Information Infrastructure for BioImage Data

Zusammenfassung

Information Infrastructure for BioImage Data (I3D:bio) ist ein Projekt zur Implementierung von Datenmanagement Systemen an Universitäten und Forschungseinrichtungen in Deutschland mit einem spezifischen Fokus auf biologische Bilddaten (vorrangig aus dem Bereich der Licht- und Elektronenmikroskopie). Das Projekt wird von der Deutschen Forschungsgemeinschaft im Förderprogramm LIS (Wissenschaftliche Literaturversorgungs- und Informationssysteme), Förderlinie Informationsinfrastruktur für Forschungsdaten, gefördert (I3D:bio in GEPRIS).

Hintergrund

Initiiert von MitarbeiterInnen aus Mikroskopie-Gerätezentren in Deutschland hat sich seit 2019 in Kollaboration mit dem gemeinnützigen Verein German BioImaging - Gesellschaft für Mikroskopie und Bildanalyse e.V. (GerBI-GMB) die offene Gruppe RDM4mic (Research Data Management for Microscopy) als Austauschplattform über die Nutzung von OMERO für das Forschungsdatenmanagement etabliert. OMERO (OME-Remote Objects) ist ein quelloffenes Datenmanagement System für biologische Bilddaten, das vom Open Microscopy Consortium entwickelt wurde. Im Rahmen der regelmäßigen RDM4mic Treffen wurden Bedarfe und Anforderungen an die Nutzung und Verbreitung von OMERO für die praxisorientierte Etablierung von Bilddatenmanagement nach den FAIR-Prinzipen im Arbeitsalltag identifiziert. Das Projekt I3D:bio wurde daraufhin von vier verantwortlichen Personen aus Mikroskopie-Gerätezentren, die über GerBI-GMB vernetzt sind, konzipiert und bei der DFG zur Förderung beantragt. Die aktuelle Projektlaufzeit dauert von 01/2022 bis 08/2024.

Ziele

• Etablierung von Best Practices zur Nutzung von OMERO als institutionelles Bilddatenmanagementsystems in der Fachgemeinschaft für Mikroskopie und Bildanalyse.
• Direkte Unterstützung beim Prozessmanagement und der Installation von OMERO-Instanzen an Universitäten und Forschungseinrichtungen in Deutschland
• Erhöhung und Anpassung der Nutzerfreundlichkeit bei sich verändernden Bedarfe aus der wissenschaftlichen Gemeinschaft
• Umsetzung von Metadaten-Standards und Beiträge zu Annotationswerkzeugen in enger Abstimmung mit der internationalen Gemeinschaft
• Verbesserung der Interoperabilität von OMERO und elektronischen Laborbüchern
• Konzeption und Aufbau einer Metrologie-Datenbank für biologische Bilddaten in Zusammenarbeit mit dem Konsortium QUAREP-LiMi (Quality Assessment and Reproducibility of Images in Light Microscopy)
• Aufbau eines Knowledge Hub für das Bilddatenmanagement und Etablierung nachnutzbarer Trainingsmaterialien
• Angebot von Workshops für diverse Zielgruppen im Bereich Bilddatenmanagement

Projektpartner

Antragstellende Personen und Einrichtungen

• Prof. Dr. Stefanie Weidtkamp-Peters, Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf
• Prof. Dr. Elisa May, Deutsches Krebsforschungszentrum Heidelberg
• Dr. Karen Bernhard und Dr. Susanne Kunis, Universität Osnabrück
• Dr. Roland Nitschke, Albert-Ludwigs-Universität Freiburg

Austausch- und Kooperationspartner

• German BioImaging - Gesellschaft für Mikroskopie und Bildanalyse e.V.
• Technische Universität Dresden, Medizinische Fakultät, Center for Cellular Imaging (CFCI)
• Bioplis Dresden Imaging Platform
• MPI für die Biologie des Alterns, Köln
• Leibniz Institut für Photonische Technologien, IPHT, Jena
• Leibniz Institut für Plasmaforschung und Technologie, INP, Greifswald
• Universität Münster
• Universität Konstanz
• MDC Berlin
• weitere Institutionen aus dem Konsortium NFDI4BIOIMAGE und anderen NFDI Konsortien
• Open Microscopy Environment Consortium, University of Dundee, UK
• BioImaging North America (BINA)

• Euro-BioImaging ERIC BioHub
• Global BioImaging
• u.v.m.

