2948992.2948998 10.1145/2948992.2948998]<br /> '''2015'''<br /> * Barillari, Caterina, Diana Ottoz, Juan Mariano Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan, Bernd Rinn, and Fabian Rudolf. “'''OpenBIS''' ELN-LIMS: An Open-Source Database for Academic Laboratories.” Bioinformatics, btv606, 2015. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv606 10.1093/bioinformatics/btv606]<br /> * Day, Aileen E., Simon J. Coles, Colin L. Bird, Jeremy G. Frey, Richard J. Whitby, Valery E. Tkachenko, and Antony J. Williams. “'''ChemTrove''': Enabling a Generic ELN To Support Chemistry through the Use of Transferable Plug-Ins and Online Data Sources.” Journal of Chemical Information and Modeling 55(3), 501–9, 2015. [http://doi.org/10.1021/ci5005948 10.1021/ci5005948]<br /> * Gates, Richard S., Mark J. McLean, and William A. Osborn. “Smart Electronic Laboratory Notebooks for the NIST Research Environment.” Journal of Research of the National Institute of Standards and Technology 120, 193–303, 2015. [http://doi.org/10.6028/jres.120.018 10.6028/jres.120.018]<br /> * List, Markus, Michael Franz, Qihua Tan, Jan Mollenhauer, and Jan Baumbach. “'''OpenLabNotes'''--An Electronic Laboratory Notebook Extension for OpenLabFramework.” Journal of Integrative Bioinformatics 12(3), 274, 2015. [http://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2015-274 10.2390/biecoll-jib-2015-274]<br /> * Macdonald, Stuart, and Rory Macneil. “Service Integration to Enhance Research Data Management: '''RSpace''' Electronic Laboratory Notebook Case Study | International Journal of Digital Curation,” 2015. [http://ijdc.net/index.php/ijdc/article/view/10.1.163]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, and Sara Y. Nussbeck. “Metadata Capture in an Electronic Notebook: How to Make It as Simple as Possible?” GMS Med Inform Biom Epidemiol 11(1), Doc06, 2015. [http://doi.org/10.3205/mibe000162 10.3205/mibe000162]<br /> '''2014'''<br /> * Clark, Alex. “Putting Together the Pieces: Building a Reaction-Centric Electronic Lab Notebook for Mobile Devices.” Journal of Cheminformatics 6(Suppl 1), 2014. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-O1 10.1186/1758-2946-6-S1-O1]<br /> * Hall, Mona, and Didem Vardar-Ulu. “An Inquiry-Based Biochemistry Laboratory Structure Emphasizing Competency in the Scientific Process: A Guided Approach with an Electronic Notebook Format.” Biochemistry and Molecular Biology Education 42(1), 58–67, 2014. [http://doi.org/10.1002/bmb.20769 10.1002/bmb.20769]<br /> * Johnston, Jill, Sashi Kant, Vanessa Gysbers, Dale Hancock, and Gareth Denyer. “Using an EPortfolio System as an Electronic Laboratory Notebook in Undergraduate Biochemistry and Molecular Biology Practical Classes.” Biochemistry and Molecular Biology Education: A Bimonthly Publication of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology 42(1), 50–57, 2014. [https//doi.org/10.1002/bmb.20754 10.1002/bmb.20754]<br /> * Kloeckner, Frederik, Robert Farkas, Tobias Franken, and Thomas Schmitz-Rode. “Development of a Prediction Model on the Acceptance of Electronic Laboratory Notebooks in Academic Environments.” Biomedizinische Technik. Biomedical Engineering 59(2), 95–102, 2014. [http://doi.org/10.1515/bmt-2013-0023 10.1515/bmt-2013-0023]<br /> * Willoughby, Cerys, Colin L. Bird, Simon J. Coles, and Jeremy G. Frey. “Creating Context for the Experiment Record. User-Defined Metadata: Investigations into Metadata Usage in the LabTrove ELN.” Journal of Chemical Information and Modeling 54(12), 3268–83, 2014. [http://doi.org/10.1021/ci500469f 10.1021/ci500469f]<br /> '''2013'''<br /> * Coles, Simon J., Jeremy G. Frey, Colin L. Bird, Richard J. Whitby, and Aileen E. Day. “First Steps towards Semantic Descriptions of Electronic Laboratory Notebook Records.” Journal of Cheminformatics 5(1), 52, 2013. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-5-52 10.1186/1758-2946-5-52]<br /> * Johannes, Paul C., Jan Potthoff, Alexander Roßnagel, Bernhard Neumair, Moaaz Madiesh, and Siegfried Hackel. Beweissicheres elektronisches Laborbuch: Anforderungen, Konzepte und Umsetzung zur langfristigen, beweiswerterhaltenden Archivierung elektronischer Forschungsdaten und -dokumentation. Auflage: 1. Baden-Baden: Nomos, 2013. ISBN 978-3-8487-0706-5<br /> * Marzec, Bartlomiej, Philipp Weil, and Sara Yasemin Nussbeck. “Vorbereitungsprozess Für Die Elektronische Dokumentation Und Nachnutzbarkeit von Forschungsdaten in ELN.” In Abstractband GMDS 2013. Lübeck: Pro BUSINESS, 2013. [http://doi.org/10.3205/13gmds051 10.3205/13gmds051]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, Philip Bittihn, Daniel Hornung, Nadine Mathieu, and Sara Y Demiroglu. “Requirement Analysis for an Electronic Laboratory Notebook for Sustainable Data Management in Biomedical Research.” Studies in Health Technology and Informatics 192, 2013. [http://doi.org/10.3233/978-1-61499-289-9-1108 10.3233/978-1-61499-289-9-1108]<br /> * Milsted, Andrew J., Jennifer R. Hale, Jeremy G. Frey, and Cameron Neylon. “'''LabTrove''': A Lightweight, Web Based, Laboratory ‘Blog’ as a Route towards a Marked Up Record of Work in a Bioscience Research Laboratory.” PLOS ONE 8(7), e67460, 2013. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0067460 10.1371/journal.pone.0067460]<br /> * Rees, Ian, Ed Langley, Wah Chiu, and Steven J. Ludtke. “'''EMEN2''': An Object Oriented Database and Electronic Lab Notebook.” Microscopy and Microanalysis: The Official Journal of Microscopy Society of America, Microbeam Analysis Society, Microscopical Society of Canada 19(1), 1–10, 2013. [http://doi.org/10.1017/S1431927612014043 10.1017/S1431927612014043]<br /> * Voegele, Catherine, Baptiste Bouchereau, Nivonirina Robinot, James McKay, Philippe Damiecki, and Lucile Alteyrac. “A Universal Open-Source Electronic Laboratory Notebook.” Bioinformatics 29(13), 1710–12, 2013. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt253 10.1093/bioinformatics/btt253]<br /> * Walsh, Emily, and Ilseung Cho. “Using '''Evernote''' as an Electronic Lab Notebook in a Translational Science Laboratory.” Journal of Laboratory Automation 18(3), 229–34, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068212471834 10.1177/2211068212471834]<br /> '''2012'''<br /> * Fritz, Fleur, Benjamin Trinczek, Sebasitan Balhorn, and Martin Dugas. “Wie Viel Desinfektionsmittel Verträgt Ein Tablet? Hygieneanforderungen Beim Einsatz von IPads Für Die Klinische Dokumentation.” Abstractband GMDS, 2012. [http://doi.org/10.3205/12gmds011 10.3205/12gmds011]<br /> * Iyer, Rupa, and William Kudrle. “Implementation of an Electronic Lab Notebook to Integrate Research and Education in an Undergraduate Biotechnology Program.” Technology Interface International Journal 12(2), 5–12, 2012. [http://tiij.org/issues/issues/spring2012/abstracts/Z__TIIJ%20spring%202012%20v12%20n2%20(paper%201).pdf]<br /> * Rudolphi, Felix, and Lukas J Goossen. “Electronic Laboratory Notebook: The Academic Point of View.” Journal of Chemical Information and Modeling 52(2), 293–301, 2012. [http://doi.org/10.1021/ci2003895 10.1021/ci2003895]<br /> '''2011'''<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Yilmaz, Pelin, Renzo Kottmann, Dawn Field, Rob Knight, James R. Cole, Linda Amaral-Zettler, Jack A. Gilbert, et al. “Minimum Information about a Marker Gene Sequence (MIMARKS) and Minimum Information about Any (x) Sequence (MIxS) Specifications.” Nature Biotechnology 29(5), 415–20, 2011. [http://doi.org/10.1038/nbt.1823 10.1038/nbt.1823]<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Macneil, Rory. “The Benefits of Integrated Systems for Managing Both Samples and Experimental Data: An Opportunity for Labs in Universities and Government Research Institutions to Lead the Way.” Automated Experimentation 3(1), 2, 2011. [https://doi.org/10.1186/1759-4499-3-2 10.1186/1759-4499-3-2]<br /> '''2010'''<br /> * Hibbert, Brynn, Jeremy G. Frey, Rosanne Quinnell, Mauro Mocerino, Matthew Todd, Piyapong Niamsup, Adrian Plummer, and Andrew Milsted. “Teaching Instrumental Science Globally Using a Collaborative Electronic Laboratory Notebook.” Proceedings of The Australian Conference on Science and Mathematics Education, 16, 2010.<br /> * Quinnell, Rosanne, and D. Brynn Hibbert. “Introducing an Electronic Laboratory Notebook to PhD Students Undertaking Chemistry Research at a Research Intensive University.” In International Conference on Education, Training and Informatics: ICETI, 2010. [http://www.iiis.org/CDs2010/CD2010IMC/ICETI_2010/PapersPdf/EB108QJ.pdf]<br /> '''2009'''<br /> * Goddard, Nigel H., Rory Macneil, and Jonathan Ritchie. “'''ECAT''': Online Electronic Lab Notebook for Scientific Research.” Automated Experimentation 1(1), 4, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-4 10.1186/1759-4499-1-4]<br /> '''2008'''<br /> * Tabard, Aurélien, Wendy E. Mackay, and Evelyn Eastmond. “From Individual to Collaborative: The Evolution of Prism, a Hybrid Laboratory Notebook.” In Proceedings of the 2008 ACM Conference on Computer Supported Cooperative Work, 569–578, 2008. [http://doi.org/10.1145/1460563.1460653 10.1145/1460563.1460653]<br /> '''2007'''<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Khan, Arshad M., Joel D. Hahn, Wei-Cheng Cheng, Alan G. Watts, and Gully A. P. C. Burns. “NeuroScholar’s Electronic Laboratory Notebook and Its Application to Neuroendocrinology.” Neuroinformatics 4(2), 139–62, 2006. [http://doi.org/10.1385/NI:4:2:139 10.1385/NI:4:2:139]<br /> '''2005'''<br /> * Fakas, Georgios John, Anh Vu Nguyen, and Denis Gillet. “The Electronic Laboratory Journal: A Collaborative and Cooperative Learning Environment for Web-Based Experimentation.” Computer Supported Cooperative Work (CSCW) 14(3), 189–216, 2005. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 10.1007/s10606-005-3272-3]<br /> * Talbott, Tara, Michael Peterson, Jens Schwidder, and James D. Myers. “Adapting the Electronic Laboratory Notebook for the Semantic Era.” In Collaborative Technologies and Systems, 2005. Proceedings of the 2005 International Symposium On, 136–43. IEEE, 2005. [http://doi.org/10.1109/ISCST.2005.1553305 10.1109/ISCST.2005.1553305]<br /> '''1995'''<br /> * Fort, Jr., Raymond. “ChemWindow and Entropy Lite.” Journal of Chemical Information and Modeling 35(5), 932–33, 1995. [http://doi.org/10.1021/ci00027a603 10.1021/ci00027a603]<br /> * Marstaller, J.E., and M.D. Zorn. “An Electronic Laboratory Notebook Based on HTML Forms” 1995. [http://doi.org/10.2172/197149 10.2172/197149]<br /> '''1993'''<br /> * Pecherer, R. M. “Contig Graph Tool: A Graphical Interface for Contig Physical Map Assembly.” In [1993] Proceedings of the Twenty-Sixth Hawaii International Conference on System Sciences, 1, i:544–53, 1993. [http://doi.org/10.1109/HICSS.1993.270686 10.1109/HICSS.1993.270686]<br /> '''1987'''<br /> * Delaney, Michael F. “Using ‘Electronic Laboratory Notebook’ Software in the Instrumental Analysis Course.” Journal of Chemical Education 64(1), 29, 1987. [http://doi.org/10.1021/ed064p29 10.1021/ed064p29]<br /> '''1985'''<br /> * Gilbert, William A. “'''RS/1''': An Electronic Laboratory Notebook.” BioScience 35(9), 588–90, 1985.<br /> '''1970'''<br /> * Greenblatt, Melvin, Ruggero Montesano, Louise Wombolt, and Philippe Shubik. “Automatic Data Processing Techniques for Carcinogenesis Studies.” JNCI: Journal of the National Cancer Institute 44, no. 5 (May 1, 1970): 1037–45. [http://doi.org/10.1093/jnci/44.5.1037 10.1093/jnci/44.5.1037]<br /> <br /> [[Kategorie:Data Management‏‎|Datenmanagement (Data Management)‏‎]]‏‎<br /> [[Kategorie:Data_Publishing|Datenveröffentlichungen (Data Publishing)]]<br /> [[Kategorie:Metadaten|Metadaten (Metadata)]]<br /> [[Kategorie:Standards|Standards und Standardisierungsinitiativen]]<br /> [[Kategorie:Technik|Software und Technik (Software and Technology)]]<br /> [[Kategorie:Elektronische Laborbücher]]</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=DH-NRW_Workshop_zum_Thema_elektronische_Laborb%C3%BCcher_(ELN)&diff=4108 2018-11-27T13:52:40Z

<p>FrankLange: </p> <hr /> <div>'''Ort:''' IT Center, RWTH Aachen &lt;br&gt;<br /> '''Termin:''' 20. November 2017&lt;br&gt;<br /> '''Webseite und Präsentationen:''' [http://www.dh-nrw.de/termine/archiv/2017/workshop-zum-thema-elektronische-laborbuecher-eln-20112017/ http://www.dh-nrw.de/termine/archiv/2017/workshop-zum-thema-elektronische-laborbuecher-eln-20112017/], [http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer]<br /> == Mitschriften (verfasst von Frank Lange, IPB) ==<br /> === labfolder (Dr. Florian Hauer, COO der Labfolder GmbH) ===<br /> * Warum entwickelt? Die Entwickler erlebten selbst &quot;Datenkatastrophen&quot; und möchten die Grundbedürfnisse der Wissenschaftler bedienen:<br /> :- einfach Bedienbarkeit<br /> :- kollaboratives Arbeiten<br /> :- Flexibilität mit Schnittstellen<br /> :- regulatorische Rahmenbedingungen<br /> * Rechteverwaltung ist in beliebig komplexen Untergruppen möglich. (Anm. FRL: Könnte/müsste/sollte man sowas nicht auch mittels Active Directory abbilden? Schafft man damit Doppelstrukturen? Andererseits gibt es die nötige Flexibilität ohne irgendwelche AD-Admins zu fragen.)<br /> * fortgeschrittene elektronische Unterschrift<br /> * am Stand zu erfahren: ohne Zertifikate im Hintergrund, Implementierung wäre zu großer Aufwand; demnächst werden die Checksummen von SHA-1 (buh!) auf SHA-2 umgestellt<br /> * Integration von Legacy-Software über API wäre über den Support möglich.<br /> * Preis für on-premise: 15€ / User / Monat (concurrent) + 2500€ installation fee<br /> * 26 Mitarbeiter, wachsend<br /> * Export von Einträgen: PDF, XHTML, JSON<br /> Fragen / Antworten:<br /> * Können Roh-/Primärdaten in Laborbucheinträge intergriert werden? Ja, aber nur Standard-Dateiformate sind interpretierbar. labfolder selbst sollte nicht als Langzeitarchiv für größere Datenmengen genutzt werden. ~100MB sind ok.<br /> * Chemische Strukturformeln sind fürs nächste Jahre geplant.<br /> * Literaturstellen aus EndNote einbindbar? Nein, nur über Mendeley.<br /> * Wie kann der Übergang zum ELN am besten gestaltet werden? Poweruser nutzen; PIs können Multiplikatoren sein; Menschen mit Vorbehalten gezielt ansprechen<br /> * Können Handschrift und Sprache als Eingabe verstanden werden (Use cases: Mobiles Gerät, Arbeiten im S3/S4-Bereich)? Fürs nächste Jahr geplant<br /> * Lizensierung: Subskription; Gibt es auch Softwareüberlassung?<br /> * Die Mobile-APP soll demnächst überarbeitet werden.<br /> === RSpace ELN (Dr. Harald Kusch, Medizinische Informatik an der Universität Göttingen) ===<br /> * SFB1002: Medizin, translationale Forschung<br /> * SFB1190: Biochemie<br /> * Konzept: '''Verlinken''' von Daten; Welche Daten sollen direkt ins ELN bzw. welche sollen nur verknüpft werden? Doppelte Datenhaltung ist eher schlecht. Wichtig sind Zitationsmöglichkeiten und persistent Identifier.<br /> * beliebige Strukturierung im ELN möglich:<br /> :- chronologisch (wie Paper-Journal)<br /> :- projektorientiert<br /> :- methodenorientiert<br /> * Raum für Kreativität: leere Seite<br /> * auch möglich: strukturierte Dokumentation, sprich &quot;Protokolle&quot;/Vorlagen/Templates; Wer entwickelt diese Vorlagen? Poweruser<br /> * Export: PDF, HTML, XML; Repositoriensoftware (DSPACE, Dataverse) kann angebunden werden.<br /> * Ideale vs. Realität: Welche Funktionalitäten bietet ein ELN vs. welche Schnittstellen zu anderer Software?<br /> Fragen / Antworten:<br /> * Wie groß ist die RSpace-Community? Eher klein; man muss sich mühsam Kontakte suchen<br /> * Problematik lebende/sich ändernde Protokolle: Wie könnte man rückwirkend alte Experimente zurückarbeiten?<br /> * Unimedizin Göttingen: Marktanalyse 2012, Anforderungskatalog; eCat ist sehr datenbanklastig<br /> * Support vom Vendor? Guter Support; über technischen Support hinaus; ResearchSpace ist ein Startup<br /> * Manpower vor Ort: 4 HIWIs, 3 wiss. Mitarbeiter der SFBs; Nachhaltigkeit nach Ende der SFBs fragwürdig<br /> === Chemotion ELN (Dr. Nicole Jung, Gruppenleiterin der Compounds Platform am KIT Entwicklerin von Chemotion) ===<br /> * Problem: Forschungsdatenrepositorien im Bereich Chemie sind kaum bevölkert, deshalb sind Exportfunktionen direkt aus dem ELN wichtig.<br /> * cubuslab: Startup; bietet Beratung/Lösungen zur Laborgeräteintegration<br /> * Supporting Information (in Chemiejournalen sehr verbreitet) kann man direkt aus dem ELN erzeugen.<br /> * Ketcher (Editor für chem. Strukturformeln) wurde modifiziert.<br /> * Abbildung von Wellplates/biologischen Screens ist rudimentär möglich.<br /> Fragen / Antworten:<br /> * Was ist die Funktion der &quot;virtuellen Maschinen&quot;? In den Laboren existieren viele Altgeräte. Die dazugehörigen Messrechner geben irgendwann den Geist auf und somit ist die Gerätesoftware verloren. Konzept: Lasse die Gerätesoftware in VMs laufen (Stichwort: Langzeitarchivierung von Software; Projekt bwFLA). Die Schnittstelle zum Messgerät erfolgt über ''dial-a-device''.<br /> * Man kann ChemDraw-Dateien nicht importieren.<br /> * Nachverfolgbarkeit innerhalb des ELN:<br /> :- Sample/Batch wurde in einem Experiment verwendet? Ja. (quasi Verknüpfung in beide Richtungen)<br /> :- Synthesen über mehrere Schritte? Später.<br /> * SciFinder-API: Funktionalität ist begrenzt; Lizensierung ist schwierig.<br /> * Verselbstständigung nach Ende des DFG-Projekts? Chemotion ist im KIT bereits stark integriert; eine Stelle wäre ausreichend für Support und Pflege.<br /> * Erkennung handschriftlich gezeichneter chem. Strukturformeln? Gibt es nicht.<br /> === openEventory und Sciformation (Dr. Felix Rudolphi, Geschäftsführer von Sciformation Consulting Entwickler von openEventory und Sciformation) ===<br /> * Wie entstanden?<br /> :- TU Kaiserslautern: open enventory als Chemikalienkataster (Stichwort Chemikaliengesetz)<br /> :- MPI für Kohlenforschung: Sciformation ELN<br /> * Workflow für Chemikalieninventar: Kaufen → Einpflegen (dauert ca. 2 min); man bekommt automatisch die Sicherheitsdatenblätter<br /> * Workflow Synthese: z.B. über Templates<br /> * Workflow selber zusammenbauen aus atomaren Bausteinen; Validierung/Pflichfelder sind möglich.<br /> * Analytikdaten: Lesen von relevanten Dateiformaten möglich; Ansicht ist interaktiv.<br /> * Suche: mit/nach chem. Strukturformeln; Suche nach Signalmustern (z.B. MS)???<br /> Fragen / Antworten:<br /> * Lizensierung: Campus-Lizenz mit unbegrenzter Zahl von Nutzern und zeitlich unbegrenzt<br /> * Kosten: niedriger 5-stelliger Betrag für Unis<br /> * Workflowbeschreibung (XML-Format) selbst geschrieben<br /> === [http://talks.bronger.org/2017-11-20_juliabase.slide JuliaBase ELN] (Dr. Torsten Bronger, Entwickler des ELNs JuliaBase am Forschungszentrum Jülich) ===<br /> * Workflow am Prinzip &quot;Ursache und Wirkung&quot; orientiert; zu jedem Item gibt es einen Arbeitsplatz/Computer<br /> * probenzentrisch (→ LIMS???)