Ergebnisse

Publikationen aus oder im Zusammenhang mit dem I3D:bio-Projekt

• Jannasch, A., Tulok, S., Okafornta, C. W., Kugel, T., Bortolomeazzi, M., Boissonnet, T., Schmidt, C., Vogelsang, A., Dittfeld, C., Tugtekin, S.-M., Matschke, K., Paliulis, L., Thomas, C., Lindemann, D., Fabig, G., & Müller-Reichert, T. (2024). Setting up an institutional OMERO environment for bioimage data: Perspectives from both facility staff and users. Journal of Microscopy, 1–15. https://doi.org/10.1111/jmi.13360
• Schmidt, C., Boissonnet, T., Dohle, J., Bernhardt, K., Ferrando-May, E., Wernet, T., Nitschke, R., Kunis, S., & Weidtkamp-Peters, S. (2024). A practical guide to bioimaging research data management in core facilities. Journal of Microscopy, 294, 350–371. https://doi.org/10.1111/jmi.13317
• Jannasch, A., Welzel, C., Pablik, J., von Hauff, E., Galli, R., Rix, J., Schauer, A., Dittfeld, C., Tugtekin, SM. (2024). In vivo application of a glutaraldehyde-free, UVA/riboflavin cross-linked bovine pericardium confirms suitability for cardiovascular substitutes. APL Mater. 12 (1): 011104. https://doi.org/10.1063/5.0182672 (The data of this research article is publicly available in the TU Dresden’s OMERO instance, which was set up with support from I3D:bio. The metadata annotation in compliance with the REMBI checklist was support by I3D:bio and NFDI4BIOIMAGE)
• Schmidt, C., Bortolomeazzi, M., Boissonnet, T., Dohle, J., Wernet, T., Hanne, J., Nitschke, R., Kunis, S., Bernhardt, K., Weidtkamp-Peters, S., & Ferrando-May, E. (2023). Bringing FAIR Bioimage Data Management into Practice: the Information Infrastructure for BioImage Data (I3D:bio) Project – bottom-up Community Support for Microscopy Data Sharing and Preservation. In V. Heuveline, N. Bisheh, & P. . Kling (Hrsg.), E-Science-Tage 2023: Empower Your Research – Preserve Your Data (S. 289-294). heiBOOKS. https://doi.org/10.11588/heibooks.1288.c18090
• Schmidt, C., Bortolomeazzi, M., Boissonnet, T., Fortmann-Grote, C., Dohle, J., Zentis, P., Kandpal, N., Kunis, S., Zobel, T., Weidtkamp-Peters, S., & Ferrando-May, E. (2023). I3D:bio’s OMERO training material: Re-usable, adjustable, multi-purpose slides for local user training. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.8323588 (training material and videos)
• Kunis, Susanne, & Dohle, Julia. (2022). Structuring of Data and Metadata in Bioimaging: Concepts and technical Solutions in the Context of Linked Data. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.7018750 (poster)
• Kunis, Susanne. (2022, August 24). Structuring of Data and Metadata in Bioimaging: Concepts and technical Solutions in the Context of Linked Data. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.7018929 (video)
• Schmidt C, Hanne J, Moore J et al. Research data management for bioimaging: the 2021 NFDI4BIOIMAGE community survey [version 2; peer review: 2 approved]. F1000Research 2022, 11:638 https://doi.org/10.12688/f1000research.121714.2

Konferenz- und Tagungsbeiträge (Auswahl)

• Schmidt, C., Boissonnet, T., Bortolomeazzi, M., Krooß, K.: Research Data Management for Microscopy and BioImage Analysis, Workshop at the Gesellschaft für Biochemie und Molekularbiologie (GMB) Compact Symposium 2024, Sept. 26th, Frankfurt a.M., Germany
• Kunis S., J. Lacoste, C. Strambio-De-Castillia, S. Weidtkamp-Peters: Data Management for Bioimaging Data and Metadata Annotation Tools. Conference Workshop, European Light Microscopy Initiative (ELMI) Meeting 2023, June 6th – 9th, Noordwijkerhout, NL
• Boissonnet T., J. Dohle, C. Schmidt, C. Strambio-De-Castillia, T. Wernet: Hands-on metadata annotation for bioimaging using a REMBI-based annotation template. Conference Workshop, European Light Microscopy Initiative (ELMI) Meeting 2023, June 6th – 9th, Noordwijkerhout, NL
• Integratives Datenmangement und Data Stewardshipt bei der Trends in Microscopy Conference 2023 in Münsingen (https://gerbi-gmb.de/event/tim2023/#data_management)
• Schmidt C et al.: Bringing FAIR bioimage data management into practice: the Information Infrastructure for BioImage Data (I3D:bio) project – bottom-up community support for microscopy data sharing and preservation. Conference Poster, E-Science Tage 2023, March 1-3, Heidelberg, Germany
• Boissonnet T et al.: Bioimage analysis for Research Data Management, Conference Poster, Crick Bioimage Analysis Symposium 2022, November 21-22, London, UK
• Schmidt C: Bringing FAIR data management into practice for the bioimaging community, Conference Talk, Max Planck BioImaging Core Unit Network Assembly, October 6th, 2022, Potsdam, Germany

Beiträge zu Software und Skripten (Nähere Informationen siehe: Github)

• OMERO.figure (ome/omero-figure, PR #472, #480, #481, #497, #525, #574, #575, #579)
• OMERO.web (ome/omero-web, PR #508, #518, #542, #568)
• OMERO.iviewer (ome/omero-iviewer, PR #481)
• OMERO.insight (ome/omero-insight, PR #443)
• OMERO.scripts (ome/omero-scripts, PR #216)
• OMERO.tagsearch (German-BioImaging/omero-tagsearch, maintained)
• OMERO.autotag (German-BioImaging/omero-autotag, maintained)
• ezomero (TheJacksonLaboratory/ezomero, PR #101, #102, #108)
• omero_macro-extensions (GReD-Clermont/omero_macro-extensions, PR #19, #20)

Weiterführende Weblinks zu I3D:bio

• Mastodon: https://nfdi.social/@i3dbio
• Webseite: https://www.i3dbio.de
• I3D:bio auf Forschungsdaten.info: https://forschungsdaten.info/wissenschaftsbereiche/lebenswissenschaften/biologische-forschung/i3dbio/
• I3D:bio Materialsammlung auf Zenodo: https://zenodo.org/communities/i3dbio/