<br /> * browserbasiert<br /> * Suche: SQL-Abbildung, also sehr DB-lastig<br /> * Geräteanbindung: nur Metadaten über Experiment speichern; Rohdaten bleiben im Archiv<br /> * spezifisch auf die Workflows der Solarzellenforschung zugeschnitten<br /> * eine Person macht Softwareentwicklung und Support<br /> * Im FZ Jülich sind 40 Apparaturen ins System eingepflegt.<br /> * Probennamen werden nach Eingabe validiert, ob sie in der Datenbank existieren<br /> === Labordatenmanagement an der ETH: Prozesse, Werkzeuge &amp; Erfahrungen (Dr. Bernd Rinn, Leiter der Sektion Scientific IT Services der ETH Zürich) ===<br /> * digitale Revolution im Labor: Paper trails are incomplete. Ein Laborbuch kann die komplexe digitale Laborumgebung nicht abbilden.<br /> * Problem: Management aktiver Forschungsdaten<br /> * Marktentwicklung: laboratory informatics market<br /> * Projektmanagement: Es ist besser, zunächst das LIMS einzuführen und danach das ELN<br /> === BeLab: Beweissicheres elektronisches Laborbuch (Tobias Duden, Physikalisch-Technische Bundesanstalt (PTB)) ===<br /> * Sprecher Tobias Duden: Wirtschaftsinformatiker, IT der PTB<br /> * Die PTB ist das nationale Metrologieoinstitut mit etwa 200 Laboren → breites Anforderungsprofil<br /> * Beweissicherheit ist wichtig z.B. für Bauartzulassungen (u.a. Geschwindigkeitsüberwachung). Fristen sind zum Teil über 30 Jahre.<br /> * BeLab-Projekt: rechtliche Kriterien → funktionale Anforderungen an ein ELN<br /> * Zweite Projektphase: 2014 gab es eine Simulationsstudie (= simulierte Gerichtsprozesse) → Urteile waren &quot;absolut eindeutig&quot;<br /> * Schichtenmodell nach BSI TR-03125: Applikationsschicht könnte ein beliebiges ELN sein.<br /> * Middleware macht die Übersignierung; Zeitskala ist alle 3 Jahre<br /> * an der PTB im Testbetrieb: Proof of concept mit Sciformation<br /> Fragen / Antworten:<br /> * Authentifizierungsmechanismen: nur Passwörter<br /> * Chemotion will BeLab-Konzepte übernehmen. Jan Potthoff (SCC, bereits in erster BeLab-Projektphase dabei gewesen) ist auch im Team.<br /> === Rahmenbedingungen und Voraussetzungen für den Einsatz elektronischer Laborbücher (Marius Politze, IT Center der RWTH Aachen) ===<br /> * &quot;Was weiß die RWTH, was die RWTH weiß?&quot; ... nichts → Administration hat keinen Einblick in die Fakultäten/Forschungsgruppen.<br /> Fragen / Antworten:<br /> * &quot;ELN-Einführung wird IT-Albtraum in 15 Jahren.&quot; → Man braucht eine Exit-Strategie, z.B. falls der ELN-Hersteller pleite geht. → In großen Einrichtungen sollte man eine ELN-Heterogenität möglichst vermeiden.<br /> [[Kategorie:Elektronische Laborbücher]]</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Workshop_zu_elektronischen_Laborb%C3%BCchern_(Leibniz-Gemeinschaft)&diff=4107 2018-11-27T13:52:26Z

<p>FrankLange: </p> <hr /> <div>'''Ort:''' Geschäftsstelle der Leibniz-Gemeinschaft&lt;br&gt;<br /> '''Termin:''' 12. Juni 2018&lt;br&gt;<br /> '''Webseite und Präsentationen:''' [http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/ http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/]<br /> == Mitschriften (verfasst von Frank Lange, IPB) ==<br /> === Elektronisches Laborbuch, Gute Wissenschaftliche Praxis und Forschungsdatenmanagement – Einführung und Überblick (Birte Lindstädt, ZB MED) ===<br /> === colab : Unterstützung für datenzentrierte Prozesse (Harry Enke, AIP) ===<br /> === PsychNotebook – Inhaltliche und technische Anforderungen an eine JupyterLab-basierte Umgebung für die Studienplanung, Datenanalyse und Befunddokumentation in der Psychologie (Peter Weiland, ZPID) ===<br /> === Enabling connectivity in electronic laboratory notekeeping – A pilot approach in biomedical sciences (Harald Kusch, Universitätsmedizin Göttingen) ===<br /> === Einsatz von Laborinformationsmanagementsystemen zur digitalen Erschließung und Bewahrung pflanzengenetischer Ressourcen am IPK-Gatersleben (Matthias Lange, IPK) ===<br /> LIMS-Entwicklungsgeschichte am IPK:<br /> * 2002: Bedarf für ein LIMS; Eigenentwicklung wird angestoßen (&quot;Hey, wir können programmieren, also los!&quot;)<br /> * 2006: Eigenentwicklung wird eingestellt und entschieden, ein kommerzielles LIMS anzuschaffen. Es wurde eine Projektgruppe LIMS für 12 Monate finanziert.<br /> * 2010: finale Entscheidung für Limsophy RALIMS<br /> Fragen / Antworten:<br /> * Da im Vortrag auch der Begriff &quot;GVO&quot; vorkam und wir im IPB unsere GVO-Datenbank ausdrucken und unterschrieben an das Landesverwaltungsamt schicken müssen: Wie wird dieses Reporting im IPK gehandhabt? So wie ich die Anwort verstanden habe, darf das IPK (als erste/einzige Einrichtung in Sachsen-Anhalt) diese Daten elektronisch übermitteln.<br /> === Signaturen in elektronischen Laborbüchern: Was können wir vom BeLab-Projekt lernen? (Frank Lange, IPB) ===<br /> === ELN@FLI – Etappe 1: von der Markterkundung zur Leistungsbeschreibung (Georg Peiter, FLI) ===<br /> * Anlass: [http://www.leibniz-gemeinschaft.de/medien/aktuelles/news-details/article/praesidium_beschliesst_massnahmen_gegen_leibniz_direktor_100003074/ großer Fall wissenschaftlichen Fehlverhaltens am FLI]; zahlreiche Maßnahmen zur Umsetzung der GWP, u.a. die Einführung eines ELN<br /> * erster Schritt: Umfrage unter den Wissenschaftlern; recht fragwürdige Antworten, weil niemand so recht wusste, was ein ELN ist und was ein ELN leisten kann<br /> * Anfoderungen: letztendlich eine recht schmale Anforderungsliste; eine umfassende Anforderungsliste wurde über den Haufen geworfen (z.B. Useability nach DIN ..., womit sowiso niemand etwas anfangen kann)<br /> * Es wurde eine Liste mit möglichen Kandidaten zusammengestellt und 3 davon von Wissenschaftlern getestet.<br /> * Risiko Vendor Lock-in: keine standardisierten Formate, kaum Chancen für erfolgreichen Datentransfer in ein anderes ELN; in gewisser Weise muss man dem in der Vertragsgestaltung entgegenwirken - mit Staffelpreisen, längeren Kündigungsfristen, möglichst langen Vertragslaufzeiten (+automatische Verlängerung) und Fixierung der Preise mit einem Rahmenvertrag<br /> * ELN im FDM-Konzept des Instituts: (Dateisystem-)Links zu Resourcen im WORM-Speicher/Langzeitarchiv (LZA); Export aus dem ELN ins LZA via PDF/A oder xml<br /> * Durchaus valider Use-Case: Ein Wissenschaftler verlässt das Institut und möchte die ELN-Daten mitnehmen. Im Prinzip taucht hier wieder das Vendor Lock-in-Problem auf.<br /> * Die Ausschreibung ist in Englisch und Deutsch. Der Vertrag wird in Deutsch sein (EVB-IT). Die EVB-IT wurde von einem Übersetzungsbüro ins Englische übersetzt (und zwar schlecht).<br /> * interessant: &quot;Gebrauchstauglichkeit nach DIN EN ISO 9241 Teile 11 und 110&quot;<br /> * Wann sollten Nutzertests gemacht werden? Vor oder nach der Ausschreibungsphase?<br /> * ELNs und FAIR-Prinzipien: eher ernüchternd<br /> [[Kategorie:Elektronische Laborbücher]]</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Helmholtz_Open_Science_Workshop_%E2%80%9EElektronische_Laborb%C3%BCcher%E2%80%9C&diff=4106 2018-11-27T13:52:14Z

<p>FrankLange: </p> <hr /> <div>'''Ort:''' Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung (HZI), Braunschweig&lt;br&gt;<br /> '''Termin:''' 13./14. September 2018&lt;br&gt;<br /> '''Webseite und Präsentationen:''' [http://os.helmholtz.de/bewusstsein-schaerfen/workshops/helmholtz-open-science-workshop-elektronische-laborbuecher/ http://os.helmholtz.de/bewusstsein-schaerfen/workshops/helmholtz-open-science-workshop-elektronische-laborbuecher/]<br /> == Mitschriften ==<br /> === Heiko Rosenfelder (DKFZ): Einführung und Betrieb eines elektronischen Laborbuchs im DKFZ ===<br /> * Ausgangspunkt: Papierlaborbuch, Medienbrüche, Forschungsdaten werden digital<br /> * Chronologie: 2010 Arbeitsgruppe ELN; 2011 Auswahlverfahren; 2012 Pilotphase; ab 2013 produktiv<br /> * Auswahl/Ausschreibung: Überschaubare Liste gewünschter Funktionalitäten, was letztendlich auf ein ELN mit &quot;weißem Blatt&quot; hindeutet. Zur engeren Auswahl standen E-Notebook von PerkinElmer und iLabber (durch diverse Übernahmen jetzt BIOVIA Notebook). Die Entscheidung fiel letztendlich auf iLabber und die Anwendung erfolgte über einen Fat-Client bzw. einen Webclient und mittlerweile mittels moderner Browser (HTML5).<br /> * Pilotphase: Es wurden etwa 20 Standardexperimente identifiziert, die mittels Templates/Protokollen abgebildet wurden. Die Pilotphase wurde durch eine Umfrage ausgewertet. (Gibt es irgendwo den vollständigen Fragebogen und die Ergebnisse???)<br /> * Implementierungsphase:<br /> ** Mit Hilfe des Personalrats wurde eine Dienstvereinbarung erarbeitet (Herabgruppierung, Leistungskontrolle, freiwillige Nutzung, Rollen und Zugriffsmatrix).<br /> * Contra-Argumente ergeben sich aus praktischen Problemen: Zur Dokumentation mit dem ELN müssen die Forschenden zum Labor-PC zurückkehren - benutzen also Zettelchen und Ausdrucke, die dann wieder später abgetippt werden. Für mich ist damit der Vorteil eines ELN nicht mehr gegeben.<br /> * Schulungen und Outreach: separate Schulungen für Gruppenadmins/PIs (Projektverwaltung); das Supportforum ist mittlerweile eingeschlafen<br /> * aktueller Status: 1000 Lizenzen verfügbar, 600 davon sind belegt (etwa 2/3 der Mitarbeiter, die im Labor unterwegs sind)<br /> ==== Fragen / Antworten ====<br /> * Gibt es eine persistente Verbindung von ELN-Einträgen und Forschungsdaten (schlimmstenfalls liegen Forschungsdaten auf irgendeinem Netzlaufwerk, werden verschoben, gelöscht, etc. und Verweise aus dem ELN gehen dann kaputt)? Kann man Forschungsdaten direkt im iLabber ablegen? Nein, das ist mit iLabber nicht möglich.<br /> * Wie schnell haben die Mitarbeiter das ELN angenommen? Nutzerzahlen: 300 nach einem Jahr, 600 nach 2 Jahren<br /> * Gibt es Labore (welcher Typ von Laboren?), bei denen ELN-Einführung leichter ist? Die Altersstruktur der Mitarbeitenden ist jedenfalls nicht entscheidend.<br /> === Tobias Duden (Physikalisch-Technische Bundesanstalt (PTB)): Das beweissichere elektronische Laborbuch (BeLab) in der Physikalisch-Technischen Bundesanstalt (PTB) ===<br /> * Hintergrund: Die PTB als nationales Metrologieinstitut muss eine rechtssichere Dokumentation führen. Deshalb wurde im BeLab-Projekt an den Konzepten eines beweissicheren Laborbuchs gearbeitet.<br /> * Die Infrastruktur besteht aus Anwendungskomponenten (z.B. ELN), der Middleware (nach BSI TR-ESOR) und dem Langzeitarchiv. Für die Umsetzung müssen qualifizierte elektronische Signaturen verwendet werden, die allerdings recht teuer sind - deshalb nutzt die Middleware das Hashbaum-Konzept, um mit einer qualifizierten Signatur mehrere Dokumente zu signieren.<br /> * Umsetzung in der PTB: Middleware-Komponenten sind kommerzielle Produkte mit BSI-Zertifizierung. Letztendlich wurde anstatt eines ELN ein einfaches Dokumentenablagesystem als Anwendungskomponente implementiert. Die Einbindung eines ELN wäre zu resourcenintensiv. Anmerkung: Im November letzten Jahres wurde noch vom ELN Sciformation im Testbetrieb gesprochen (siehe Screenshot in den Backupfolien).<br /> === Harald Kusch (Georg-August-Universität Göttingen): Pilot-Integration eines elektronischen Laborbuchs und eines Open-Source-Forschungsdaten-Repositories als Bestandteil einer modularen biomedizinischen Forschungsdatenplattform ===<br /> * Hintergrund: FDM-Module für die SFBs 1002 und 1190. Es wurde zunächst versucht, das FDM auf die am häufigsten benutzten Daten-/Probentypen zu Fokussieren. Daraus entstand u.a. der Antikörperkatalog (Handle persistent Identifier, Storage-Information, Literaturverweise).<br /> * Herausforderungen in der akad. bzw. Grundlagenforschung: Heterogenität (Workflows, Methoden, Daten), Fluktuationen, kaum Handlungsleitlinien<br /> * Das ELN RSpace ist seit etwa 2 Jahren im Betrieb; Anforderungen:<br /> ** Im Kooperationskonzept muss ein Beenden der Kooperation möglich sein (= Entziehung aller Rechte).<br /> ** Kreativität nicht einschränken durch Strukturierung (&quot;weißes Blatt&quot;).<br /> ** Forschungsdaten zitieren durch persistent Identifier (s.o.) bzw. durch SMB-Links (Daten auf Netzlaufwerken); so einfach wie möglich gestalten durch Drag&amp;Drop-Funktionalität<br /> ** ORCID als Identifikator für Personen<br /> ** Audit-Trail und Signaturen<br /> ** vielfältige Exportmöglichkeiten, insbesondere auch zu Repository-Software (so wenige Klicks wie möglich)<br /> === Caterina Barillari, Juan M. Fuentes-Serna &amp; Bernd Rinn (ETH Zürich): openBIS – an open resource for academic laboratories ===<br /> * Hintergrund: Der Forschungsworkflow wurde analysiert und in Prozesse eingeteilt (Anm.: starke Vereinfachung; ist es wirklich so linear?) und in openBIS strukturiert abgebildet. Forschungsdaten, Dokumentationen, Protokolle, Code, Resultate, etc. liegen verteilt auf diversen Speichermedien bzw. in diversen Infrastrukturen vor. Daten sollen möglichst zentral gespeichert werden und openBIS ist das integrierende Element in diesem Konzept.<br /> * Historie: openBIS entstand im [http://www.systemsx.ch SystemsX-Projekt], in dem viele Omics-Daten erhoben und prozessiert werden. 2013 wurde sich gegen eine Ausschreibung und für die Weiterentwicklung von openBIS entschieden.<br /> * Funktionen:<br /> ** LIMS: Inventarmanagement (auch schon für Molekularbiologie geeignete Vorgaben der Metadatenfelder) mit persistenten Identifiern; Relationen können abgebildet werden; Management von Methoden/Protokollen/SOPs; Einkaufmanagement<br /> ** ELN: Datenupload via &quot;Dropbox-Mechanismus&quot;; Verknüpfen mit großen Daten via BigDataLink<br /> * Best Practice: Wie rollt man openBIS am besten aus? (1) Inventar und Proben, (2) Protokolle (mit Links zu Proben), (3) ELN<br /> ** Neu: Auswerten mit Jupyter-Notebooks<br /> * Entwicklerkapazitäten: etwa 5 Personen<br /> === Marlis Zeitler &amp; Claire Wallace (Dotmatics Ltd): The use of an ELN to accelerate efficiency in research ===<br /> * Fokus von Dotmatics: Biotech-Industrie<br /> * Dotmatics bietet eine Vielzahl von Modulen, u.a. Studies Notebook (ELN), Browser (Suchfunktion über alle anderen Module), Inventarmanagement und Registrierung für Proben (chemische und biologische).<br /> * Hosting: Cloud (AWS) oder on-premise<br /> * Sowohl strukturierte Dokumentation (Tabellen mit stöchiometrischen Berechnungen für chemische Reaktionen; strukturierte Aufbereitung für Supplementaries, auch für mehrere Syntheseschritte) als auch unstrukturierte Dokumentation (&quot;weißes Blatt&quot; für Biologen) im ELN möglich.<br /> * Screening-Datenmanagement: Wellplate-Designer, automatisierte Auswertung von Daten aus Plate-Readern, Aufbereitung von Dosis-Wirkungskurven<br /> === Alexander Minges (Biochemische Pflanzenphysiologie, Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf): eLabFTW – das freie elektronische Laborjournal ===<br /> * ein Open-Source-ELN mit &quot;weißem Blatt&quot; als Konzept<br /> * Features: HTML5-Texteditor im ELN, Arbeit in Teams möglich, Tags für Kategorisierung und Suche, Audit-Trail, Versionierung und Wiederherstellung, Buchungsfunktion über Kalender (z.B. für Instrumente)<br /> * Datei-Upload: versioniert, z.T. ist Preview möglich (Images, PDB, SDF; von Office-Dokumenten war nicht die Rede)<br /> * Laborinventarfunktion wäre &quot;in abgespeckter Form&quot; möglich über Datenbankeinträge (Anm.: Scheinbar sind dafür keine Metadaten (z.B. Ort) in strukturierter Form hinterlegbar.). ELN-Einträge können mit Datenbankeinträgen verknüpft werden. (Anm.: In der Demo musste ich danach lange suchen. Außerdem sieht man, mit welchem Experiment ein DB-Eintrag verknüpft wurde. Das ist keinesfalls selbstverständlich bei anderen ELN-Systemen!)<br /> * Abschließen von Experimenten mit einem Zeitstempel (Anm.: keine Signatur im rechtlichen Sinne).<br /> * Authentifizierung: lokale Nutzer oder über Shibboleth<br /> ==== Fragen / Antworten ====<br /> * Welche Rollen gibt es? Admin, Teamleiter und User<br /> * Rechte für Einträge: nur Ich, Team, öffentlich<br /> === Nicole Jung (KIT): Chemotion ELN – Basis-Funktionen und besondere Anwendungen ===<br /> * Chemotion ist ein ELN für Synthesechemiker, das einzelne Substanzen und chemische Reaktionen dokumentiert und die entsprechenden Analytikdaten hinterlegt.<br /> * Geräteintegration: So viel wie möglich automatisieren, d.h. Daten vom Speicherort bzw. aus Emailpostfach holen.<br /> * Struktureditoren: Weiterentwicklung von Ketcher und demnächst auch ChemDraw<br /> * ELN-Einträge teilen mit einzelnen Nutzern oder in Gruppen; Lese- und Schreibrechte möglich<br /> * Reporting: gut geeignet, um die supplementary Information für Paper automatisiert zu erstellen (IUPAC-Name, Identifier, Berechnungen, NMR-Peaklisten und Multiplets, etc.)<br /> * SciFinder-Integration wenn entsprechende Lizensierung vorhanden ist (nicht auf dem Demo-Server)<br /> * Repositorienanbindung an Chemotion.net mit DOI-Vergabe<br /> ==== Fragen / Antworten ====<br /> * Wie wird die Publikation im Chemotion-Repository im Peer-Review-Verfahren für ein Paper abgebildet? Zweistufig: Der Datensatz wird auf &quot;pending&quot; gesetzt und bekommt eine &quot;virtuelle&quot; DOI, die noch nicht bei DataCite registriert ist.<br /> * Gibt es Barcodes? Ja, für alle Items.<br /> === Florian Hauer (Labfolder GmbH): Digital in die Zukunft – elektronische Laborbücher als zentraler Bestandteil des Forschungsdatenmanagements ===<br /> * Es wurde versucht, die Implementierung eines ELN aus der Anbietersicht zu erläutern und den Onboardingprozess zu optimieren.<br /> * Wichtig: Die Forschungsgruppe muss sich zunächst überlegen, wie die ELN-Einträge zu ordnen sind (z.B. (Unter-)Projekte und im ELN-Eintrag selbst). Das ELN selbst sollte nicht mit einer vorgegebenen Struktur einschränken.<br /> * Unklarheiten/Unsicherheiten bestehen zur Regulierung (GWP vs. QM-Normen/GLP/GMP)<br /> * verschiedene Anforderungen von Forschenden im Labor (3 Jahre und dann bin ich weg ...), PIs (Projektmanagement, Daten langfristig nutzbar halten) und FDM/Bibliothek (Open Science)<br /> * Onboarding: aktiv unterstützen; interne Nutzerportale anbieten<br /> === Ulrich Dirnagl (Abt. für Experimentelle Neurologie, Charite Universitätsmedizin Berlin / QUEST Center for Transforming Biomedical Research, Berlin Institute of Health): Nie wieder ohne – das elektronische Laborbuch aus der Sicht eines Neurowissenschaftlers ===<br /> * Argumente für den Umstieg zum ELN: Forschungsdaten liegen heute hauptsächlich in digitaler Form vor (''born digital'') und somit muss die Dokumentation zur Erhebung der Daten (Laborbuch) ebenfalls ''born digital'' sein.<br /> * aktuelle Situation am BIH: Es gibt 1000 registrierte Nutzer bei labfolder, davon sind 700 aktiv (nur Charité; das MDC hat sich ausgeklinkt).<br /> * Bei der Exzellenz-Initiative ''Berlin University Alliance'' ist auch ein Datenmanagementmodul mit ELN angedacht.<br /> * Warum das Ganze? Es gibt eine Reproduzierbarkeitskrise, auch und insbesonders in der (bio-)medizinischen Forschung. Ein nicht unerheblicher Grund: Es gibt Qualitätsprobleme, weil Ärzte &quot;Feierabendforschung&quot; machen.<br /> * Was sind die Maßnahmen? U.a. Zertifizierung nach ISO 9001 (Qualitätsmanagement), Einführung des ELN (siehe Dirnagl &amp; Przesdzing (2016): A pocket guide to electronic laboratory notebooks in the academic life sciences, [http://doi.org/10.12688/f1000research.7628.1 10.12688/f1000research.7628.1])<br /> ==== Fragen / Antworten (Dirnagl und Hauer) ====<br /> * Wie lang lief das Projekt zur Einführung des ELN an der Charité (von der Idee bis zum Produktivbetrieb)? Größenordnung Monate; Onboarding der Forschenden ist nicht zu unterschätzen, am Besten in nicht zu großen Gruppen.<br /> * Springen Arbeitsgruppen ab bei der ELN-Nutzung? Ja, vermutlich weil es keine gute Einführung gab bzw. nutzten nur einige Gruppenmitglieder das ELN und die anderen Papier.<br /> * Die AG-Leitung ''muss'' die Dokumentation überprüfen. Wenn das nicht geschieht, hilft ein ELN auch nicht weiter. Der Vorteil: Das ELN ist mobil, der PI kann die Arbeitsgruppe von unterwegs managen.<br /> * Wie sinnvoll sind mobile Endgeräte?<br /> ** In Umfragen ist die Unterstützung eine Top-Funktionalität, aber die Notwendigkeit wird überschätzt.<br /> ** Heiko Rosenfelder (DKFZ): Es wurde versucht, aber es scheitert schon bei der Benutzung mit Handschuhen. Letztendlich nutzen die Forschenden dann lieber den Labor-PC.<br /> ** Nicole Jung (KIT): Nicht geeignet, das Interesse nimmt schnell ab. Man sollte eher in ordentliche PCs im Labor investieren.<br /> === Torsten Bronger (FZJ): JuliaBase – Framework für Proben-basierte elektronische Laborbücher ===<br /> * JuliaBase bildet die Prozessierung und Charakterisierung von Proben (Solarzellen) ab. Die einzelnen Workflowschritte können leicht konfiguriert und auf die eigenen Bedürfnisse angepasst werden. Die jeweiligen Schritte sind miteinander verbunden, um eine Nachverfolgbarkeit zu gewährleisten (Verknüpfung von Ursache und Wirkung).<br /> * Wie neue Daten eingeben? (1) manuell, (2) mit Cronjob ins ELN transferieren, (3) Kontrolle der Gerätesoftware (incl. Validierung, z.B. des Probennamens)<br /> * Python mit Django 2-Framework als MVC-Modell (Anzeigelogik/Webschablonen/Templates)<br /> * Ausblick: &quot;Codegenerator&quot; für neue Apparaturen, Rezepte als vorgegebene Workflows<br /> === Ralf Oeser, Jutta Schlegel &amp; Friedhelm von Blanckenburg (GFZ): MEDUSA – über die Entdeckung einer griechischen Sagengestalt in Japan und deren Weiterentwicklung am Deutschen GeoForschungsZentrum Potsdam ===<br /> * Medusa versucht das gesamte Probenmanagement für geowissenschaftliche Projekte abzubilden (Probensammlung, Analysen, Lagerung, Bibliografie), hat also auch klassische LIMS-Aufgaben (sehr strukturiert). Die hohe Fluktuation an beteiligten Personen macht ein Rechtemanagement erforderlich. Eingesetzt und weiterentwickelt wird es im [https://esdynamics.geo.uni-tuebingen.de/earthshape/index.php?id=129 EarthShape-Projekt].<br /> * Originalpublikation zu Medusa: [http://doi.org/10.1111/j.1751-908X.2013.00205.x Yachi et al.: Software Dedicated for the Curation of Geochemical Data Sets in Analytical Laboratories]<br /> * Vergabe von IGSNs (International Geo Sample Numbers)<br /> * Für Feldarbeit gibt es Probeaufnahmebögen, die nachträglich digitalisiert werden müssen.<br /> === Heiko Rosenfelder (DKFZ): iLabber – organisatorische und technische Einführung ===<br /> * Technik/Architektur: Alle Daten im ELN werden in der MS-SQL-Datenbank gespeichert; woanders werden keine Daten abgelegt (z.B. Dateisystem)<br /> * Anmeldung zum ELN wirkt recht bürokratisch, macht aber bei einer so großen Einrichtung durchaus Sinn.<br /> * Rollen / Adminoberfläche / Rechtegranulation<br /> * Unterschrift: In einem Experiment können sogar einzelne Sections unterschrieben und gesperrt werden. (Amn.: Viele andere ELNs können das nur für komplette Experimente.) Evtl. sind auch Revisionen einzelner Sections möglich.<br /> ==== Fragen / Antworten ====<br /> * Integration von Officedokumenten: Es gibt durchaus unterschiedliche Konzepte auf dem Markt (docx bzw. xlsx als Text bzw. Tabelle expandieren (z.B. Labfolder, wo es eher schlecht funktioniert), Cloudlösungen (SaaS), WebDAV-Transfer und mit lokaler Office-Installation öffnen (z.B. Labguru)). Wie macht es das BIOVIA Notebook? Als Browserplugin, das von BIOVIA zur Verfügung gestellt wird. D.h. man ist wohl oder übel auf die Unterstützung des ELN-Herstellers angewiesen - eher schlecht, wenn sich bei den Browsern oder im Office Programmierschnittstellen ändern.<br /> === Tim Henckel (HZB): Elektronisches Laborbuch am Kompetenzzentrum Dünnschicht- und Nanotechnologie für Photovoltaik Berlin (PVcomB) – Flexibilität vs. Performanz ===<br /> * Das [http://www.helmholtz-berlin.de/zentrum/locations/it/datenablage/kollaboration/elab/index_de.html ELN am PVcomB] wurde von Marion Schröder entwickelt. Die Anforderungen ähneln sehr stark denen von JuliaBase. Bzgl. der Datenbankstruktur gibt es starke Ähnlichkeiten zu Chemotion ELN.<br /> * Zusätzlich ist als Langzeitarchiv ein Data Warehouse angeschlossen.<br /> [[Kategorie:Elektronische Laborbücher]]</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Elektronische_Laborb%C3%BCcher&diff=4105 2018-11-27T13:52:03Z

<p>FrankLange: </p> <hr /> <div>== Synonyme ==<br /> * Elektronisches Laborjournal (e.g. [http://doi.org/10.1002/ciuz.201190007 Gooßen &amp; Rudolphi])<br /> * Electronic laboratory journal (e.g. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 Fakas et al.])<br /> * Elektronisches Laborbuch (e.g. [http://dx.doi.org/10.17617/1.5T Franke et al.], [http://de.wikipedia.org/wiki/Laborjournal Wikipedia.De])<br /> * Electronic lab notebook (e.g. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 Kotov et al.)], [http://en.wikipedia.org/wiki/Electronic_lab_notebook Wikipedia.En])<br /> * Electronic laboratory notebook (e.g. [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 Pawar &amp; Batra])<br /> * Electronic notebook (e.g. [http://www.researchgate.net/publication/228705896_Collaborative_electronic_notebooks_as_electronic_records_Design_issues_for_the_secure_electronic_laboratory_notebook_eln Myers])<br /> <br /> == Mailing lists ==<br /> In Germany exist at least two ELN Mailing lists:<br /> * eln@listserv.dfn.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange])<br /> * elabnotebook@lists.gwdg.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9895-2469 Harald Kusch])<br /> <br /> == Web resources ==<br /> * Material about [http://os.helmholtz.de/bewusstsein-schaerfen/workshops/helmholtz-open-science-workshop-elektronische-laborbuecher/ ELN Workshop in Braunschweig 2018] (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4142-2555 Paul Schultze-Motel]); [[Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://doi.org/10.25625/EGSYRW ELN Workshop in Cardiff 2018], UK (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4946-6544 Evamaria Krause])<br /> * Material about [http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/ Leibniz-Gemeinschaft-ELN Workshop] in Berlin 2018 (organized by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange]); [[Workshop_zu_elektronischen_Laborbüchern_(Leibniz-Gemeinschaft)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://zenodo.org/record/1247390#.WyRf8qczZeU ELN Workshop in Delft 2017], Netherlands (organized by [http://orcid.org/0000-0001-8520-5598 Marta Teperek])<br /> * Material about [http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer ELN Workshop in Aachen] (organized by Bela Brenger); [[DH-NRW Workshop zum Thema elektronische Laborbücher (ELN)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://www.eresearch.uni-goettingen.de/content/eresearch-toolbox-electronic-note-keeping ELN-Workshop in Göttingen] (organized by [http://eresearch.uni-goettingen.de eResearch Alliance Göttingen], [http://www.herzzentrum-goettingen.de/en/content/research/906.html SFB 1002], [http://www.sfb1190.de SFB 1190])<br /> * Material about [http://eln.mpdl.mpg.de/?page_id=40 Max Planck Digital Library (MPDL)-ELN Workshop] in Berlin (organized by Juliane Schönfeldt)<br /> * Material about [http://doi.org/10.17863/CAM.7217 Electronic Lab Notebooks: Solutions for Paperless Research] at the University of Cambridge<br /> * Guiding Website and discussion forum at Cambridge [http://www.gurdon.cam.ac.uk/institute-life/computing/elnguidance], [http://computing.group.gurdon.cam.ac.uk/elnforum/]<br /> * Guiding Website at Harvard [http://datamanagement.hms.harvard.edu/electronic-lab-notebooks] [http://zenodo.org/record/1453364#.W9MTxtUza0k]<br /> * Guiding Website at Utah [http://campusguides.lib.utah.edu/ELNs]<br /> * Guiding Website at Wisconsin [http://eln.wisc.edu/]<br /> * Kwok, Roberta. “How to Pick an Electronic Laboratory Notebook.” News. Nature, August 6, 2018. [http://doi.org/10.1038/d41586-018-05895-3 10.1038/d41586-018-05895-3]<br /> * Okon, Monica Dominique, and Tanya M. Nocera Ph.D. “Board # 13 :The Student Educational Experience with Electronic Laboratory Notebooks (Work in Progress),” 2017. [http://peer.asee.org/27729]<br /> * Kozlowski, Wendy A. “The Electronic Lab Notebook: Piloting a Research Data Management Tool at Cornell University,” 2013. [http://academiccommons.columbia.edu/catalog/ac:157129]<br /> * Giles, Jim. “Going Paperless: The Digital Lab.” Nature 481(7382), 430–31, 2012. [http://doi.org/10.1038/481430a 10.1038/481430a]<br /> * Wolf, Alan, Jason Pursian, Victoria Sutton, Cheryl Scadlock, Jan Cheetham, Dan Voeks, and Scott Fullerton. “Electronic Lab Notebook Pilot at the University of Wisconsin-Madison”, 2012. [http://researchdata.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/04/ELN_pilot_report_UWMadison.pdf]<br /> * Trigg, John. Getting Started with an Electronic Laboratory Notebook. 3rd ed., 2011. [http://www.3dsbiovia.com/resource-center/white-papers/ebook-scw-eln-getting-started-guide3-request.php]<br /> * Elliott, Michael H. “Building Acceptance for ELN Implementation”, 2010. [http://www.rdmag.com/article/2010/08/building-acceptance-eln-implementation]<br /> * Elliott, Michael H. “What You Should Know Before Selecting an ELN.” Scientific Computing 26(3), E11–13, 2009 . [http://www.rdmag.com/article/2009/05/what-you-should-know-selecting-eln]<br /> * Quinnell, Rosanne, Brynn Hibbert, and Andrew J. Milsted. “EScience: Evaluating Electronic Laboratory Notebooks in Chemistry Research.” Conference presented at the Ascilite Auckland 2009. [http://eprints.soton.ac.uk/148059/]<br /> * Wright, Jerry M. “Make It Better but Don’t Change Anything.” Automated Experimentation 1, 5, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-5 10.1186/1759-4499-1-5]<br /> * Elliott, Michael H. “Electronic Laboratory Notebooks: A Foundation for Knowledge Management,” 2004. [http://www.atriumresearch.com/library/Atrium%20Research%20Douglas%20Connect%20Webinar.pdf]<br /> <br /> == Scientific literature ==<br /> === General ===<br /> '''2018'''<br /> * Sayre, Franklin, Caitlin Bakker, Julie Kelly, Megan Kocher, and Meghan Lafferty. “Support for Electronic Lab Notebooks at Top American Research Universities.” Journal of EScience Librarianship, 2018. [http://doi.org/10.7191/jeslib.2018.1140 10.7191/jeslib.2018.1140]<br /> * Steensel, Bas van. “Scientific Honesty and Publicly Shared Lab Notebooks: Sharing Lab Notebooks along with Publication Would Increase Transparency and Help to Improve Honesty When Reporting Results.” EMBO Reports, e46866, 2018. [http://doi.org/10.15252/embr.201846866 10.15252/embr.201846866]<br /> '''2017'''<br /> * Dunie, Matt. “The Importance of Research Data Management: The Value of Electronic Laboratory Notebooks in the Management of Data Integrity and Data Availability.” Information Services &amp; Use 37(3), 355–59, 2017. [http://doi.org/10.3233/ISU-170843 10.3233/ISU-170843]<br /> * Franke, Michael, Jalal Weraach, and Markus Haarländer. “Elektronische Laborbücher in Der Max-Planck-Gesellschaft,” 2017. [http://doi.org/10.17617/1.5t 10.17617/1.5t]<br /> * Kanza, Samantha, Cerys Willoughby, Nicholas Gibbins, Richard Whitby, Jeremy Graham Frey, Jana Erjavec, Klemen Zupančič, Matjaž Hren, and Katarina Kovač. “Electronic Lab Notebooks: Can They Replace Paper?” Journal of Cheminformatics, 9, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0221-3 10.1186/s13321-017-0221-3]<br /> * Sydor, Jens, and Grace Kim. “Are We Ready for the Evolution of Electronic Laboratory Notebooks in Regulated Bioanalysis?” Bioanalysis 9(16), 1203–5, 2017. [http://doi.org/10.4155/bio-2017-0115 10.4155/bio-2017-0115]<br /> '''2016'''<br /> * Dirnagl, Ulrich, and Ingo Przesdzing. “A Pocket Guide to Electronic Laboratory Notebooks in the Academic Life Sciences.” F1000Research, 2016. [http://doi.org/10.12688/f1000research.7628.1 10.12688/f1000research.7628.1]<br /> * Krause, Evamaria. “Elektronische Laborbücher Im Forschungsdatenmanagement – Eine Neue Aufgabe Für Bibliotheken?” ABI Technik 36(2), 78–87, 2016. [http://doi.org/10.1515/abitech-2016-0013 10.1515/abitech-2016-0013]<br /> '''2014'''<br /> * Nussbeck, Sara Y., Philipp Weil, Julia Menzel, Bartlomiej Marzec, Kai Lorberg, and Blanche Schwappach. “The Laboratory Notebook in the 21st Century: The Electronic Laboratory Notebook Would Enhance Good Scientific Practice and Increase Research Productivity.” EMBO Reports 15(6), 631–34, 2014. [http://doi.org/10.15252/embr.201338358 10.15252/embr.201338358]<br /> * Palovich, Tracy U. “Electronic Notebooks in the Post-America Invents Act World.” ACS Medicinal Chemistry Letters 5(12), 1266–67, 2014. [http://doi.org/10.1021/ml500442p 10.1021/ml500442p]<br /> '''2013'''<br /> * Bird, Colin L., Cerys Willoughby, and Jeremy G. Frey. “Laboratory Notebooks in the Digital Era: The Role of ELNs in Record Keeping for Chemistry and Other Sciences.” Chemical Society Reviews 42(20), 8157–75, 2013. [http://doi.org/10.1039/C3CS60122F 10.1039/C3CS60122F]<br /> * Machina, Hari K., and David J. Wild. “Electronic Laboratory Notebooks Progress and Challenges in Implementation.” Journal of Laboratory Automation 18(4), 264–68, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068213484471 10.1177/2211068213484471]<br /> '''2011'''<br /> * Rubacha, Michael, Anil K Rattan, and Stephen C Hosselet. “A Review of Electronic Laboratory Notebooks Available in the Market Today.” Journal of Laboratory Automation 16(1), 90–98, 2011. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2009.01.002 10.1016/j.jala.2009.01.002]<br /> '''2008'''<br /> * Williams, Michael, Donna Bozyczko‐Coyne, Bruce Dorsey, and Scott Larsen. “Laboratory Notebooks and Data Storage.” Current Protocols Essential Laboratory Techniques A.2A, 2008. [http://doi.org/10.1002/9780470089941.eta02as00 10.1002/9780470089941.eta02as00]<br /> '''2007'''<br /> * Du, Ping, and Joseph A. Kofman. “Electronic Laboratory Notebooks in Pharmaceutical R&amp;D: On the Road to Maturity.” Journal of the Association for Laboratory Automation 12(3), 157–65, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2007.01.001 10.1016/j.jala.2007.01.001]<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Taylor, Keith T. “The Status of Electronic Laboratory Notebooks for Chemistry and Biology.” Current Opinion in Drug Discovery &amp; Development 9(3), 348–53, 2006. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16729731]<br /> '''2005'''<br /> * Butler, Declan. “Electronic Notebooks: A New Leaf.” Nature 436(7047), 20–21, 2005. [http://doi.org/10.1038/436020a 10.1038/436020a]<br /> '''1996'''<br /> * Myers, J. D., C. Fox-Dobbs, J. Laird, Dai Le, D. Reich, and T. Curtz. “Electronic Laboratory Notebooks for Collaborative Research.” In Proceedings of WET ICE ’96. IEEE 5th Workshop on Enabling Technologies; Infrastucture for Collaborative Enterprises, 47–51, 1996. [http://doi.org/10.1109/ENABL.1996.555050 10.1109/ENABL.1996.555050]<br /> <br /> === Specific solutions ===<br /> '''2018'''<br /> * Kotov, Serhii, Pierre Tremouilhac, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion'''-ELN Part 2: Adaption of an Embedded Ketcher Editor to Advanced Research Applications.” Journal of Cheminformatics 10(1), 38, 2018. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 10.1186/s13321-018-0292-9]<br /> * Pawar, Shrikant, and Harshul Batra. “Online Electronic Laboratory Notebook: A Secured Cloud Storage System Scripted in Hypertext Pre-Processor (PHP) Programming Language.” Journal of Engineering and Technology Research 10(1), 1–6, 2018). [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 10.5897/JETR2018.0638]<br /> * Rahman, Mahabubur, and Hiroshi Watabe. “Online Molecular Image Repository and Analysis System: A Multicenter Collaborative Open-Source Infrastructure for Molecular Imaging Research and Application.” Computers in Biology and Medicine, 2018. [http://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2018.04.001 10.1016/j.compbiomed.2018.04.001]<br /> '''2017'''<br /> * Hunter, Adam, Saravanan Dayalan, David De Souza, Brad Power, Rodney Lorrimar, Tamas Szabo, Thu Nguyen, et al. “'''MASTR-MS''': A Web-Based Collaborative Laboratory Information Management System (LIMS) for Metabolomics.” Metabolomics 13(2), 14, 2017. [http://doi.org/10.1007/s11306-016-1142-2 10.1007/s11306-016-1142-2]<br /> * Tremouilhac, Pierre, An Nguyen, Yu-Chieh Huang, Serhii Kotov, Dominic Sebastian Lütjohann, Florian Hübsch, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion''' ELN: An Open Source Electronic Lab Notebook for Chemists in Academia.” Journal of Cheminformatics 9, 54, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0240-0 10.1186/s13321-017-0240-0]<br /> '''2016'''<br /> * Guerrero, Santiago, Gwendal Dujardin, Alejandro Cabrera-Andrade, César Paz-y-Miño, Alberto Indacochea, Marta Inglés-Ferrándiz, Hima Priyanka Nadimpalli, et al. “Analysis and Implementation of an Electronic Laboratory Notebook in a Biomedical Research Institute.” PLOS ONE 11(8), e0160428, 2016. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0160428 10.1371/journal.pone.0160428]<br /> * Vaas, Lea A. I., Gesa Witt, Björn Windshügel, Andrea Bosin, Giovanni Serra, Adrian Bruengger, Mathias Winterhalter, Philip Gribbon, Cindy J. Levy-Petelinkar, and Manfred Kohler. “Electronic Laboratory Notebooks in a Public-Private-Partnership.” PeerJ Preprints, 2016. [http://peerj.com/preprints/2325]<br /> * Ventura, Susana, Ricardo Carvalho Amorim, João Rocha da Silva, and Cristina Ribeiro. “Voice Recognition in the LabTablet Electronic Laboratory Notebook.” In Proceedings of the Ninth International C* Conference on Computer Science &amp; Software Engineering, 13–16, 2016. [http://doi.org/10.1145/2948992.2948998 10.1145/2948992.2948998]<br /> '''2015'''<br /> * Barillari, Caterina, Diana Ottoz, Juan Mariano Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan, Bernd Rinn, and Fabian Rudolf. “'''OpenBIS''' ELN-LIMS: An Open-Source Database for Academic Laboratories.” Bioinformatics, btv606, 2015. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv606 10.1093/bioinformatics/btv606]<br /> * Day, Aileen E., Simon J. Coles, Colin L. Bird, Jeremy G. Frey, Richard J. Whitby, Valery E. Tkachenko, and Antony J. Williams. “'''ChemTrove''': Enabling a Generic ELN To Support Chemistry through the Use of Transferable Plug-Ins and Online Data Sources.” Journal of Chemical Information and Modeling 55(3), 501–9, 2015. [http://doi.org/10.1021/ci5005948 10.1021/ci5005948]<br /> * Gates, Richard S., Mark J. McLean, and William A. Osborn. “Smart Electronic Laboratory Notebooks for the NIST Research Environment.” Journal of Research of the National Institute of Standards and Technology 120, 193–303, 2015. [http://doi.org/10.6028/jres.120.018 10.6028/jres.120.018]<br /> * List, Markus, Michael Franz, Qihua Tan, Jan Mollenhauer, and Jan Baumbach. “'''OpenLabNotes'''--An Electronic Laboratory Notebook Extension for OpenLabFramework.” Journal of Integrative Bioinformatics 12(3), 274, 2015. [http://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2015-274 10.2390/biecoll-jib-2015-274]<br /> * Macdonald, Stuart, and Rory Macneil. “Service Integration to Enhance Research Data Management: '''RSpace''' Electronic Laboratory Notebook Case Study | International Journal of Digital Curation,” 2015. [http://ijdc.net/index.php/ijdc/article/view/10.1.163]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, and Sara Y. Nussbeck. “Metadata Capture in an Electronic Notebook: How to Make It as Simple as Possible?” GMS Med Inform Biom Epidemiol 11(1), Doc06, 2015. [http://doi.org/10.3205/mibe000162 10.3205/mibe000162]<br /> '''2014'''<br /> * Clark, Alex. “Putting Together the Pieces: Building a Reaction-Centric Electronic Lab Notebook for Mobile Devices.” Journal of Cheminformatics 6(Suppl 1), 2014. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-O1 10.1186/1758-2946-6-S1-O1]<br /> * Hall, Mona, and Didem Vardar-Ulu. “An Inquiry-Based Biochemistry Laboratory Structure Emphasizing Competency in the Scientific Process: A Guided Approach with an Electronic Notebook Format.” Biochemistry and Molecular Biology Education 42(1), 58–67, 2014. [http://doi.org/10.1002/bmb.20769 10.1002/bmb.20769]<br /> * Johnston, Jill, Sashi Kant, Vanessa Gysbers, Dale Hancock, and Gareth Denyer. “Using an EPortfolio System as an Electronic Laboratory Notebook in Undergraduate Biochemistry and Molecular Biology Practical Classes.” Biochemistry and Molecular Biology Education: A Bimonthly Publication of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology 42(1), 50–57, 2014. [https//doi.org/10.1002/bmb.20754 10.1002/bmb.20754]<br /> * Kloeckner, Frederik, Robert Farkas, Tobias Franken, and Thomas Schmitz-Rode. “Development of a Prediction Model on the Acceptance of Electronic Laboratory Notebooks in Academic Environments.” Biomedizinische Technik. Biomedical Engineering 59(2), 95–102, 2014. [http://doi.org/10.1515/bmt-2013-0023 10.1515/bmt-2013-0023]<br /> * Willoughby, Cerys, Colin L. Bird, Simon J. Coles, and Jeremy G. Frey. “Creating Context for the Experiment Record. User-Defined Metadata: Investigations into Metadata Usage in the LabTrove ELN.” Journal of Chemical Information and Modeling 54(12), 3268–83, 2014. [http://doi.org/10.1021/ci500469f 10.1021/ci500469f]<br /> '''2013'''<br /> * Coles, Simon J., Jeremy G. Frey, Colin L. Bird, Richard J. Whitby, and Aileen E. Day. “First Steps towards Semantic Descriptions of Electronic Laboratory Notebook Records.” Journal of Cheminformatics 5(1), 52, 2013. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-5-52 10.1186/1758-2946-5-52]<br /> * Johannes, Paul C., Jan Potthoff, Alexander Roßnagel, Bernhard Neumair, Moaaz Madiesh, and Siegfried Hackel. Beweissicheres elektronisches Laborbuch: Anforderungen, Konzepte und Umsetzung zur langfristigen, beweiswerterhaltenden Archivierung elektronischer Forschungsdaten und -dokumentation. Auflage: 1. Baden-Baden: Nomos, 2013. ISBN 978-3-8487-0706-5<br /> * Marzec, Bartlomiej, Philipp Weil, and Sara Yasemin Nussbeck. “Vorbereitungsprozess Für Die Elektronische Dokumentation Und Nachnutzbarkeit von Forschungsdaten in ELN.” In Abstractband GMDS 2013. Lübeck: Pro BUSINESS, 2013. [http://doi.org/10.3205/13gmds051 10.3205/13gmds051]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, Philip Bittihn, Daniel Hornung, Nadine Mathieu, and Sara Y Demiroglu. “Requirement Analysis for an Electronic Laboratory Notebook for Sustainable Data Management in Biomedical Research.” Studies in Health Technology and Informatics 192, 2013. [http://doi.org/10.3233/978-1-61499-289-9-1108 10.3233/978-1-61499-289-9-1108]<br /> * Milsted, Andrew J., Jennifer R. Hale, Jeremy G. Frey, and Cameron Neylon. “'''LabTrove''': A Lightweight, Web Based, Laboratory ‘Blog’ as a Route towards a Marked Up Record of Work in a Bioscience Research Laboratory.” PLOS ONE 8(7), e67460, 2013. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0067460 10.1371/journal.pone.0067460]<br /> * Rees, Ian, Ed Langley, Wah Chiu, and Steven J. Ludtke. “'''EMEN2''': An Object Oriented Database and Electronic Lab Notebook.” Microscopy and Microanalysis: The Official Journal of Microscopy Society of America, Microbeam Analysis Society, Microscopical Society of Canada 19(1), 1–10, 2013. [http://doi.org/10.1017/S1431927612014043 10.1017/S1431927612014043]<br /> * Voegele, Catherine, Baptiste Bouchereau, Nivonirina Robinot, James McKay, Philippe Damiecki, and Lucile Alteyrac. “A Universal Open-Source Electronic Laboratory Notebook.” Bioinformatics 29(13), 1710–12, 2013. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt253 10.1093/bioinformatics/btt253]<br /> * Walsh, Emily, and Ilseung Cho. “Using '''Evernote''' as an Electronic Lab Notebook in a Translational Science Laboratory.” Journal of Laboratory Automation 18(3), 229–34, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068212471834 10.1177/2211068212471834]<br /> '''2012'''<br /> * Fritz, Fleur, Benjamin Trinczek, Sebasitan Balhorn, and Martin Dugas. “Wie Viel Desinfektionsmittel Verträgt Ein Tablet? Hygieneanforderungen Beim Einsatz von IPads Für Die Klinische Dokumentation.” Abstractband GMDS, 2012. [http://doi.org/10.3205/12gmds011 10.3205/12gmds011]<br /> * Iyer, Rupa, and William Kudrle. “Implementation of an Electronic Lab Notebook to Integrate Research and Education in an Undergraduate Biotechnology Program.” Technology Interface International Journal 12(2), 5–12, 2012. [http://tiij.org/issues/issues/spring2012/abstracts/Z__TIIJ%20spring%202012%20v12%20n2%20(paper%201).pdf]<br /> * Rudolphi, Felix, and Lukas J Goossen. “Electronic Laboratory Notebook: The Academic Point of View.” Journal of Chemical Information and Modeling 52(2), 293–301, 2012. [http://doi.org/10.1021/ci2003895 10.1021/ci2003895]<br /> '''2011'''<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Yilmaz, Pelin, Renzo Kottmann, Dawn Field, Rob Knight, James R. Cole, Linda Amaral-Zettler, Jack A. Gilbert, et al. “Minimum Information about a Marker Gene Sequence (MIMARKS) and Minimum Information about Any (x) Sequence (MIxS) Specifications.” Nature Biotechnology 29(5), 415–20, 2011. [http://doi.org/10.1038/nbt.1823 10.1038/nbt.1823]<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Macneil, Rory. “The Benefits of Integrated Systems for Managing Both Samples and Experimental Data: An Opportunity for Labs in Universities and Government Research Institutions to Lead the Way.” Automated Experimentation 3(1), 2, 2011. [https://doi.org/10.1186/1759-4499-3-2 10.1186/1759-4499-3-2]<br /> '''2010'''<br /> * Hibbert, Brynn, Jeremy G. Frey, Rosanne Quinnell, Mauro Mocerino, Matthew Todd, Piyapong Niamsup, Adrian Plummer, and Andrew Milsted. “Teaching Instrumental Science Globally Using a Collaborative Electronic Laboratory Notebook.” Proceedings of The Australian Conference on Science and Mathematics Education, 16, 2010.<br /> * Quinnell, Rosanne, and D. Brynn Hibbert. “Introducing an Electronic Laboratory Notebook to PhD Students Undertaking Chemistry Research at a Research Intensive University.” In International Conference on Education, Training and Informatics: ICETI, 2010. [http://www.iiis.org/CDs2010/CD2010IMC/ICETI_2010/PapersPdf/EB108QJ.pdf]<br /> '''2009'''<br /> * Goddard, Nigel H., Rory Macneil, and Jonathan Ritchie. “'''ECAT''': Online Electronic Lab Notebook for Scientific Research.” Automated Experimentation 1(1), 4, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-4 10.1186/1759-4499-1-4]<br /> '''2008'''<br /> * Tabard, Aurélien, Wendy E. Mackay, and Evelyn Eastmond. “From Individual to Collaborative: The Evolution of Prism, a Hybrid Laboratory Notebook.” In Proceedings of the 2008 ACM Conference on Computer Supported Cooperative Work, 569–578, 2008. [http://doi.org/10.1145/1460563.1460653 10.1145/1460563.1460653]<br /> '''2007'''<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Khan, Arshad M., Joel D. Hahn, Wei-Cheng Cheng, Alan G. Watts, and Gully A. P. C. Burns. “NeuroScholar’s Electronic Laboratory Notebook and Its Application to Neuroendocrinology.” Neuroinformatics 4(2), 139–62, 2006. [http://doi.org/10.1385/NI:4:2:139 10.1385/NI:4:2:139]<br /> '''2005'''<br /> * Fakas, Georgios John, Anh Vu Nguyen, and Denis Gillet. “The Electronic Laboratory Journal: A Collaborative and Cooperative Learning Environment for Web-Based Experimentation.” Computer Supported Cooperative Work (CSCW) 14(3), 189–216, 2005. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 10.1007/s10606-005-3272-3]<br /> * Talbott, Tara, Michael Peterson, Jens Schwidder, and James D. Myers. “Adapting the Electronic Laboratory Notebook for the Semantic Era.” In Collaborative Technologies and Systems, 2005. Proceedings of the 2005 International Symposium On, 136–43. IEEE, 2005. [http://doi.org/10.1109/ISCST.2005.1553305 10.1109/ISCST.2005.1553305]<br /> '''1995'''<br /> * Fort, Jr., Raymond. “ChemWindow and Entropy Lite.” Journal of Chemical Information and Modeling 35(5), 932–33, 1995. [http://doi.org/10.1021/ci00027a603 10.1021/ci00027a603]<br /> * Marstaller, J.E., and M.D. Zorn. “An Electronic Laboratory Notebook Based on HTML Forms” 1995. [http://doi.org/10.2172/197149 10.2172/197149]<br /> '''1993'''<br /> * Pecherer, R. M. “Contig Graph Tool: A Graphical Interface for Contig Physical Map Assembly.” In [1993] Proceedings of the Twenty-Sixth Hawaii International Conference on System Sciences, 1, i:544–53, 1993. [http://doi.org/10.1109/HICSS.1993.270686 10.1109/HICSS.1993.270686]<br /> '''1987'''<br /> * Delaney, Michael F. “Using ‘Electronic Laboratory Notebook’ Software in the Instrumental Analysis Course.” Journal of Chemical Education 64(1), 29, 1987. [http://doi.org/10.1021/ed064p29 10.1021/ed064p29]<br /> '''1985'''<br /> * Gilbert, William A. “'''RS/1''': An Electronic Laboratory Notebook.” BioScience 35(9), 588–90, 1985.<br /> '''1970'''<br /> * Greenblatt, Melvin, Ruggero Montesano, Louise Wombolt, and Philippe Shubik. “Automatic Data Processing Techniques for Carcinogenesis Studies.” JNCI: Journal of the National Cancer Institute 44, no. 5 (May 1, 1970): 1037–45. [http://doi.org/10.1093/jnci/44.5.1037 10.1093/jnci/44.5.1037]<br /> <br /> [[Kategorie:Data Management‏‎|Datenmanagement (Data Management)‏‎]]‏‎<br /> [[Kategorie:Data_Publishing|Datenveröffentlichungen (Data Publishing)]]<br /> [[Kategorie:Metadaten|Metadaten (Metadata)]]<br /> [[Kategorie:Standards|Standards und Standardisierungsinitiativen]]<br /> [[Kategorie:Technik|Software und Technik (Software and Technology)]]<br /> [[Kategorie:Elektronische Laborbücher]]</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Kategorie:Elektronische_Laborb%C3%BCcher&diff=4103 2018-11-27T13:51:36Z

<p>FrankLange: Die Seite wurde neu angelegt: „Kategorie:Data Management“</p> <hr /> <div>[[Kategorie:Data Management]]</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Elektronische_Laborb%C3%BCcher&diff=4102 2018-11-27T13:45:49Z

<p>FrankLange: /* Web resources */</p> <hr /> <div>== Synonyme ==<br /> * Elektronisches Laborjournal (e.g. [http://doi.org/10.1002/ciuz.201190007 Gooßen &amp; Rudolphi])<br /> * Electronic laboratory journal (e.g. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 Fakas et al.])<br /> * Elektronisches Laborbuch (e.g. [http://dx.doi.org/10.17617/1.5T Franke et al.], [http://de.wikipedia.org/wiki/Laborjournal Wikipedia.De])<br /> * Electronic lab notebook (e.g. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 Kotov et al.)], [http://en.wikipedia.org/wiki/Electronic_lab_notebook Wikipedia.En])<br /> * Electronic laboratory notebook (e.g. [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 Pawar &amp; Batra])<br /> * Electronic notebook (e.g. [http://www.researchgate.net/publication/228705896_Collaborative_electronic_notebooks_as_electronic_records_Design_issues_for_the_secure_electronic_laboratory_notebook_eln Myers])<br /> <br /> == Mailing lists ==<br /> In Germany exist at least two ELN Mailing lists:<br /> * eln@listserv.dfn.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange])<br /> * elabnotebook@lists.gwdg.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9895-2469 Harald Kusch])<br /> <br /> == Web resources ==<br /> * Material about [http://os.helmholtz.de/bewusstsein-schaerfen/workshops/helmholtz-open-science-workshop-elektronische-laborbuecher/ ELN Workshop in Braunschweig 2018] (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4142-2555 Paul Schultze-Motel]); [[Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://doi.org/10.25625/EGSYRW ELN Workshop in Cardiff 2018], UK (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4946-6544 Evamaria Krause])<br /> * Material about [http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/ Leibniz-Gemeinschaft-ELN Workshop] in Berlin 2018 (organized by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange]); [[Workshop_zu_elektronischen_Laborbüchern_(Leibniz-Gemeinschaft)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://zenodo.org/record/1247390#.WyRf8qczZeU ELN Workshop in Delft 2017], Netherlands (organized by [http://orcid.org/0000-0001-8520-5598 Marta Teperek])<br /> * Material about [http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer ELN Workshop in Aachen] (organized by Bela Brenger); [[DH-NRW Workshop zum Thema elektronische Laborbücher (ELN)|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://www.eresearch.uni-goettingen.de/content/eresearch-toolbox-electronic-note-keeping ELN-Workshop in Göttingen] (organized by [http://eresearch.uni-goettingen.de eResearch Alliance Göttingen], [http://www.herzzentrum-goettingen.de/en/content/research/906.html SFB 1002], [http://www.sfb1190.de SFB 1190])<br /> * Material about [http://eln.mpdl.mpg.de/?page_id=40 Max Planck Digital Library (MPDL)-ELN Workshop] in Berlin (organized by Juliane Schönfeldt)<br /> * Material about [http://doi.org/10.17863/CAM.7217 Electronic Lab Notebooks: Solutions for Paperless Research] at the University of Cambridge<br /> * Guiding Website and discussion forum at Cambridge [http://www.gurdon.cam.ac.uk/institute-life/computing/elnguidance], [http://computing.group.gurdon.cam.ac.uk/elnforum/]<br /> * Guiding Website at Harvard [http://datamanagement.hms.harvard.edu/electronic-lab-notebooks] [http://zenodo.org/record/1453364#.W9MTxtUza0k]<br /> * Guiding Website at Utah [http://campusguides.lib.utah.edu/ELNs]<br /> * Guiding Website at Wisconsin [http://eln.wisc.edu/]<br /> * Kwok, Roberta. “How to Pick an Electronic Laboratory Notebook.” News. Nature, August 6, 2018. [http://doi.org/10.1038/d41586-018-05895-3 10.1038/d41586-018-05895-3]<br /> * Okon, Monica Dominique, and Tanya M. Nocera Ph.D. “Board # 13 :The Student Educational Experience with Electronic Laboratory Notebooks (Work in Progress),” 2017. [http://peer.asee.org/27729]<br /> * Kozlowski, Wendy A. “The Electronic Lab Notebook: Piloting a Research Data Management Tool at Cornell University,” 2013. [http://academiccommons.columbia.edu/catalog/ac:157129]<br /> * Giles, Jim. “Going Paperless: The Digital Lab.” Nature 481(7382), 430–31, 2012. [http://doi.org/10.1038/481430a 10.1038/481430a]<br /> * Wolf, Alan, Jason Pursian, Victoria Sutton, Cheryl Scadlock, Jan Cheetham, Dan Voeks, and Scott Fullerton. “Electronic Lab Notebook Pilot at the University of Wisconsin-Madison”, 2012. [http://researchdata.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/04/ELN_pilot_report_UWMadison.pdf]<br /> * Trigg, John. Getting Started with an Electronic Laboratory Notebook. 3rd ed., 2011. [http://www.3dsbiovia.com/resource-center/white-papers/ebook-scw-eln-getting-started-guide3-request.php]<br /> * Elliott, Michael H. “Building Acceptance for ELN Implementation”, 2010. [http://www.rdmag.com/article/2010/08/building-acceptance-eln-implementation]<br /> * Elliott, Michael H. “What You Should Know Before Selecting an ELN.” Scientific Computing 26(3), E11–13, 2009 . [http://www.rdmag.com/article/2009/05/what-you-should-know-selecting-eln]<br /> * Quinnell, Rosanne, Brynn Hibbert, and Andrew J. Milsted. “EScience: Evaluating Electronic Laboratory Notebooks in Chemistry Research.” Conference presented at the Ascilite Auckland 2009. [http://eprints.soton.ac.uk/148059/]<br /> * Wright, Jerry M. “Make It Better but Don’t Change Anything.” Automated Experimentation 1, 5, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-5 10.1186/1759-4499-1-5]<br /> * Elliott, Michael H. “Electronic Laboratory Notebooks: A Foundation for Knowledge Management,” 2004. [http://www.atriumresearch.com/library/Atrium%20Research%20Douglas%20Connect%20Webinar.pdf]<br /> <br /> == Scientific literature ==<br /> === General ===<br /> '''2018'''<br /> * Sayre, Franklin, Caitlin Bakker, Julie Kelly, Megan Kocher, and Meghan Lafferty. “Support for Electronic Lab Notebooks at Top American Research Universities.” Journal of EScience Librarianship, 2018. [http://doi.org/10.7191/jeslib.2018.1140 10.7191/jeslib.2018.1140]<br /> * Steensel, Bas van. “Scientific Honesty and Publicly Shared Lab Notebooks: Sharing Lab Notebooks along with Publication Would Increase Transparency and Help to Improve Honesty When Reporting Results.” EMBO Reports, e46866, 2018. [http://doi.org/10.15252/embr.201846866 10.15252/embr.201846866]<br /> '''2017'''<br /> * Dunie, Matt. “The Importance of Research Data Management: The Value of Electronic Laboratory Notebooks in the Management of Data Integrity and Data Availability.” Information Services &amp; Use 37(3), 355–59, 2017. [http://doi.org/10.3233/ISU-170843 10.3233/ISU-170843]<br /> * Franke, Michael, Jalal Weraach, and Markus Haarländer. “Elektronische Laborbücher in Der Max-Planck-Gesellschaft,” 2017. [http://doi.org/10.17617/1.5t 10.17617/1.5t]<br /> * Kanza, Samantha, Cerys Willoughby, Nicholas Gibbins, Richard Whitby, Jeremy Graham Frey, Jana Erjavec, Klemen Zupančič, Matjaž Hren, and Katarina Kovač. “Electronic Lab Notebooks: Can They Replace Paper?” Journal of Cheminformatics, 9, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0221-3 10.1186/s13321-017-0221-3]<br /> * Sydor, Jens, and Grace Kim. “Are We Ready for the Evolution of Electronic Laboratory Notebooks in Regulated Bioanalysis?” Bioanalysis 9(16), 1203–5, 2017. [http://doi.org/10.4155/bio-2017-0115 10.4155/bio-2017-0115]<br /> '''2016'''<br /> * Dirnagl, Ulrich, and Ingo Przesdzing. “A Pocket Guide to Electronic Laboratory Notebooks in the Academic Life Sciences.” F1000Research, 2016. [http://doi.org/10.12688/f1000research.7628.1 10.12688/f1000research.7628.1]<br /> * Krause, Evamaria. “Elektronische Laborbücher Im Forschungsdatenmanagement – Eine Neue Aufgabe Für Bibliotheken?” ABI Technik 36(2), 78–87, 2016. [http://doi.org/10.1515/abitech-2016-0013 10.1515/abitech-2016-0013]<br /> '''2014'''<br /> * Nussbeck, Sara Y., Philipp Weil, Julia Menzel, Bartlomiej Marzec, Kai Lorberg, and Blanche Schwappach. “The Laboratory Notebook in the 21st Century: The Electronic Laboratory Notebook Would Enhance Good Scientific Practice and Increase Research Productivity.” EMBO Reports 15(6), 631–34, 2014. [http://doi.org/10.15252/embr.201338358 10.15252/embr.201338358]<br /> * Palovich, Tracy U. “Electronic Notebooks in the Post-America Invents Act World.” ACS Medicinal Chemistry Letters 5(12), 1266–67, 2014. [http://doi.org/10.1021/ml500442p 10.1021/ml500442p]<br /> '''2013'''<br /> * Bird, Colin L., Cerys Willoughby, and Jeremy G. Frey. “Laboratory Notebooks in the Digital Era: The Role of ELNs in Record Keeping for Chemistry and Other Sciences.” Chemical Society Reviews 42(20), 8157–75, 2013. [http://doi.org/10.1039/C3CS60122F 10.1039/C3CS60122F]<br /> * Machina, Hari K., and David J. Wild. “Electronic Laboratory Notebooks Progress and Challenges in Implementation.” Journal of Laboratory Automation 18(4), 264–68, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068213484471 10.1177/2211068213484471]<br /> '''2011'''<br /> * Rubacha, Michael, Anil K Rattan, and Stephen C Hosselet. “A Review of Electronic Laboratory Notebooks Available in the Market Today.” Journal of Laboratory Automation 16(1), 90–98, 2011. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2009.01.002 10.1016/j.jala.2009.01.002]<br /> '''2008'''<br /> * Williams, Michael, Donna Bozyczko‐Coyne, Bruce Dorsey, and Scott Larsen. “Laboratory Notebooks and Data Storage.” Current Protocols Essential Laboratory Techniques A.2A, 2008. [http://doi.org/10.1002/9780470089941.eta02as00 10.1002/9780470089941.eta02as00]<br /> '''2007'''<br /> * Du, Ping, and Joseph A. Kofman. “Electronic Laboratory Notebooks in Pharmaceutical R&amp;D: On the Road to Maturity.” Journal of the Association for Laboratory Automation 12(3), 157–65, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2007.01.001 10.1016/j.jala.2007.01.001]<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Taylor, Keith T. “The Status of Electronic Laboratory Notebooks for Chemistry and Biology.” Current Opinion in Drug Discovery &amp; Development 9(3), 348–53, 2006. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16729731]<br /> '''2005'''<br /> * Butler, Declan. “Electronic Notebooks: A New Leaf.” Nature 436(7047), 20–21, 2005. [http://doi.org/10.1038/436020a 10.1038/436020a]<br /> '''1996'''<br /> * Myers, J. D., C. Fox-Dobbs, J. Laird, Dai Le, D. Reich, and T. Curtz. “Electronic Laboratory Notebooks for Collaborative Research.” In Proceedings of WET ICE ’96. IEEE 5th Workshop on Enabling Technologies; Infrastucture for Collaborative Enterprises, 47–51, 1996. [http://doi.org/10.1109/ENABL.1996.555050 10.1109/ENABL.1996.555050]<br /> <br /> === Specific solutions ===<br /> '''2018'''<br /> * Kotov, Serhii, Pierre Tremouilhac, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion'''-ELN Part 2: Adaption of an Embedded Ketcher Editor to Advanced Research Applications.” Journal of Cheminformatics 10(1), 38, 2018. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 10.1186/s13321-018-0292-9]<br /> * Pawar, Shrikant, and Harshul Batra. “Online Electronic Laboratory Notebook: A Secured Cloud Storage System Scripted in Hypertext Pre-Processor (PHP) Programming Language.” Journal of Engineering and Technology Research 10(1), 1–6, 2018). [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 10.5897/JETR2018.0638]<br /> * Rahman, Mahabubur, and Hiroshi Watabe. “Online Molecular Image Repository and Analysis System: A Multicenter Collaborative Open-Source Infrastructure for Molecular Imaging Research and Application.” Computers in Biology and Medicine, 2018. [http://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2018.04.001 10.1016/j.compbiomed.2018.04.001]<br /> '''2017'''<br /> * Hunter, Adam, Saravanan Dayalan, David De Souza, Brad Power, Rodney Lorrimar, Tamas Szabo, Thu Nguyen, et al. “'''MASTR-MS''': A Web-Based Collaborative Laboratory Information Management System (LIMS) for Metabolomics.” Metabolomics 13(2), 14, 2017. [http://doi.org/10.1007/s11306-016-1142-2 10.1007/s11306-016-1142-2]<br /> * Tremouilhac, Pierre, An Nguyen, Yu-Chieh Huang, Serhii Kotov, Dominic Sebastian Lütjohann, Florian Hübsch, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “'''Chemotion''' ELN: An Open Source Electronic Lab Notebook for Chemists in Academia.” Journal of Cheminformatics 9, 54, 2017. [http://doi.org/10.1186/s13321-017-0240-0 10.1186/s13321-017-0240-0]<br /> '''2016'''<br /> * Guerrero, Santiago, Gwendal Dujardin, Alejandro Cabrera-Andrade, César Paz-y-Miño, Alberto Indacochea, Marta Inglés-Ferrándiz, Hima Priyanka Nadimpalli, et al. “Analysis and Implementation of an Electronic Laboratory Notebook in a Biomedical Research Institute.” PLOS ONE 11(8), e0160428, 2016. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0160428 10.1371/journal.pone.0160428]<br /> * Vaas, Lea A. I., Gesa Witt, Björn Windshügel, Andrea Bosin, Giovanni Serra, Adrian Bruengger, Mathias Winterhalter, Philip Gribbon, Cindy J. Levy-Petelinkar, and Manfred Kohler. “Electronic Laboratory Notebooks in a Public-Private-Partnership.” PeerJ Preprints, 2016. [http://peerj.com/preprints/2325]<br /> * Ventura, Susana, Ricardo Carvalho Amorim, João Rocha da Silva, and Cristina Ribeiro. “Voice Recognition in the LabTablet Electronic Laboratory Notebook.” In Proceedings of the Ninth International C* Conference on Computer Science &amp; Software Engineering, 13–16, 2016. [http://doi.org/10.1145/2948992.2948998 10.1145/2948992.2948998]<br /> '''2015'''<br /> * Barillari, Caterina, Diana Ottoz, Juan Mariano Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan, Bernd Rinn, and Fabian Rudolf. “'''OpenBIS''' ELN-LIMS: An Open-Source Database for Academic Laboratories.” Bioinformatics, btv606, 2015. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv606 10.1093/bioinformatics/btv606]<br /> * Day, Aileen E., Simon J. Coles, Colin L. Bird, Jeremy G. Frey, Richard J. Whitby, Valery E. Tkachenko, and Antony J. Williams. “'''ChemTrove''': Enabling a Generic ELN To Support Chemistry through the Use of Transferable Plug-Ins and Online Data Sources.” Journal of Chemical Information and Modeling 55(3), 501–9, 2015. [http://doi.org/10.1021/ci5005948 10.1021/ci5005948]<br /> * Gates, Richard S., Mark J. McLean, and William A. Osborn. “Smart Electronic Laboratory Notebooks for the NIST Research Environment.” Journal of Research of the National Institute of Standards and Technology 120, 193–303, 2015. [http://doi.org/10.6028/jres.120.018 10.6028/jres.120.018]<br /> * List, Markus, Michael Franz, Qihua Tan, Jan Mollenhauer, and Jan Baumbach. “'''OpenLabNotes'''--An Electronic Laboratory Notebook Extension for OpenLabFramework.” Journal of Integrative Bioinformatics 12(3), 274, 2015. [http://doi.org/10.2390/biecoll-jib-2015-274 10.2390/biecoll-jib-2015-274]<br /> * Macdonald, Stuart, and Rory Macneil. “Service Integration to Enhance Research Data Management: '''RSpace''' Electronic Laboratory Notebook Case Study | International Journal of Digital Curation,” 2015. [http://ijdc.net/index.php/ijdc/article/view/10.1.163]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, and Sara Y. Nussbeck. “Metadata Capture in an Electronic Notebook: How to Make It as Simple as Possible?” GMS Med Inform Biom Epidemiol 11(1), Doc06, 2015. [http://doi.org/10.3205/mibe000162 10.3205/mibe000162]<br /> '''2014'''<br /> * Clark, Alex. “Putting Together the Pieces: Building a Reaction-Centric Electronic Lab Notebook for Mobile Devices.” Journal of Cheminformatics 6(Suppl 1), 2014. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-O1 10.1186/1758-2946-6-S1-O1]<br /> * Hall, Mona, and Didem Vardar-Ulu. “An Inquiry-Based Biochemistry Laboratory Structure Emphasizing Competency in the Scientific Process: A Guided Approach with an Electronic Notebook Format.” Biochemistry and Molecular Biology Education 42(1), 58–67, 2014. [http://doi.org/10.1002/bmb.20769 10.1002/bmb.20769]<br /> * Johnston, Jill, Sashi Kant, Vanessa Gysbers, Dale Hancock, and Gareth Denyer. “Using an EPortfolio System as an Electronic Laboratory Notebook in Undergraduate Biochemistry and Molecular Biology Practical Classes.” Biochemistry and Molecular Biology Education: A Bimonthly Publication of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology 42(1), 50–57, 2014. [https//doi.org/10.1002/bmb.20754 10.1002/bmb.20754]<br /> * Kloeckner, Frederik, Robert Farkas, Tobias Franken, and Thomas Schmitz-Rode. “Development of a Prediction Model on the Acceptance of Electronic Laboratory Notebooks in Academic Environments.” Biomedizinische Technik. Biomedical Engineering 59(2), 95–102, 2014. [http://doi.org/10.1515/bmt-2013-0023 10.1515/bmt-2013-0023]<br /> * Willoughby, Cerys, Colin L. Bird, Simon J. Coles, and Jeremy G. Frey. “Creating Context for the Experiment Record. User-Defined Metadata: Investigations into Metadata Usage in the LabTrove ELN.” Journal of Chemical Information and Modeling 54(12), 3268–83, 2014. [http://doi.org/10.1021/ci500469f 10.1021/ci500469f]<br /> '''2013'''<br /> * Coles, Simon J., Jeremy G. Frey, Colin L. Bird, Richard J. Whitby, and Aileen E. Day. “First Steps towards Semantic Descriptions of Electronic Laboratory Notebook Records.” Journal of Cheminformatics 5(1), 52, 2013. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-5-52 10.1186/1758-2946-5-52]<br /> * Johannes, Paul C., Jan Potthoff, Alexander Roßnagel, Bernhard Neumair, Moaaz Madiesh, and Siegfried Hackel. Beweissicheres elektronisches Laborbuch: Anforderungen, Konzepte und Umsetzung zur langfristigen, beweiswerterhaltenden Archivierung elektronischer Forschungsdaten und -dokumentation. Auflage: 1. Baden-Baden: Nomos, 2013. ISBN 978-3-8487-0706-5<br /> * Marzec, Bartlomiej, Philipp Weil, and Sara Yasemin Nussbeck. “Vorbereitungsprozess Für Die Elektronische Dokumentation Und Nachnutzbarkeit von Forschungsdaten in ELN.” In Abstractband GMDS 2013. Lübeck: Pro BUSINESS, 2013. [http://doi.org/10.3205/13gmds051 10.3205/13gmds051]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, Philip Bittihn, Daniel Hornung, Nadine Mathieu, and Sara Y Demiroglu. “Requirement Analysis for an Electronic Laboratory Notebook for Sustainable Data Management in Biomedical Research.” Studies in Health Technology and Informatics 192, 2013. [http://doi.org/10.3233/978-1-61499-289-9-1108 10.3233/978-1-61499-289-9-1108]<br /> * Milsted, Andrew J., Jennifer R. Hale, Jeremy G. Frey, and Cameron Neylon. “'''LabTrove''': A Lightweight, Web Based, Laboratory ‘Blog’ as a Route towards a Marked Up Record of Work in a Bioscience Research Laboratory.” PLOS ONE 8(7), e67460, 2013. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0067460 10.1371/journal.pone.0067460]<br /> * Rees, Ian, Ed Langley, Wah Chiu, and Steven J. Ludtke. “'''EMEN2''': An Object Oriented Database and Electronic Lab Notebook.” Microscopy and Microanalysis: The Official Journal of Microscopy Society of America, Microbeam Analysis Society, Microscopical Society of Canada 19(1), 1–10, 2013. [http://doi.org/10.1017/S1431927612014043 10.1017/S1431927612014043]<br /> * Voegele, Catherine, Baptiste Bouchereau, Nivonirina Robinot, James McKay, Philippe Damiecki, and Lucile Alteyrac. “A Universal Open-Source Electronic Laboratory Notebook.” Bioinformatics 29(13), 1710–12, 2013. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt253 10.1093/bioinformatics/btt253]<br /> * Walsh, Emily, and Ilseung Cho. “Using '''Evernote''' as an Electronic Lab Notebook in a Translational Science Laboratory.” Journal of Laboratory Automation 18(3), 229–34, 2013. [http://doi.org/10.1177/2211068212471834 10.1177/2211068212471834]<br /> '''2012'''<br /> * Fritz, Fleur, Benjamin Trinczek, Sebasitan Balhorn, and Martin Dugas. “Wie Viel Desinfektionsmittel Verträgt Ein Tablet? Hygieneanforderungen Beim Einsatz von IPads Für Die Klinische Dokumentation.” Abstractband GMDS, 2012. [http://doi.org/10.3205/12gmds011 10.3205/12gmds011]<br /> * Iyer, Rupa, and William Kudrle. “Implementation of an Electronic Lab Notebook to Integrate Research and Education in an Undergraduate Biotechnology Program.” Technology Interface International Journal 12(2), 5–12, 2012. [http://tiij.org/issues/issues/spring2012/abstracts/Z__TIIJ%20spring%202012%20v12%20n2%20(paper%201).pdf]<br /> * Rudolphi, Felix, and Lukas J Goossen. “Electronic Laboratory Notebook: The Academic Point of View.” Journal of Chemical Information and Modeling 52(2), 293–301, 2012. [http://doi.org/10.1021/ci2003895 10.1021/ci2003895]<br /> '''2011'''<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Yilmaz, Pelin, Renzo Kottmann, Dawn Field, Rob Knight, James R. Cole, Linda Amaral-Zettler, Jack A. Gilbert, et al. “Minimum Information about a Marker Gene Sequence (MIMARKS) and Minimum Information about Any (x) Sequence (MIxS) Specifications.” Nature Biotechnology 29(5), 415–20, 2011. [http://doi.org/10.1038/nbt.1823 10.1038/nbt.1823]<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Macneil, Rory. “The Benefits of Integrated Systems for Managing Both Samples and Experimental Data: An Opportunity for Labs in Universities and Government Research Institutions to Lead the Way.” Automated Experimentation 3(1), 2, 2011. [https://doi.org/10.1186/1759-4499-3-2 10.1186/1759-4499-3-2]<br /> '''2010'''<br /> * Hibbert, Brynn, Jeremy G. Frey, Rosanne Quinnell, Mauro Mocerino, Matthew Todd, Piyapong Niamsup, Adrian Plummer, and Andrew Milsted. “Teaching Instrumental Science Globally Using a Collaborative Electronic Laboratory Notebook.” Proceedings of The Australian Conference on Science and Mathematics Education, 16, 2010.<br /> * Quinnell, Rosanne, and D. Brynn Hibbert. “Introducing an Electronic Laboratory Notebook to PhD Students Undertaking Chemistry Research at a Research Intensive University.” In International Conference on Education, Training and Informatics: ICETI, 2010. [http://www.iiis.org/CDs2010/CD2010IMC/ICETI_2010/PapersPdf/EB108QJ.pdf]<br /> '''2009'''<br /> * Goddard, Nigel H., Rory Macneil, and Jonathan Ritchie. “'''ECAT''': Online Electronic Lab Notebook for Scientific Research.” Automated Experimentation 1(1), 4, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-4 10.1186/1759-4499-1-4]<br /> '''2008'''<br /> * Tabard, Aurélien, Wendy E. Mackay, and Evelyn Eastmond. “From Individual to Collaborative: The Evolution of Prism, a Hybrid Laboratory Notebook.” In Proceedings of the 2008 ACM Conference on Computer Supported Cooperative Work, 569–578, 2008. [http://doi.org/10.1145/1460563.1460653 10.1145/1460563.1460653]<br /> '''2007'''<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2006'''<br /> * Khan, Arshad M., Joel D. Hahn, Wei-Cheng Cheng, Alan G. Watts, and Gully A. P. C. Burns. “NeuroScholar’s Electronic Laboratory Notebook and Its Application to Neuroendocrinology.” Neuroinformatics 4(2), 139–62, 2006. [http://doi.org/10.1385/NI:4:2:139 10.1385/NI:4:2:139]<br /> '''2005'''<br /> * Fakas, Georgios John, Anh Vu Nguyen, and Denis Gillet. “The Electronic Laboratory Journal: A Collaborative and Cooperative Learning Environment for Web-Based Experimentation.” Computer Supported Cooperative Work (CSCW) 14(3), 189–216, 2005. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 10.1007/s10606-005-3272-3]<br /> * Talbott, Tara, Michael Peterson, Jens Schwidder, and James D. Myers. “Adapting the Electronic Laboratory Notebook for the Semantic Era.” In Collaborative Technologies and Systems, 2005. Proceedings of the 2005 International Symposium On, 136–43. IEEE, 2005. [http://doi.org/10.1109/ISCST.2005.1553305 10.1109/ISCST.2005.1553305]<br /> '''1995'''<br /> * Fort, Jr., Raymond. “ChemWindow and Entropy Lite.” Journal of Chemical Information and Modeling 35(5), 932–33, 1995. [http://doi.org/10.1021/ci00027a603 10.1021/ci00027a603]<br /> * Marstaller, J.E., and M.D. Zorn. “An Electronic Laboratory Notebook Based on HTML Forms” 1995. [http://doi.org/10.2172/197149 10.2172/197149]<br /> '''1993'''<br /> * Pecherer, R. M. “Contig Graph Tool: A Graphical Interface for Contig Physical Map Assembly.” In [1993] Proceedings of the Twenty-Sixth Hawaii International Conference on System Sciences, 1, i:544–53, 1993. [http://doi.org/10.1109/HICSS.1993.270686 10.1109/HICSS.1993.270686]<br /> '''1987'''<br /> * Delaney, Michael F. “Using ‘Electronic Laboratory Notebook’ Software in the Instrumental Analysis Course.” Journal of Chemical Education 64(1), 29, 1987. [http://doi.org/10.1021/ed064p29 10.1021/ed064p29]<br /> '''1985'''<br /> * Gilbert, William A. “'''RS/1''': An Electronic Laboratory Notebook.” BioScience 35(9), 588–90, 1985.<br /> '''1970'''<br /> * Greenblatt, Melvin, Ruggero Montesano, Louise Wombolt, and Philippe Shubik. “Automatic Data Processing Techniques for Carcinogenesis Studies.” JNCI: Journal of the National Cancer Institute 44, no. 5 (May 1, 1970): 1037–45. [http://doi.org/10.1093/jnci/44.5.1037 10.1093/jnci/44.5.1037]<br /> <br /> [[Kategorie:Data Management‏‎|Datenmanagement (Data Management)‏‎]]‏‎<br /> [[Kategorie:Data_Publishing|Datenveröffentlichungen (Data Publishing)]]<br /> [[Kategorie:Metadaten|Metadaten (Metadata)]]<br /> [[Kategorie:Standards|Standards und Standardisierungsinitiativen]]<br /> [[Kategorie:Technik|Software und Technik (Software and Technology)]]</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=DH-NRW_Workshop_zum_Thema_elektronische_Laborb%C3%BCcher_(ELN)&diff=4101 2018-11-27T13:45:13Z

<p>FrankLange: Die Seite wurde neu angelegt: „&#039;&#039;&#039;Ort:&#039;&#039;&#039; IT Center, RWTH Aachen &lt;br&gt; &#039;&#039;&#039;Termin:&#039;&#039;&#039; 20. November 2017&lt;br&gt; &#039;&#039;&#039;Webseite und Präsentationen:&#039;&#039;&#039; [http://www.dh-nrw.de/termine/archiv/2017/worksh…“</p> <hr /> <div>'''Ort:''' IT Center, RWTH Aachen &lt;br&gt;<br /> '''Termin:''' 20. November 2017&lt;br&gt;<br /> '''Webseite und Präsentationen:''' [http://www.dh-nrw.de/termine/archiv/2017/workshop-zum-thema-elektronische-laborbuecher-eln-20112017/ http://www.dh-nrw.de/termine/archiv/2017/workshop-zum-thema-elektronische-laborbuecher-eln-20112017/], [http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer]<br /> == Mitschriften (verfasst von Frank Lange, IPB) ==<br /> === labfolder (Dr. Florian Hauer, COO der Labfolder GmbH) ===<br /> * Warum entwickelt? Die Entwickler erlebten selbst &quot;Datenkatastrophen&quot; und möchten die Grundbedürfnisse der Wissenschaftler bedienen:<br /> :- einfach Bedienbarkeit<br /> :- kollaboratives Arbeiten<br /> :- Flexibilität mit Schnittstellen<br /> :- regulatorische Rahmenbedingungen<br /> * Rechteverwaltung ist in beliebig komplexen Untergruppen möglich. (Anm. FRL: Könnte/müsste/sollte man sowas nicht auch mittels Active Directory abbilden? Schafft man damit Doppelstrukturen? Andererseits gibt es die nötige Flexibilität ohne irgendwelche AD-Admins zu fragen.)<br /> * fortgeschrittene elektronische Unterschrift<br /> * am Stand zu erfahren: ohne Zertifikate im Hintergrund, Implementierung wäre zu großer Aufwand; demnächst werden die Checksummen von SHA-1 (buh!) auf SHA-2 umgestellt<br /> * Integration von Legacy-Software über API wäre über den Support möglich.<br /> * Preis für on-premise: 15€ / User / Monat (concurrent) + 2500€ installation fee<br /> * 26 Mitarbeiter, wachsend<br /> * Export von Einträgen: PDF, XHTML, JSON<br /> Fragen / Antworten:<br /> * Können Roh-/Primärdaten in Laborbucheinträge intergriert werden? Ja, aber nur Standard-Dateiformate sind interpretierbar. labfolder selbst sollte nicht als Langzeitarchiv für größere Datenmengen genutzt werden. ~100MB sind ok.<br /> * Chemische Strukturformeln sind fürs nächste Jahre geplant.<br /> * Literaturstellen aus EndNote einbindbar? Nein, nur über Mendeley.<br /> * Wie kann der Übergang zum ELN am besten gestaltet werden? Poweruser nutzen; PIs können Multiplikatoren sein; Menschen mit Vorbehalten gezielt ansprechen<br /> * Können Handschrift und Sprache als Eingabe verstanden werden (Use cases: Mobiles Gerät, Arbeiten im S3/S4-Bereich)? Fürs nächste Jahr geplant<br /> * Lizensierung: Subskription; Gibt es auch Softwareüberlassung?<br /> * Die Mobile-APP soll demnächst überarbeitet werden.<br /> === RSpace ELN (Dr. Harald Kusch, Medizinische Informatik an der Universität Göttingen) ===<br /> * SFB1002: Medizin, translationale Forschung<br /> * SFB1190: Biochemie<br /> * Konzept: '''Verlinken''' von Daten; Welche Daten sollen direkt ins ELN bzw. welche sollen nur verknüpft werden? Doppelte Datenhaltung ist eher schlecht. Wichtig sind Zitationsmöglichkeiten und persistent Identifier.<br /> * beliebige Strukturierung im ELN möglich:<br /> :- chronologisch (wie Paper-Journal)<br /> :- projektorientiert<br /> :- methodenorientiert<br /> * Raum für Kreativität: leere Seite<br /> * auch möglich: strukturierte Dokumentation, sprich &quot;Protokolle&quot;/Vorlagen/Templates; Wer entwickelt diese Vorlagen? Poweruser<br /> * Export: PDF, HTML, XML; Repositoriensoftware (DSPACE, Dataverse) kann angebunden werden.<br /> * Ideale vs. Realität: Welche Funktionalitäten bietet ein ELN vs. welche Schnittstellen zu anderer Software?<br /> Fragen / Antworten:<br /> * Wie groß ist die RSpace-Community? Eher klein; man muss sich mühsam Kontakte suchen<br /> * Problematik lebende/sich ändernde Protokolle: Wie könnte man rückwirkend alte Experimente zurückarbeiten?<br /> * Unimedizin Göttingen: Marktanalyse 2012, Anforderungskatalog; eCat ist sehr datenbanklastig<br /> * Support vom Vendor? Guter Support; über technischen Support hinaus; ResearchSpace ist ein Startup<br /> * Manpower vor Ort: 4 HIWIs, 3 wiss. Mitarbeiter der SFBs; Nachhaltigkeit nach Ende der SFBs fragwürdig<br /> === Chemotion ELN (Dr. Nicole Jung, Gruppenleiterin der Compounds Platform am KIT Entwicklerin von Chemotion) ===<br /> * Problem: Forschungsdatenrepositorien im Bereich Chemie sind kaum bevölkert, deshalb sind Exportfunktionen direkt aus dem ELN wichtig.<br /> * cubuslab: Startup; bietet Beratung/Lösungen zur Laborgeräteintegration<br /> * Supporting Information (in Chemiejournalen sehr verbreitet) kann man direkt aus dem ELN erzeugen.<br /> * Ketcher (Editor für chem. Strukturformeln) wurde modifiziert.<br /> * Abbildung von Wellplates/biologischen Screens ist rudimentär möglich.<br /> Fragen / Antworten:<br /> * Was ist die Funktion der &quot;virtuellen Maschinen&quot;? In den Laboren existieren viele Altgeräte. Die dazugehörigen Messrechner geben irgendwann den Geist auf und somit ist die Gerätesoftware verloren. Konzept: Lasse die Gerätesoftware in VMs laufen (Stichwort: Langzeitarchivierung von Software; Projekt bwFLA). Die Schnittstelle zum Messgerät erfolgt über ''dial-a-device''.<br /> * Man kann ChemDraw-Dateien nicht importieren.<br /> * Nachverfolgbarkeit innerhalb des ELN:<br /> :- Sample/Batch wurde in einem Experiment verwendet? Ja. (quasi Verknüpfung in beide Richtungen)<br /> :- Synthesen über mehrere Schritte? Später.<br /> * SciFinder-API: Funktionalität ist begrenzt; Lizensierung ist schwierig.<br /> * Verselbstständigung nach Ende des DFG-Projekts? Chemotion ist im KIT bereits stark integriert; eine Stelle wäre ausreichend für Support und Pflege.<br /> * Erkennung handschriftlich gezeichneter chem. Strukturformeln? Gibt es nicht.<br /> === openEventory und Sciformation (Dr. Felix Rudolphi, Geschäftsführer von Sciformation Consulting Entwickler von openEventory und Sciformation) ===<br /> * Wie entstanden?<br /> :- TU Kaiserslautern: open enventory als Chemikalienkataster (Stichwort Chemikaliengesetz)<br /> :- MPI für Kohlenforschung: Sciformation ELN<br /> * Workflow für Chemikalieninventar: Kaufen → Einpflegen (dauert ca. 2 min); man bekommt automatisch die Sicherheitsdatenblätter<br /> * Workflow Synthese: z.B. über Templates<br /> * Workflow selber zusammenbauen aus atomaren Bausteinen; Validierung/Pflichfelder sind möglich.<br /> * Analytikdaten: Lesen von relevanten Dateiformaten möglich; Ansicht ist interaktiv.<br /> * Suche: mit/nach chem. Strukturformeln; Suche nach Signalmustern (z.B. MS)???<br /> Fragen / Antworten:<br /> * Lizensierung: Campus-Lizenz mit unbegrenzter Zahl von Nutzern und zeitlich unbegrenzt<br /> * Kosten: niedriger 5-stelliger Betrag für Unis<br /> * Workflowbeschreibung (XML-Format) selbst geschrieben<br /> === [http://talks.bronger.org/2017-11-20_juliabase.slide JuliaBase ELN] (Dr. Torsten Bronger, Entwickler des ELNs JuliaBase am Forschungszentrum Jülich) ===<br /> * Workflow am Prinzip &quot;Ursache und Wirkung&quot; orientiert; zu jedem Item gibt es einen Arbeitsplatz/Computer<br /> * probenzentrisch (→ LIMS???)<br /> * browserbasiert<br /> * Suche: SQL-Abbildung, also sehr DB-lastig<br /> * Geräteanbindung: nur Metadaten über Experiment speichern; Rohdaten bleiben im Archiv<br /> * spezifisch auf die Workflows der Solarzellenforschung zugeschnitten<br /> * eine Person macht Softwareentwicklung und Support<br /> * Im FZ Jülich sind 40 Apparaturen ins System eingepflegt.<br /> * Probennamen werden nach Eingabe validiert, ob sie in der Datenbank existieren<br /> === Labordatenmanagement an der ETH: Prozesse, Werkzeuge &amp; Erfahrungen (Dr. Bernd Rinn, Leiter der Sektion Scientific IT Services der ETH Zürich) ===<br /> * digitale Revolution im Labor: Paper trails are incomplete. Ein Laborbuch kann die komplexe digitale Laborumgebung nicht abbilden.<br /> * Problem: Management aktiver Forschungsdaten<br /> * Marktentwicklung: laboratory informatics market<br /> * Projektmanagement: Es ist besser, zunächst das LIMS einzuführen und danach das ELN<br /> === BeLab: Beweissicheres elektronisches Laborbuch (Tobias Duden, Physikalisch-Technische Bundesanstalt (PTB)) ===<br /> * Sprecher Tobias Duden: Wirtschaftsinformatiker, IT der PTB<br /> * Die PTB ist das nationale Metrologieoinstitut mit etwa 200 Laboren → breites Anforderungsprofil<br /> * Beweissicherheit ist wichtig z.B. für Bauartzulassungen (u.a. Geschwindigkeitsüberwachung). Fristen sind zum Teil über 30 Jahre.<br /> * BeLab-Projekt: rechtliche Kriterien → funktionale Anforderungen an ein ELN<br /> * Zweite Projektphase: 2014 gab es eine Simulationsstudie (= simulierte Gerichtsprozesse) → Urteile waren &quot;absolut eindeutig&quot;<br /> * Schichtenmodell nach BSI TR-03125: Applikationsschicht könnte ein beliebiges ELN sein.<br /> * Middleware macht die Übersignierung; Zeitskala ist alle 3 Jahre<br /> * an der PTB im Testbetrieb: Proof of concept mit Sciformation<br /> Fragen / Antworten:<br /> * Authentifizierungsmechanismen: nur Passwörter<br /> * Chemotion will BeLab-Konzepte übernehmen. Jan Potthoff (SCC, bereits in erster BeLab-Projektphase dabei gewesen) ist auch im Team.<br /> === Rahmenbedingungen und Voraussetzungen für den Einsatz elektronischer Laborbücher (Marius Politze, IT Center der RWTH Aachen) ===<br /> * &quot;Was weiß die RWTH, was die RWTH weiß?&quot; ... nichts → Administration hat keinen Einblick in die Fakultäten/Forschungsgruppen.<br /> Fragen / Antworten:<br /> * &quot;ELN-Einführung wird IT-Albtraum in 15 Jahren.&quot; → Man braucht eine Exit-Strategie, z.B. falls der ELN-Hersteller pleite geht. → In großen Einrichtungen sollte man eine ELN-Heterogenität möglichst vermeiden.</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Workshop_zu_elektronischen_Laborb%C3%BCchern_(Leibniz-Gemeinschaft)&diff=4099 2018-11-27T13:18:53Z

<p>FrankLange: Die Seite wurde neu angelegt: „&#039;&#039;&#039;Ort:&#039;&#039;&#039; Geschäftsstelle der Leibniz-Gemeinschaft&lt;br&gt; &#039;&#039;&#039;Termin:&#039;&#039;&#039; 12. Juni 2018&lt;br&gt; &#039;&#039;&#039;Webseite und Präsentationen:&#039;&#039;&#039; [http://escience.aip.de/ak-forsch…“</p> <hr /> <div>'''Ort:''' Geschäftsstelle der Leibniz-Gemeinschaft&lt;br&gt;<br /> '''Termin:''' 12. Juni 2018&lt;br&gt;<br /> '''Webseite und Präsentationen:''' [http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/ http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/]<br /> == Mitschriften (verfasst von Frank Lange, IPB) ==<br /> === Elektronisches Laborbuch, Gute Wissenschaftliche Praxis und Forschungsdatenmanagement – Einführung und Überblick (Birte Lindstädt, ZB MED) ===<br /> === colab : Unterstützung für datenzentrierte Prozesse (Harry Enke, AIP) ===<br /> === PsychNotebook – Inhaltliche und technische Anforderungen an eine JupyterLab-basierte Umgebung für die Studienplanung, Datenanalyse und Befunddokumentation in der Psychologie (Peter Weiland, ZPID) ===<br /> === Enabling connectivity in electronic laboratory notekeeping – A pilot approach in biomedical sciences (Harald Kusch, Universitätsmedizin Göttingen) ===<br /> === Einsatz von Laborinformationsmanagementsystemen zur digitalen Erschließung und Bewahrung pflanzengenetischer Ressourcen am IPK-Gatersleben (Matthias Lange, IPK) ===<br /> LIMS-Entwicklungsgeschichte am IPK:<br /> * 2002: Bedarf für ein LIMS; Eigenentwicklung wird angestoßen (&quot;Hey, wir können programmieren, also los!&quot;)<br /> * 2006: Eigenentwicklung wird eingestellt und entschieden, ein kommerzielles LIMS anzuschaffen. Es wurde eine Projektgruppe LIMS für 12 Monate finanziert.<br /> * 2010: finale Entscheidung für Limsophy RALIMS<br /> Fragen / Antworten:<br /> * Da im Vortrag auch der Begriff &quot;GVO&quot; vorkam und wir im IPB unsere GVO-Datenbank ausdrucken und unterschrieben an das Landesverwaltungsamt schicken müssen: Wie wird dieses Reporting im IPK gehandhabt? So wie ich die Anwort verstanden habe, darf das IPK (als erste/einzige Einrichtung in Sachsen-Anhalt) diese Daten elektronisch übermitteln.<br /> === Signaturen in elektronischen Laborbüchern: Was können wir vom BeLab-Projekt lernen? (Frank Lange, IPB) ===<br /> === ELN@FLI – Etappe 1: von der Markterkundung zur Leistungsbeschreibung (Georg Peiter, FLI) ===<br /> * Anlass: [http://www.leibniz-gemeinschaft.de/medien/aktuelles/news-details/article/praesidium_beschliesst_massnahmen_gegen_leibniz_direktor_100003074/ großer Fall wissenschaftlichen Fehlverhaltens am FLI]; zahlreiche Maßnahmen zur Umsetzung der GWP, u.a. die Einführung eines ELN<br /> * erster Schritt: Umfrage unter den Wissenschaftlern; recht fragwürdige Antworten, weil niemand so recht wusste, was ein ELN ist und was ein ELN leisten kann<br /> * Anfoderungen: letztendlich eine recht schmale Anforderungsliste; eine umfassende Anforderungsliste wurde über den Haufen geworfen (z.B. Useability nach DIN ..., womit sowiso niemand etwas anfangen kann)<br /> * Es wurde eine Liste mit möglichen Kandidaten zusammengestellt und 3 davon von Wissenschaftlern getestet.<br /> * Risiko Vendor Lock-in: keine standardisierten Formate, kaum Chancen für erfolgreichen Datentransfer in ein anderes ELN; in gewisser Weise muss man dem in der Vertragsgestaltung entgegenwirken - mit Staffelpreisen, längeren Kündigungsfristen, möglichst langen Vertragslaufzeiten (+automatische Verlängerung) und Fixierung der Preise mit einem Rahmenvertrag<br /> * ELN im FDM-Konzept des Instituts: (Dateisystem-)Links zu Resourcen im WORM-Speicher/Langzeitarchiv (LZA); Export aus dem ELN ins LZA via PDF/A oder xml<br /> * Durchaus valider Use-Case: Ein Wissenschaftler verlässt das Institut und möchte die ELN-Daten mitnehmen. Im Prinzip taucht hier wieder das Vendor Lock-in-Problem auf.<br /> * Die Ausschreibung ist in Englisch und Deutsch. Der Vertrag wird in Deutsch sein (EVB-IT). Die EVB-IT wurde von einem Übersetzungsbüro ins Englische übersetzt (und zwar schlecht).<br /> * interessant: &quot;Gebrauchstauglichkeit nach DIN EN ISO 9241 Teile 11 und 110&quot;<br /> * Wann sollten Nutzertests gemacht werden? Vor oder nach der Ausschreibungsphase?<br /> * ELNs und FAIR-Prinzipien: eher ernüchternd</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Elektronische_Laborb%C3%BCcher&diff=4006 2018-11-13T13:19:13Z

<p>FrankLange: /* Web resources */</p> <hr /> <div>== Synonyme ==<br /> * Elektronisches Laborjournal (e.g. [http://doi.org/10.1002/ciuz.201190007 Gooßen &amp; Rudolphi])<br /> * Electronic laboratory journal (e.g. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 Fakas et al.])<br /> * Elektronisches Laborbuch (e.g. [http://dx.doi.org/10.17617/1.5T Franke et al.], [http://de.wikipedia.org/wiki/Laborjournal Wikipedia.De])<br /> * Electronic lab notebook (e.g. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 Kotov et al.)], [http://en.wikipedia.org/wiki/Electronic_lab_notebook Wikipedia.En])<br /> * Electronic laboratory notebook (e.g. [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 Pawar &amp; Batra])<br /> * Electronic notebook (e.g. [http://www.researchgate.net/publication/228705896_Collaborative_electronic_notebooks_as_electronic_records_Design_issues_for_the_secure_electronic_laboratory_notebook_eln Myers])<br /> <br /> == Web resources ==<br /> * Material about [http://os.helmholtz.de/bewusstsein-schaerfen/workshops/helmholtz-open-science-workshop-elektronische-laborbuecher/ ELN Workshop in Braunschweig 2018] (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4142-2555 Paul Schultze-Motel]); [[Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“|Workshop notes]]<br /> * Material about [http://doi.org/10.25625/EGSYRW ELN Workshop in Cardiff 2018], UK (organized by [http://orcid.org/0000-0002-4946-6544 Evamaria Krause])<br /> * Material about [http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/ Leibniz-Gemeinschaft-ELN Workshop] in Berlin 2018 (organized by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange])<br /> * Material about [http://zenodo.org/record/1247390#.WyRf8qczZeU ELN Workshop in Delft 2017], Netherlands (organized by [http://orcid.org/0000-0001-8520-5598 Marta Teperek])<br /> * Material about [http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer ELN Workshop in Aachen] (organized by Bela Brenger)<br /> * Material about [http://www.eresearch.uni-goettingen.de/content/eresearch-toolbox-electronic-note-keeping ELN-Workshop in Göttingen] (organized by [http://eresearch.uni-goettingen.de eResearch Alliance Göttingen], [http://www.herzzentrum-goettingen.de/en/content/research/906.html SFB 1002], [http://www.sfb1190.de SFB 1190])<br /> * Material about [http://eln.mpdl.mpg.de/?page_id=40 Max Planck Digital Library (MPDL)-ELN Workshop] in Berlin (organized by Juliane Schönfeldt)<br /> * Material about [http://doi.org/10.17863/CAM.7217 Electronic Lab Notebooks: Solutions for Paperless Research] at the University of Cambridge<br /> * Guiding Website and discussion forum at Cambridge [http://www.gurdon.cam.ac.uk/institute-life/computing/elnguidance], [http://computing.group.gurdon.cam.ac.uk/elnforum/]<br /> * Guiding Website at Harvard [http://datamanagement.hms.harvard.edu/electronic-lab-notebooks] [http://zenodo.org/record/1453364#.W9MTxtUza0k]<br /> * Guiding Website at Utah [http://campusguides.lib.utah.edu/ELNs]<br /> * Guiding Website at Wisconsin [http://eln.wisc.edu/]<br /> * Kwok, Roberta. “How to Pick an Electronic Laboratory Notebook.” News. Nature, August 6, 2018. [http://doi.org/10.1038/d41586-018-05895-3 10.1038/d41586-018-05895-3]<br /> * Giles, Jim. “Going Paperless: The Digital Lab.” Nature 481(7382), 430–31, 2012. [http://doi.org/10.1038/481430a 10.1038/481430a]<br /> * Wolf, Alan, Jason Pursian, Victoria Sutton, Cheryl Scadlock, Jan Cheetham, Dan Voeks, and Scott Fullerton. “Electronic Lab Notebook Pilot at the University of Wisconsin-Madison”, 2012. [http://researchdata.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/04/ELN_pilot_report_UWMadison.pdf]<br /> * Elliott, Michael H. “Building Acceptance for ELN Implementation”, 2010. [http://www.rdmag.com/article/2010/08/building-acceptance-eln-implementation]<br /> * Elliott, Michael H. “What You Should Know Before Selecting an ELN.” Scientific Computing 26(3), E11–13, 2009 . [http://www.rdmag.com/article/2009/05/what-you-should-know-selecting-eln]<br /> <br /> == Scientific literature ==<br /> === General ===<br /> '''2018'''<br /> * Sayre, Franklin, Caitlin Bakker, Julie Kelly, Megan Kocher, and Meghan Lafferty. “Support for Electronic Lab Notebooks at Top American Research Universities.” Journal of EScience Librarianship, 2018. [http://doi.org/10.7191/jeslib.2018.1140 10.7191/jeslib.2018.1140]<br /> * Steensel, Bas van. “Scientific Honesty and Publicly Shared Lab Notebooks: Sharing Lab Notebooks along with Publication Would Increase Transparency and Help to Improve Honesty When Reporting Results.” EMBO Reports, e46866, 2018. [http://doi.org/10.15252/embr.201846866 10.15252/embr.201846866]<br /> '''2017'''<br /> * Dunie, Matt. “The Importance of Research Data Management: The Value of Electronic Laboratory Notebooks in the Management of Data Integrity and Data Availability.” Information Services &amp; Use 37(3), 355–59, 2017. [http://doi.org/10.3233/ISU-170843 10.3233/ISU-170843]<br /> * Franke, Michael, Jalal Weraach, and Markus Haarländer. “Elektronische Laborbücher in Der Max-Planck-Gesellschaft,” 2017. [http://doi.org/10.17617/1.5t 10.17617/1.5t]<br /> * Sydor, Jens, and Grace Kim. “Are We Ready for the Evolution of Electronic Laboratory Notebooks in Regulated Bioanalysis?” Bioanalysis 9(16), 1203–5, 2017. [http://doi.org/10.4155/bio-2017-0115 10.4155/bio-2017-0115]<br /> '''2016'''<br /> * Dirnagl, Ulrich, and Ingo Przesdzing. “A Pocket Guide to Electronic Laboratory Notebooks in the Academic Life Sciences.” F1000Research, 2016. [http://doi.org/10.12688/f1000research.7628.1 10.12688/f1000research.7628.1]<br /> '''2014'''<br /> * Nussbeck, Sara Y., Philipp Weil, Julia Menzel, Bartlomiej Marzec, Kai Lorberg, and Blanche Schwappach. “The Laboratory Notebook in the 21st Century: The Electronic Laboratory Notebook Would Enhance Good Scientific Practice and Increase Research Productivity.” EMBO Reports 15(6), 631–34, 2014. [http://doi.org/10.15252/embr.201338358 10.15252/embr.201338358]<br /> '''2013'''<br /> * Bird, Colin L., Cerys Willoughby, and Jeremy G. Frey. “Laboratory Notebooks in the Digital Era: The Role of ELNs in Record Keeping for Chemistry and Other Sciences.” Chemical Society Reviews 42(20), 8157–75, 2013. [http://doi.org/10.1039/C3CS60122F 10.1039/C3CS60122F]<br /> '''2007'''<br /> * Du, Ping, and Joseph A. Kofman. “Electronic Laboratory Notebooks in Pharmaceutical R&amp;D: On the Road to Maturity.” Journal of the Association for Laboratory Automation 12(3), 157–65, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.jala.2007.01.001 10.1016/j.jala.2007.01.001]<br /> '''2006'''<br /> * Taylor, Keith T. “The Status of Electronic Laboratory Notebooks for Chemistry and Biology.” Current Opinion in Drug Discovery &amp; Development 9(3), 348–53, 2006. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16729731]<br /> '''2005'''<br /> * Butler, Declan. “Electronic Notebooks: A New Leaf.” Nature 436(7047), 20–21, 2005. [http://doi.org/10.1038/436020a 10.1038/436020a]<br /> <br /> === Specific solutions ===<br /> '''2018'''<br /> * Kotov, Serhii, Pierre Tremouilhac, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “Chemotion-ELN Part 2: Adaption of an Embedded Ketcher Editor to Advanced Research Applications.” Journal of Cheminformatics 10(1), 38, 2018. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 10.1186/s13321-018-0292-9]<br /> * Pawar, Shrikant, and Harshul Batra. “Online Electronic Laboratory Notebook: A Secured Cloud Storage System Scripted in Hypertext Pre-Processor (PHP) Programming Language.” Journal of Engineering and Technology Research 10(1), 1–6, 2018). [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 10.5897/JETR2018.0638]<br /> * Rahman, Mahabubur, and Hiroshi Watabe. “Online Molecular Image Repository and Analysis System: A Multicenter Collaborative Open-Source Infrastructure for Molecular Imaging Research and Application.” Computers in Biology and Medicine, 2018. [http://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2018.04.001 10.1016/j.compbiomed.2018.04.001]<br /> '''2017'''<br /> * Hunter, Adam, Saravanan Dayalan, David De Souza, Brad Power, Rodney Lorrimar, Tamas Szabo, Thu Nguyen, et al. “MASTR-MS: A Web-Based Collaborative Laboratory Information Management System (LIMS) for Metabolomics.” Metabolomics 13(2), 14, 2017. [http://doi.org/10.1007/s11306-016-1142-2 10.1007/s11306-016-1142-2]<br /> '''2016'''<br /> * Guerrero, Santiago, Gwendal Dujardin, Alejandro Cabrera-Andrade, César Paz-y-Miño, Alberto Indacochea, Marta Inglés-Ferrándiz, Hima Priyanka Nadimpalli, et al. “Analysis and Implementation of an Electronic Laboratory Notebook in a Biomedical Research Institute.” PLOS ONE 11(8), e0160428, 2016. [http://doi.org/10.1371/journal.pone.0160428 10.1371/journal.pone.0160428]<br /> '''2015'''<br /> * Barillari, Caterina, Diana Ottoz, Juan Mariano Fuentes-Serna, Chandrasekhar Ramakrishnan, Bernd Rinn, and Fabian Rudolf. “OpenBIS ELN-LIMS: An Open-Source Database for Academic Laboratories.” Bioinformatics, btv606, 2015. [http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv606 10.1093/bioinformatics/btv606]<br /> * Day, Aileen E., Simon J. Coles, Colin L. Bird, Jeremy G. Frey, Richard J. Whitby, Valery E. Tkachenko, and Antony J. Williams. “ChemTrove: Enabling a Generic ELN To Support Chemistry through the Use of Transferable Plug-Ins and Online Data Sources.” Journal of Chemical Information and Modeling 55(3), 501–9, 2015. [http://doi.org/10.1021/ci5005948 10.1021/ci5005948]<br /> * Gates, Richard S., Mark J. McLean, and William A. Osborn. “Smart Electronic Laboratory Notebooks for the NIST Research Environment.” Journal of Research of the National Institute of Standards and Technology 120, 193–303, 2015. [http://doi.org/10.6028/jres.120.018 10.6028/jres.120.018]<br /> '''2014'''<br /> * Clark, Alex. “Putting Together the Pieces: Building a Reaction-Centric Electronic Lab Notebook for Mobile Devices.” Journal of Cheminformatics 6(Suppl 1), 2014. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-O1 10.1186/1758-2946-6-S1-O1]<br /> * Hall, Mona, and Didem Vardar-Ulu. “An Inquiry-Based Biochemistry Laboratory Structure Emphasizing Competency in the Scientific Process: A Guided Approach with an Electronic Notebook Format.” Biochemistry and Molecular Biology Education 42(1), 58–67, 2014. [http://doi.org/10.1002/bmb.20769 10.1002/bmb.20769]<br /> * Johnston, Jill, Sashi Kant, Vanessa Gysbers, Dale Hancock, and Gareth Denyer. “Using an EPortfolio System as an Electronic Laboratory Notebook in Undergraduate Biochemistry and Molecular Biology Practical Classes.” Biochemistry and Molecular Biology Education: A Bimonthly Publication of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology 42(1), 50–57, 2014. [https//doi.org/10.1002/bmb.20754 10.1002/bmb.20754]<br /> '''2013'''<br /> * Coles, Simon J., Jeremy G. Frey, Colin L. Bird, Richard J. Whitby, and Aileen E. Day. “First Steps towards Semantic Descriptions of Electronic Laboratory Notebook Records.” Journal of Cheminformatics 5(1), 52, 2013. [http://doi.org/10.1186/1758-2946-5-52 10.1186/1758-2946-5-52]<br /> * Johannes, Paul C., Jan Potthoff, Alexander Roßnagel, Bernhard Neumair, Moaaz Madiesh, and Siegfried Hackel. Beweissicheres elektronisches Laborbuch: Anforderungen, Konzepte und Umsetzung zur langfristigen, beweiswerterhaltenden Archivierung elektronischer Forschungsdaten und -dokumentation. Auflage: 1. Baden-Baden: Nomos, 2013. ISBN 978-3-8487-0706-5<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, Philip Bittihn, Daniel Hornung, Nadine Mathieu, and Sara Y Demiroglu. “Requirement Analysis for an Electronic Laboratory Notebook for Sustainable Data Management in Biomedical Research.” Studies in Health Technology and Informatics 192, 2013. [http://doi.org/10.3233/978-1-61499-289-9-1108 10.3233/978-1-61499-289-9-1108]<br /> '''2012'''<br /> * Fritz, Fleur, Benjamin Trinczek, Sebasitan Balhorn, and Martin Dugas. “Wie Viel Desinfektionsmittel Verträgt Ein Tablet? Hygieneanforderungen Beim Einsatz von IPads Für Die Klinische Dokumentation.” Abstractband GMDS, 2012. [http://doi.org/10.3205/12gmds011 10.3205/12gmds011]<br /> * Iyer, Rupa, and William Kudrle. “Implementation of an Electronic Lab Notebook to Integrate Research and Education in an Undergraduate Biotechnology Program.” Technology Interface International Journal 12(2), 5–12, 2012. [http://tiij.org/issues/issues/spring2012/abstracts/Z__TIIJ%20spring%202012%20v12%20n2%20(paper%201).pdf]<br /> * Rudolphi, Felix, and Lukas J Goossen. “Electronic Laboratory Notebook: The Academic Point of View.” Journal of Chemical Information and Modeling 52(2), 293–301, 2012. [http://doi.org/10.1021/ci2003895 10.1021/ci2003895]<br /> '''2011'''<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> '''2010'''<br /> * Hibbert, Brynn, Jeremy G. Frey, Rosanne Quinnell, Mauro Mocerino, Matthew Todd, Piyapong Niamsup, Adrian Plummer, and Andrew Milsted. “Teaching Instrumental Science Globally Using a Collaborative Electronic Laboratory Notebook.” Proceedings of The Australian Conference on Science and Mathematics Education, 16, 2010.<br /> * Quinnell, Rosanne, and D. Brynn Hibbert. “Introducing an Electronic Laboratory Notebook to PhD Students Undertaking Chemistry Research at a Research Intensive University.” In International Conference on Education, Training and Informatics: ICETI, 2010. [http://www.iiis.org/CDs2010/CD2010IMC/ICETI_2010/PapersPdf/EB108QJ.pdf]<br /> '''2009'''<br /> * Goddard, Nigel H., Rory Macneil, and Jonathan Ritchie. “ECAT: Online Electronic Lab Notebook for Scientific Research.” Automated Experimentation 1(1), 4, 2009. [http://doi.org/10.1186/1759-4499-1-4 10.1186/1759-4499-1-4]<br /> '''2007'''<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> '''2005'''<br /> * Fakas, Georgios John, Anh Vu Nguyen, and Denis Gillet. “The Electronic Laboratory Journal: A Collaborative and Cooperative Learning Environment for Web-Based Experimentation.” Computer Supported Cooperative Work (CSCW) 14(3), 189–216, 2005. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 10.1007/s10606-005-3272-3]<br /> * Talbott, Tara, Michael Peterson, Jens Schwidder, and James D. Myers. “Adapting the Electronic Laboratory Notebook for the Semantic Era.” In Collaborative Technologies and Systems, 2005. Proceedings of the 2005 International Symposium On, 136–43. IEEE, 2005. [http://doi.org/10.1109/ISCST.2005.1553305 10.1109/ISCST.2005.1553305]<br /> <br /> == Mailing lists ==<br /> In Germany exist at least two ELN Mailing lists:<br /> * eln@listserv.dfn.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange])<br /> * elabnotebook@lists.gwdg.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9895-2469 Harald Kusch])<br /> <br /> [[Kategorie:Data Management‏‎|Datenmanagement (Data Management)‏‎]]‏‎<br /> [[Kategorie:Data_Publishing|Datenveröffentlichungen (Data Publishing)]]<br /> [[Kategorie:Metadaten|Metadaten (Metadata)]]<br /> [[Kategorie:Standards|Standards und Standardisierungsinitiativen]]<br /> [[Kategorie:Technik|Software und Technik (Software and Technology)]]</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Helmholtz_Open_Science_Workshop_%E2%80%9EElektronische_Laborb%C3%BCcher%E2%80%9C&diff=4005 2018-11-13T13:17:29Z

<p>FrankLange: Die Seite wurde neu angelegt: „&#039;&#039;&#039;Ort:&#039;&#039;&#039; Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung (HZI), Braunschweig&lt;br&gt; &#039;&#039;&#039;Termin:&#039;&#039;&#039; 13./14. September 2018&lt;br&gt; &#039;&#039;&#039;Webseite und Präsentationen:&#039;&#039;&#039; [htt…“</p> <hr /> <div>'''Ort:''' Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung (HZI), Braunschweig&lt;br&gt;<br /> '''Termin:''' 13./14. September 2018&lt;br&gt;<br /> '''Webseite und Präsentationen:''' [http://os.helmholtz.de/bewusstsein-schaerfen/workshops/helmholtz-open-science-workshop-elektronische-laborbuecher/ http://os.helmholtz.de/bewusstsein-schaerfen/workshops/helmholtz-open-science-workshop-elektronische-laborbuecher/]<br /> == Mitschriften ==<br /> === Heiko Rosenfelder (DKFZ): Einführung und Betrieb eines elektronischen Laborbuchs im DKFZ ===<br /> * Ausgangspunkt: Papierlaborbuch, Medienbrüche, Forschungsdaten werden digital<br /> * Chronologie: 2010 Arbeitsgruppe ELN; 2011 Auswahlverfahren; 2012 Pilotphase; ab 2013 produktiv<br /> * Auswahl/Ausschreibung: Überschaubare Liste gewünschter Funktionalitäten, was letztendlich auf ein ELN mit &quot;weißem Blatt&quot; hindeutet. Zur engeren Auswahl standen E-Notebook von PerkinElmer und iLabber (durch diverse Übernahmen jetzt BIOVIA Notebook). Die Entscheidung fiel letztendlich auf iLabber und die Anwendung erfolgte über einen Fat-Client bzw. einen Webclient und mittlerweile mittels moderner Browser (HTML5).<br /> * Pilotphase: Es wurden etwa 20 Standardexperimente identifiziert, die mittels Templates/Protokollen abgebildet wurden. Die Pilotphase wurde durch eine Umfrage ausgewertet. (Gibt es irgendwo den vollständigen Fragebogen und die Ergebnisse???)<br /> * Implementierungsphase:<br /> ** Mit Hilfe des Personalrats wurde eine Dienstvereinbarung erarbeitet (Herabgruppierung, Leistungskontrolle, freiwillige Nutzung, Rollen und Zugriffsmatrix).<br /> * Contra-Argumente ergeben sich aus praktischen Problemen: Zur Dokumentation mit dem ELN müssen die Forschenden zum Labor-PC zurückkehren - benutzen also Zettelchen und Ausdrucke, die dann wieder später abgetippt werden. Für mich ist damit der Vorteil eines ELN nicht mehr gegeben.<br /> * Schulungen und Outreach: separate Schulungen für Gruppenadmins/PIs (Projektverwaltung); das Supportforum ist mittlerweile eingeschlafen<br /> * aktueller Status: 1000 Lizenzen verfügbar, 600 davon sind belegt (etwa 2/3 der Mitarbeiter, die im Labor unterwegs sind)<br /> ==== Fragen / Antworten ====<br /> * Gibt es eine persistente Verbindung von ELN-Einträgen und Forschungsdaten (schlimmstenfalls liegen Forschungsdaten auf irgendeinem Netzlaufwerk, werden verschoben, gelöscht, etc. und Verweise aus dem ELN gehen dann kaputt)? Kann man Forschungsdaten direkt im iLabber ablegen? Nein, das ist mit iLabber nicht möglich.<br /> * Wie schnell haben die Mitarbeiter das ELN angenommen? Nutzerzahlen: 300 nach einem Jahr, 600 nach 2 Jahren<br /> * Gibt es Labore (welcher Typ von Laboren?), bei denen ELN-Einführung leichter ist? Die Altersstruktur der Mitarbeitenden ist jedenfalls nicht entscheidend.<br /> === Tobias Duden (Physikalisch-Technische Bundesanstalt (PTB)): Das beweissichere elektronische Laborbuch (BeLab) in der Physikalisch-Technischen Bundesanstalt (PTB) ===<br /> * Hintergrund: Die PTB als nationales Metrologieinstitut muss eine rechtssichere Dokumentation führen. Deshalb wurde im BeLab-Projekt an den Konzepten eines beweissicheren Laborbuchs gearbeitet.<br /> * Die Infrastruktur besteht aus Anwendungskomponenten (z.B. ELN), der Middleware (nach BSI TR-ESOR) und dem Langzeitarchiv. Für die Umsetzung müssen qualifizierte elektronische Signaturen verwendet werden, die allerdings recht teuer sind - deshalb nutzt die Middleware das Hashbaum-Konzept, um mit einer qualifizierten Signatur mehrere Dokumente zu signieren.<br /> * Umsetzung in der PTB: Middleware-Komponenten sind kommerzielle Produkte mit BSI-Zertifizierung. Letztendlich wurde anstatt eines ELN ein einfaches Dokumentenablagesystem als Anwendungskomponente implementiert. Die Einbindung eines ELN wäre zu resourcenintensiv. Anmerkung: Im November letzten Jahres wurde noch vom ELN Sciformation im Testbetrieb gesprochen (siehe Screenshot in den Backupfolien).<br /> === Harald Kusch (Georg-August-Universität Göttingen): Pilot-Integration eines elektronischen Laborbuchs und eines Open-Source-Forschungsdaten-Repositories als Bestandteil einer modularen biomedizinischen Forschungsdatenplattform ===<br /> * Hintergrund: FDM-Module für die SFBs 1002 und 1190. Es wurde zunächst versucht, das FDM auf die am häufigsten benutzten Daten-/Probentypen zu Fokussieren. Daraus entstand u.a. der Antikörperkatalog (Handle persistent Identifier, Storage-Information, Literaturverweise).<br /> * Herausforderungen in der akad. bzw. Grundlagenforschung: Heterogenität (Workflows, Methoden, Daten), Fluktuationen, kaum Handlungsleitlinien<br /> * Das ELN RSpace ist seit etwa 2 Jahren im Betrieb; Anforderungen:<br /> ** Im Kooperationskonzept muss ein Beenden der Kooperation möglich sein (= Entziehung aller Rechte).<br /> ** Kreativität nicht einschränken durch Strukturierung (&quot;weißes Blatt&quot;).<br /> ** Forschungsdaten zitieren durch persistent Identifier (s.o.) bzw. durch SMB-Links (Daten auf Netzlaufwerken); so einfach wie möglich gestalten durch Drag&amp;Drop-Funktionalität<br /> ** ORCID als Identifikator für Personen<br /> ** Audit-Trail und Signaturen<br /> ** vielfältige Exportmöglichkeiten, insbesondere auch zu Repository-Software (so wenige Klicks wie möglich)<br /> === Caterina Barillari, Juan M. Fuentes-Serna &amp; Bernd Rinn (ETH Zürich): openBIS – an open resource for academic laboratories ===<br /> * Hintergrund: Der Forschungsworkflow wurde analysiert und in Prozesse eingeteilt (Anm.: starke Vereinfachung; ist es wirklich so linear?) und in openBIS strukturiert abgebildet. Forschungsdaten, Dokumentationen, Protokolle, Code, Resultate, etc. liegen verteilt auf diversen Speichermedien bzw. in diversen Infrastrukturen vor. Daten sollen möglichst zentral gespeichert werden und openBIS ist das integrierende Element in diesem Konzept.<br /> * Historie: openBIS entstand im [http://www.systemsx.ch SystemsX-Projekt], in dem viele Omics-Daten erhoben und prozessiert werden. 2013 wurde sich gegen eine Ausschreibung und für die Weiterentwicklung von openBIS entschieden.<br /> * Funktionen:<br /> ** LIMS: Inventarmanagement (auch schon für Molekularbiologie geeignete Vorgaben der Metadatenfelder) mit persistenten Identifiern; Relationen können abgebildet werden; Management von Methoden/Protokollen/SOPs; Einkaufmanagement<br /> ** ELN: Datenupload via &quot;Dropbox-Mechanismus&quot;; Verknüpfen mit großen Daten via BigDataLink<br /> * Best Practice: Wie rollt man openBIS am besten aus? (1) Inventar und Proben, (2) Protokolle (mit Links zu Proben), (3) ELN<br /> ** Neu: Auswerten mit Jupyter-Notebooks<br /> * Entwicklerkapazitäten: etwa 5 Personen<br /> === Marlis Zeitler &amp; Claire Wallace (Dotmatics Ltd): The use of an ELN to accelerate efficiency in research ===<br /> * Fokus von Dotmatics: Biotech-Industrie<br /> * Dotmatics bietet eine Vielzahl von Modulen, u.a. Studies Notebook (ELN), Browser (Suchfunktion über alle anderen Module), Inventarmanagement und Registrierung für Proben (chemische und biologische).<br /> * Hosting: Cloud (AWS) oder on-premise<br /> * Sowohl strukturierte Dokumentation (Tabellen mit stöchiometrischen Berechnungen für chemische Reaktionen; strukturierte Aufbereitung für Supplementaries, auch für mehrere Syntheseschritte) als auch unstrukturierte Dokumentation (&quot;weißes Blatt&quot; für Biologen) im ELN möglich.<br /> * Screening-Datenmanagement: Wellplate-Designer, automatisierte Auswertung von Daten aus Plate-Readern, Aufbereitung von Dosis-Wirkungskurven<br /> === Alexander Minges (Biochemische Pflanzenphysiologie, Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf): eLabFTW – das freie elektronische Laborjournal ===<br /> * ein Open-Source-ELN mit &quot;weißem Blatt&quot; als Konzept<br /> * Features: HTML5-Texteditor im ELN, Arbeit in Teams möglich, Tags für Kategorisierung und Suche, Audit-Trail, Versionierung und Wiederherstellung, Buchungsfunktion über Kalender (z.B. für Instrumente)<br /> * Datei-Upload: versioniert, z.T. ist Preview möglich (Images, PDB, SDF; von Office-Dokumenten war nicht die Rede)<br /> * Laborinventarfunktion wäre &quot;in abgespeckter Form&quot; möglich über Datenbankeinträge (Anm.: Scheinbar sind dafür keine Metadaten (z.B. Ort) in strukturierter Form hinterlegbar.). ELN-Einträge können mit Datenbankeinträgen verknüpft werden. (Anm.: In der Demo musste ich danach lange suchen. Außerdem sieht man, mit welchem Experiment ein DB-Eintrag verknüpft wurde. Das ist keinesfalls selbstverständlich bei anderen ELN-Systemen!)<br /> * Abschließen von Experimenten mit einem Zeitstempel (Anm.: keine Signatur im rechtlichen Sinne).<br /> * Authentifizierung: lokale Nutzer oder über Shibboleth<br /> ==== Fragen / Antworten ====<br /> * Welche Rollen gibt es? Admin, Teamleiter und User<br /> * Rechte für Einträge: nur Ich, Team, öffentlich<br /> === Nicole Jung (KIT): Chemotion ELN – Basis-Funktionen und besondere Anwendungen ===<br /> * Chemotion ist ein ELN für Synthesechemiker, das einzelne Substanzen und chemische Reaktionen dokumentiert und die entsprechenden Analytikdaten hinterlegt.<br /> * Geräteintegration: So viel wie möglich automatisieren, d.h. Daten vom Speicherort bzw. aus Emailpostfach holen.<br /> * Struktureditoren: Weiterentwicklung von Ketcher und demnächst auch ChemDraw<br /> * ELN-Einträge teilen mit einzelnen Nutzern oder in Gruppen; Lese- und Schreibrechte möglich<br /> * Reporting: gut geeignet, um die supplementary Information für Paper automatisiert zu erstellen (IUPAC-Name, Identifier, Berechnungen, NMR-Peaklisten und Multiplets, etc.)<br /> * SciFinder-Integration wenn entsprechende Lizensierung vorhanden ist (nicht auf dem Demo-Server)<br /> * Repositorienanbindung an Chemotion.net mit DOI-Vergabe<br /> ==== Fragen / Antworten ====<br /> * Wie wird die Publikation im Chemotion-Repository im Peer-Review-Verfahren für ein Paper abgebildet? Zweistufig: Der Datensatz wird auf &quot;pending&quot; gesetzt und bekommt eine &quot;virtuelle&quot; DOI, die noch nicht bei DataCite registriert ist.<br /> * Gibt es Barcodes? Ja, für alle Items.<br /> === Florian Hauer (Labfolder GmbH): Digital in die Zukunft – elektronische Laborbücher als zentraler Bestandteil des Forschungsdatenmanagements ===<br /> * Es wurde versucht, die Implementierung eines ELN aus der Anbietersicht zu erläutern und den Onboardingprozess zu optimieren.<br /> * Wichtig: Die Forschungsgruppe muss sich zunächst überlegen, wie die ELN-Einträge zu ordnen sind (z.B. (Unter-)Projekte und im ELN-Eintrag selbst). Das ELN selbst sollte nicht mit einer vorgegebenen Struktur einschränken.<br /> * Unklarheiten/Unsicherheiten bestehen zur Regulierung (GWP vs. QM-Normen/GLP/GMP)<br /> * verschiedene Anforderungen von Forschenden im Labor (3 Jahre und dann bin ich weg ...), PIs (Projektmanagement, Daten langfristig nutzbar halten) und FDM/Bibliothek (Open Science)<br /> * Onboarding: aktiv unterstützen; interne Nutzerportale anbieten<br /> === Ulrich Dirnagl (Abt. für Experimentelle Neurologie, Charite Universitätsmedizin Berlin / QUEST Center for Transforming Biomedical Research, Berlin Institute of Health): Nie wieder ohne – das elektronische Laborbuch aus der Sicht eines Neurowissenschaftlers ===<br /> * Argumente für den Umstieg zum ELN: Forschungsdaten liegen heute hauptsächlich in digitaler Form vor (''born digital'') und somit muss die Dokumentation zur Erhebung der Daten (Laborbuch) ebenfalls ''born digital'' sein.<br /> * aktuelle Situation am BIH: Es gibt 1000 registrierte Nutzer bei labfolder, davon sind 700 aktiv (nur Charité; das MDC hat sich ausgeklinkt).<br /> * Bei der Exzellenz-Initiative ''Berlin University Alliance'' ist auch ein Datenmanagementmodul mit ELN angedacht.<br /> * Warum das Ganze? Es gibt eine Reproduzierbarkeitskrise, auch und insbesonders in der (bio-)medizinischen Forschung. Ein nicht unerheblicher Grund: Es gibt Qualitätsprobleme, weil Ärzte &quot;Feierabendforschung&quot; machen.<br /> * Was sind die Maßnahmen? U.a. Zertifizierung nach ISO 9001 (Qualitätsmanagement), Einführung des ELN (siehe Dirnagl &amp; Przesdzing (2016): A pocket guide to electronic laboratory notebooks in the academic life sciences, [http://doi.org/10.12688/f1000research.7628.1 10.12688/f1000research.7628.1])<br /> ==== Fragen / Antworten (Dirnagl und Hauer) ====<br /> * Wie lang lief das Projekt zur Einführung des ELN an der Charité (von der Idee bis zum Produktivbetrieb)? Größenordnung Monate; Onboarding der Forschenden ist nicht zu unterschätzen, am Besten in nicht zu großen Gruppen.<br /> * Springen Arbeitsgruppen ab bei der ELN-Nutzung? Ja, vermutlich weil es keine gute Einführung gab bzw. nutzten nur einige Gruppenmitglieder das ELN und die anderen Papier.<br /> * Die AG-Leitung ''muss'' die Dokumentation überprüfen. Wenn das nicht geschieht, hilft ein ELN auch nicht weiter. Der Vorteil: Das ELN ist mobil, der PI kann die Arbeitsgruppe von unterwegs managen.<br /> * Wie sinnvoll sind mobile Endgeräte?<br /> ** In Umfragen ist die Unterstützung eine Top-Funktionalität, aber die Notwendigkeit wird überschätzt.<br /> ** Heiko Rosenfelder (DKFZ): Es wurde versucht, aber es scheitert schon bei der Benutzung mit Handschuhen. Letztendlich nutzen die Forschenden dann lieber den Labor-PC.<br /> ** Nicole Jung (KIT): Nicht geeignet, das Interesse nimmt schnell ab. Man sollte eher in ordentliche PCs im Labor investieren.<br /> === Torsten Bronger (FZJ): JuliaBase – Framework für Proben-basierte elektronische Laborbücher ===<br /> * JuliaBase bildet die Prozessierung und Charakterisierung von Proben (Solarzellen) ab. Die einzelnen Workflowschritte können leicht konfiguriert und auf die eigenen Bedürfnisse angepasst werden. Die jeweiligen Schritte sind miteinander verbunden, um eine Nachverfolgbarkeit zu gewährleisten (Verknüpfung von Ursache und Wirkung).<br /> * Wie neue Daten eingeben? (1) manuell, (2) mit Cronjob ins ELN transferieren, (3) Kontrolle der Gerätesoftware (incl. Validierung, z.B. des Probennamens)<br /> * Python mit Django 2-Framework als MVC-Modell (Anzeigelogik/Webschablonen/Templates)<br /> * Ausblick: &quot;Codegenerator&quot; für neue Apparaturen, Rezepte als vorgegebene Workflows<br /> === Ralf Oeser, Jutta Schlegel &amp; Friedhelm von Blanckenburg (GFZ): MEDUSA – über die Entdeckung einer griechischen Sagengestalt in Japan und deren Weiterentwicklung am Deutschen GeoForschungsZentrum Potsdam ===<br /> * Medusa versucht das gesamte Probenmanagement für geowissenschaftliche Projekte abzubilden (Probensammlung, Analysen, Lagerung, Bibliografie), hat also auch klassische LIMS-Aufgaben (sehr strukturiert). Die hohe Fluktuation an beteiligten Personen macht ein Rechtemanagement erforderlich. Eingesetzt und weiterentwickelt wird es im [https://esdynamics.geo.uni-tuebingen.de/earthshape/index.php?id=129 EarthShape-Projekt].<br /> * Originalpublikation zu Medusa: [http://doi.org/10.1111/j.1751-908X.2013.00205.x Yachi et al.: Software Dedicated for the Curation of Geochemical Data Sets in Analytical Laboratories]<br /> * Vergabe von IGSNs (International Geo Sample Numbers)<br /> * Für Feldarbeit gibt es Probeaufnahmebögen, die nachträglich digitalisiert werden müssen.<br /> === Heiko Rosenfelder (DKFZ): iLabber – organisatorische und technische Einführung ===<br /> * Technik/Architektur: Alle Daten im ELN werden in der MS-SQL-Datenbank gespeichert; woanders werden keine Daten abgelegt (z.B. Dateisystem)<br /> * Anmeldung zum ELN wirkt recht bürokratisch, macht aber bei einer so großen Einrichtung durchaus Sinn.<br /> * Rollen / Adminoberfläche / Rechtegranulation<br /> * Unterschrift: In einem Experiment können sogar einzelne Sections unterschrieben und gesperrt werden. (Amn.: Viele andere ELNs können das nur für komplette Experimente.) Evtl. sind auch Revisionen einzelner Sections möglich.<br /> ==== Fragen / Antworten ====<br /> * Integration von Officedokumenten: Es gibt durchaus unterschiedliche Konzepte auf dem Markt (docx bzw. xlsx als Text bzw. Tabelle expandieren (z.B. Labfolder, wo es eher schlecht funktioniert), Cloudlösungen (SaaS), WebDAV-Transfer und mit lokaler Office-Installation öffnen (z.B. Labguru)). Wie macht es das BIOVIA Notebook? Als Browserplugin, das von BIOVIA zur Verfügung gestellt wird. D.h. man ist wohl oder übel auf die Unterstützung des ELN-Herstellers angewiesen - eher schlecht, wenn sich bei den Browsern oder im Office Programmierschnittstellen ändern.<br /> === Tim Henckel (HZB): Elektronisches Laborbuch am Kompetenzzentrum Dünnschicht- und Nanotechnologie für Photovoltaik Berlin (PVcomB) – Flexibilität vs. Performanz ===<br /> * Das [http://www.helmholtz-berlin.de/zentrum/locations/it/datenablage/kollaboration/elab/index_de.html ELN am PVcomB] wurde von Marion Schröder entwickelt. Die Anforderungen ähneln sehr stark denen von JuliaBase. Bzgl. der Datenbankstruktur gibt es starke Ähnlichkeiten zu Chemotion ELN.<br /> * Zusätzlich ist als Langzeitarchiv ein Data Warehouse angeschlossen.</div>

FrankLange https://www.forschungsdaten.org/index.php?title=Elektronische_Laborb%C3%BCcher&diff=3914 2018-09-19T08:09:58Z

<p>FrankLange: /* Web resources */ Cambridge ELN-Workshop</p> <hr /> <div>== Synonyme ==<br /> * Elektronisches Laborjournal (e.g. [http://doi.org/10.1002/ciuz.201190007 Gooßen &amp; Rudolphi])<br /> * Electronic laboratory journal (e.g. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 Fakas et al.])<br /> * Elektronisches Laborbuch (e.g. [http://dx.doi.org/10.17617/1.5T Franke et al.], [http://de.wikipedia.org/wiki/Laborjournal Wikipedia.De])<br /> * Electronic lab notebook (e.g. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 Kotov et al.)], [http://en.wikipedia.org/wiki/Electronic_lab_notebook Wikipedia.En])<br /> * Electronic laboratory notebook (e.g. [http://doi.org/10.5897/JETR2018.0638 Pawar &amp; Batra])<br /> * Electronic notebook (e.g. [http://www.researchgate.net/publication/228705896_Collaborative_electronic_notebooks_as_electronic_records_Design_issues_for_the_secure_electronic_laboratory_notebook_eln Myers])<br /> <br /> == Web resources ==<br /> * Material about [http://zenodo.org/record/1247390#.WyRf8qczZeU ELN Workshop in Delft 2017], Netherlands (organized by [http://orcid.org/0000-0001-8520-5598 Marta Teperek]):<br /> * Material about [http://escience.aip.de/ak-forschungsdaten/veranstaltungen/eln-workshop/ Leibniz-Gemeinschaft-ELN Workshop] in Berlin 2018 (organized by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange])<br /> * Material about [http://rwth-aachen.sciebo.de/index.php/s/5OCOay7ocj4w9be#pdfviewer ELN Workshop in Aachen] (organized by Bela Brenger)<br /> * Material about [http://www.eresearch.uni-goettingen.de/content/eresearch-toolbox-electronic-note-keeping ELN-Workshop in Göttingen] (organized by [http://eresearch.uni-goettingen.de eResearch Alliance Göttingen], [http://www.herzzentrum-goettingen.de/en/content/research/906.html SFB 1002], [http://www.sfb1190.de SFB 1190])<br /> * Material about [http://eln.mpdl.mpg.de/?page_id=40 Max Planck Digital Library (MPDL)-ELN Workshop] in Berlin (organized by Juliane Schönfeldt)<br /> * Material about [http://doi.org/10.17863/CAM.7217 Electronic Lab Notebooks: Solutions for Paperless Research] at the University of Cambridge<br /> * Guiding Website and discussion forum at Cambridge [http://www.gurdon.cam.ac.uk/institute-life/computing/elnguidance], [http://computing.group.gurdon.cam.ac.uk/elnforum/]<br /> * Guiding Website at Harvard [http://datamanagement.hms.harvard.edu/electronic-lab-notebooks]<br /> * Guiding Website at Utah [http://campusguides.lib.utah.edu/ELNs]<br /> * Guiding Website at Wisconsin [http://eln.wisc.edu/]<br /> * Kwok, Roberta. “How to Pick an Electronic Laboratory Notebook.” News. Nature, August 6, 2018. [http://doi.org/10.1038/d41586-018-05895-3 10.1038/d41586-018-05895-3]<br /> * Giles, Jim. “Going Paperless: The Digital Lab.” Nature 481(7382), 430–31, 2012. [http://doi.org/10.1038/481430a 10.1038/481430a]<br /> * Wolf, Alan, Jason Pursian, Victoria Sutton, Cheryl Scadlock, Jan Cheetham, Dan Voeks, and Scott Fullerton. “Electronic Lab Notebook Pilot at the University of Wisconsin-Madison”, 2012. [http://researchdata.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/04/ELN_pilot_report_UWMadison.pdf]<br /> * Elliott, Michael H. “Building Acceptance for ELN Implementation”, 2010. [http://www.rdmag.com/article/2010/08/building-acceptance-eln-implementation]<br /> * Elliott, Michael H. “What You Should Know Before Selecting an ELN.” Scientific Computing 26(3), E11–13, 2009 . [http://www.rdmag.com/article/2009/05/what-you-should-know-selecting-eln]<br /> <br /> == Scientific literature ==<br /> === General ===<br /> * Steensel, Bas van. “Scientific Honesty and Publicly Shared Lab Notebooks: Sharing Lab Notebooks along with Publication Would Increase Transparency and Help to Improve Honesty When Reporting Results.” EMBO Reports, e46866, 2018. [http://doi.org/10.15252/embr.201846866 10.15252/embr.201846866]<br /> * Franke, Michael, Jalal Weraach, and Markus Haarländer. “Elektronische Laborbücher in Der Max-Planck-Gesellschaft,” 2017. [http://doi.org/10.17617/1.5t 10.17617/1.5t]<br /> * Dirnagl, Ulrich, and Ingo Przesdzing. “A Pocket Guide to Electronic Laboratory Notebooks in the Academic Life Sciences.” F1000Research, 2016. [http://doi.org/10.12688/f1000research.7628.1 10.12688/f1000research.7628.1]<br /> * Nussbeck, Sara Y., Philipp Weil, Julia Menzel, Bartlomiej Marzec, Kai Lorberg, and Blanche Schwappach. “The Laboratory Notebook in the 21st Century: The Electronic Laboratory Notebook Would Enhance Good Scientific Practice and Increase Research Productivity.” EMBO Reports 15(6), 631–34, 2014. [http://doi.org/10.15252/embr.201338358 10.15252/embr.201338358]<br /> * Taylor, Keith T. “The Status of Electronic Laboratory Notebooks for Chemistry and Biology.” Current Opinion in Drug Discovery &amp; Development 9(3), 348–53, 2006. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16729731]<br /> * Butler, Declan. “Electronic Notebooks: A New Leaf.” Nature 436(7047), 20–21, 2005): . [http://doi.org/10.1038/436020a 10.1038/436020a]<br /> <br /> === Specific solutions ===<br /> * Kotov, Serhii, Pierre Tremouilhac, Nicole Jung, and Stefan Bräse. “Chemotion-ELN Part 2: Adaption of an Embedded Ketcher Editor to Advanced Research Applications.” Journal of Cheminformatics 10(1), 38, 2018. [http://doi.org/10.1186/s13321-018-0292-9 10.1186/s13321-018-0292-9]<br /> * Menzel, Julia, Philipp Weil, Philip Bittihn, Daniel Hornung, Nadine Mathieu, and Sara Y Demiroglu. “Requirement Analysis for an Electronic Laboratory Notebook for Sustainable Data Management in Biomedical Research.” Studies in Health Technology and Informatics 192, 2013. [http://doi.org/10.3233/978-1-61499-289-9-1108 10.3233/978-1-61499-289-9-1108]<br /> * Johannes, Paul C., Jan Potthoff, Alexander Roßnagel, Bernhard Neumair, Moaaz Madiesh, and Siegfried Hackel. Beweissicheres elektronisches Laborbuch: Anforderungen, Konzepte und Umsetzung zur langfristigen, beweiswerterhaltenden Archivierung elektronischer Forschungsdaten und -dokumentation. Auflage: 1. Baden-Baden: Nomos, 2013. ISBN 978-3-8487-0706-5<br /> * Iyer, Rupa, and William Kudrle. “Implementation of an Electronic Lab Notebook to Integrate Research and Education in an Undergraduate Biotechnology Program.” Technology Interface International Journal 12(2), 5–12, 2012. [http://tiij.org/issues/issues/spring2012/abstracts/Z__TIIJ%20spring%202012%20v12%20n2%20(paper%201).pdf]<br /> * Rudolphi, Felix, and Lukas J Goossen. “Electronic Laboratory Notebook: The Academic Point of View.” Journal of Chemical Information and Modeling 52(2), 293–301, 2012. [http://doi.org/10.1021/ci2003895 10.1021/ci2003895]<br /> * Beato, Brian, April Pisek, Jessica White, Timothy Grever, Brian Engel, Michael Pugh, Michael Schneider, Barbara Carel, Laurel Branstrator, and Ronald Shoup. “Going Paperless: Implementing an Electronic Laboratory Notebook in a Bioanalytical Laboratory.” Bioanalysis 3(13), 1457–70, 2011. [http://doi.org/10.4155/bio.11.117 10.4155/bio.11.117]<br /> * Quinnell, Rosanne, and D. Brynn Hibbert. “Introducing an Electronic Laboratory Notebook to PhD Students Undertaking Chemistry Research at a Research Intensive University.” In International Conference on Education, Training and Informatics: ICETI, 2010. [http://www.iiis.org/CDs2010/CD2010IMC/ICETI_2010/PapersPdf/EB108QJ.pdf]<br /> * Drake, David J. “ELN Implementation Challenges.” Drug Discovery Today 12(15–16), 647–49, 2007. [http://doi.org/10.1016/j.drudis.2007.06.010 10.1016/j.drudis.2007.06.010]<br /> * Fakas, Georgios John, Anh Vu Nguyen, and Denis Gillet. “The Electronic Laboratory Journal: A Collaborative and Cooperative Learning Environment for Web-Based Experimentation.” Computer Supported Cooperative Work (CSCW) 14(3), 189–216, 2005. [http://doi.org/10.1007/s10606-005-3272-3 10.1007/s10606-005-3272-3]<br /> * Talbott, Tara, Michael Peterson, Jens Schwidder, and James D. Myers. “Adapting the Electronic Laboratory Notebook for the Semantic Era.” In Collaborative Technologies and Systems, 2005. Proceedings of the 2005 International Symposium On, 136–43. IEEE, 2005. [http://doi.org/10.1109/ISCST.2005.1553305 10.1109/ISCST.2005.1553305]<br /> <br /> == Mailing lists ==<br /> In Germany exist at least two ELN Mailing lists:<br /> * eln@listserv.dfn.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9346-6031 Frank Lange])<br /> * elabnotebook@lists.gwdg.de (maintained by [http://orcid.org/0000-0002-9895-2469 Harald Kusch])<br /> <br /> [[Kategorie:Data Management‏‎|Datenmanagement (Data Management)‏‎]]‏‎<br /> [[Kategorie:Data_Publishing|Datenveröffentlichungen (Data Publishing)]]<br /> [[Kategorie:Metadaten|Metadaten (Metadata)]]<br /> [[Kategorie:Standards|Standards und Standardisierungsinitiativen]]<br /> [[Kategorie:Technik|Software und Technik (Software and Technology)]]</div>

FrankLange